比對工具

(green) short pairwise alignment / detailed edit model;

(yellow) database search / divergent homology detection;

(red) whole genome alignment / alignment of long sequences with structural rearrangements;

(blue) short read mapping / rapid alignment of massive numbers of short sequences.

簡單的局部比對：Blast、Blat等

Blast類型包括如下幾種：

Blastn---核酸序列與數據庫中的核酸序列的比對

Blastp---蛋白序列與數據庫中的蛋白序列的比對

Blastx---核酸序列翻譯成蛋白質(six-frame protein)後與數據庫中的蛋白序列進行比對

Tblastn---蛋白質序列與數據庫中的核酸序列進行比對

Tblastx---核酸序列翻譯成蛋白質後與數據庫中的核酸序列翻譯成的蛋白質序列進行比對

BLAST建庫

建庫的過程是創建目標序列的索引文件，所用程序是formatdb，一般咱們使用FASTA格式的序列做爲輸入。用於建庫的FASTA序列是db.seq，formatdb的基本命令是：

formatdb -i db.seq [-options]

經常使用參數有如下幾個：

-p：選擇建庫的類型，T表示蛋白庫，F表示核酸庫。缺省值爲T
-o：判斷是否分析序列名並創建序列名索引。T表示創建序列名索引，F表示不創建序列名索引。缺省值爲F
BLAST命令行：

輸出結果：

 

3是類似度、4是能比對上的區域

Blat

全局比對：MUSCLE、MATT等

muscle -in <inputfile> -out <outputfile>