bcftools或vcftools提取指定區段或者多個指定位置的vcf文件（extract specified position ）

一、bcftools提取指定區段的vcf文件

下載安裝bcftools

見以下命令：

bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf

　　注意：輸入的vcf以gz格式存在，否則會報錯：Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip

                  如何將vcf生成gz格式，見這篇文章bcftools將vcf生成bgzip和index格式

 

二、vcftools提取多個指定位置（不是一段區域）的vcf文件

若是隻想提取指定多個獨立位置（specific position）的基因型（genotypes），則能夠用到vcftools工具

（此段感謝健明兄特地提出來，語言描述的不是很清楚。）

命令行以下：

vcftools --gzvcf file.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --out specific_position.vcf

　　specific_position.txt的輸入格式以下：

1 842013
1 891021
1 903426
1 949654
1 1018704

參考連接：https://www.biostars.org/p/162872/