salmon quasi-mapping 原理解析

quasi-mapping是基於k-mers+Suffix Array。 salmon原文鏈接 什麼是Suffix Array請點這裏 quasi-mapping是由RapMap這篇文章提出來的 第一步：建立索引 如果有多個transcript，那將多個transcripts連起來用$分割。使用rank9b algorithm and data structure of Vigna 使得任意位置的

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