新工具DPR的一些想法

一個專門講聚類的網頁課程 - Alexander Strehl 2002-05-03

值得借鑑的一個工具：SC3: consensus clustering of single-cell RNA-seq data 

1. 如何在一個模型裏整合多種距離度量；

2. 方法的數學化；

 

可行性分析

假設

連續性 - 與clustering的假設正好相反

分支事件

 

特徵的選擇；距離的度量；

限定KNN的必要性；

MST構建；

主支的構建和簡化；省略中間點；最短路徑；

迭代處理全部分支；統計

投射全部細胞；使用longest branch

root the tree；

 

相對主線的深度的拓展

簡化的ggtree；nodes center

 

下游分析

分支的顯著性排列，節點數、深度；

branching driving factor

聚類比較

pseudotime比較

 

技術細節：

特徵選擇

drop out處理

outlier處理

 

拓展：

大規模測序應用，減小算法複雜度；

留好各類接口，便於個性化分析；

方便使用，提升引用率；

敏感性和特異性的平衡；