VCF比對工具的安裝及使用

過程參考https://vcftools.github.io/examples.html

• 首先下載並編譯安裝vcftools

git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git
cd vcftools
./autogen.sh
./configure
make
make install

遇到的問題包括：

（1）./autogen.sh時報autoreconf: not found 安裝apt-get install autoconf

（2）缺乏zlib  sudo apt-get install zlib1g-dev

• 使用方法

 顯示版本信息：

vcftools

比對兩個vcf文件

vcftools --vcf input_data.vcf --diff other_data.vcf --out compare

 

 

tips：sudo apt install vcftools