一款表達譜數據分析的神器--CCLE--轉載

如今作生物和醫學的，不少均可能會和各類組學數據打交道。其中表達譜數據老是最經常使用的，也是比較好測的。即便在工做中不去測序，也能夠利用已有的數據庫去作一些數據挖掘，找一找不一樣表型（好比癌症）對應的marker或者調控的通路。這裏跟你們推薦一款分析表達譜數據的神器GENE-E，親測比較好用，知足經常使用需求，能夠作各類熱圖，聚類，箱圖，類似分析和標記篩選等等，並且很是小巧。

 

 

 

進入軟件以後，界面以下，這裏顯示的就是基因表達的熱圖（heatmap），其中藍色表示被低調控，紅色表示被高調。橫向是不一樣的細胞系，縱向是不一樣的基因和探針名。

 

 

數據操做

第一次進入程序能夠利用它自帶的測試數據來上手，以下圖，打開File->OpenExample Data-> CCLE，而後須要幾分鐘來下載數據，別忘記連網。CCLE是Board Institute維護的一個癌症細胞系的數據庫，目前有近千個cell line，有興趣的也能夠去官網看看。

 

 

 

 

 

等幾分鐘load完數據以後了就能夠挑選感興趣的數據進行分析了。好比能夠在圓圈處敲入skin ovary,即挑選和皮膚癌以及卵巢癌有關的細胞系（此時帶有關鍵詞的列名已經被橙色高亮）。而後點擊黑色箭頭處的圖標，既能夠選中這些列。

 

 

 

而後點擊圖中圖標，創建新的熱圖（heatmap）。

 

 

類似分析

對兩種癌症的數據就能夠進行進一步分析。好比咱們能夠分析不一樣細胞系間的類似性，以下圖Tools->Similarity Matrix，點擊ok便可。

 

 

 

 

獲得類似性以下圖（這裏爲了計算更快，只取了其中部分數據），其中矩陣中的(i,j)位置對應細胞系i和細胞系j之間的類似性，紅色表示類似度高。矩陣上方和右方的色條表示的是卵巢癌（深藍）或皮膚癌（淺藍）的細胞系。咱們能夠發現一個位置來源的癌細胞都相互之間很像。

 

 

聚類分析

另外咱們也能夠作聚類分析，以下圖，點擊圖標後輸入參數。這裏須要選擇對列（Column）仍是行（Row）聚類。這裏咱們在兩個方向均可以聚類。

 

 

 

 

聚類結果以下圖，這裏也選擇了一部分（事實上只聚類了顯示的這一部分。。）。跟剛纔的熱圖的區別就是把行和列從新進行了排列，讓更類似的臨近在一塊兒，能夠方便看出被差別調控的基因或者相關模塊。能夠看到有一些基因在皮膚癌中高表達，在卵巢癌中低表達。這些基因就是潛在的皮膚癌的marker，至於如何利用這個軟件作marker分析，咱們下次再說吧。

 

 

 

軟件的下載地址在這裏

須要安裝java，須要機構郵箱來進行註冊。若是沒有機構郵箱，至少認識一個有的童鞋吧。