2020年5月11日，來自中山大學腫瘤防治中心林東昕院士課題組的鄭健研究員，與中腫生物信息平臺左志向副研究員合做，在生物信息期刊Briefings in Bioinformatics（IF=9.101）發表了迄今爲止第一個最爲全面的三類m6A甲基化酶（即writers、erasers和readers）對應靶基因的數據庫——m6A2Target（http://m6a2target.canceromics.org），對目前人類和小鼠中已發表的m6A WER靶基因數據進行收集整理以及對潛在靶基因進行分析預測，從而爲m6A相關研究提供候選基因和研究思路。
數據庫
圖1. 數據庫主頁微信
該數據庫不但收集了人類與小鼠兩個物種1034個已有文章報道的實驗驗證的靶基因(Validated Targets)，還經過高通量測序數據分析得到了大量的潛在靶基因(Potential Targets)。app
圖2. 數據庫總覽ui
Validated Targets模塊，儲存了實驗驗證部分的m6A WER靶基因，包括免疫共沉澱、RNA pulldown、熒光素酶報告基因系統、敲低或過表達並獲得qPCR的驗證等，用戶能夠經過此模塊查詢是否存在已經實驗驗證的m6A靶基因。spa
圖3. 數據庫Validated Targets結果表格頁面.net
經過篩選物種，細胞系，WER類型或者選定不一樣的m6A WER則能夠展現對應的m6A Tartgets，下方結果表格包含了物種、細胞系、WER類型、WER名稱、對應的靶基因名以及文章PMID，同時還能夠在表格右上方經過基因名篩選與此基因相關的結果。翻譯
點擊對應表格中對應行的Detail按鈕，則能夠進入詳情頁面。如圖包含HNRNP 這個m6A及其靶基因ACTB的具體信息：如Ensembl ID,HGNC ID,Entrz ID，基因類型與基因的描述。同時還提供了各個類型基因ID對應數據庫的跳轉連接。同時下方還有HNRNPC與靶基因ACTB之間具體的相互做用信息，如對應文章的PMID，具體的細胞系，預測的靶基因位點，實驗方法，測序方法以及對功能的影響。3d
圖4. 數據庫Validated Targets詳細信息頁面orm
Potential Targets模塊。儲存了經過高通量測序數據分析預測的靶基因，包括Binding與Perturbation兩部分。用於查詢是否存在潛在靶基因。blog
首先是與m6A WER有相互做用的測序數據分析整理爲Binding，其中包括RIP-seq和CLIP-seq數據研究的蛋白與RNA的互做，ChIP-seq研究的蛋白與DNA互做以及經過Co-IP的方式打質譜鑑定蛋白與蛋白互做；而第二類則是收集了Ribo-seq, RNA-seq, Merip-seq等數據中因爲WER繞動（好比敲除、敲降、過表達和突變等）致使下游m6A水平、基因表達水平、可變剪接或者翻譯效率發生改變的WER,做爲潛在靶基因，整理爲Perturbation。其中Binding是直接證據，Perturbation是間接證據。結果表格除了m6A WER以及靶基因，還有對應的測序方法相互做用類型或者對下游的影響類型。
圖5. 數據庫Potential targets模塊中Binding與Perturbation頁面
在表格下方還有不一樣物種以及不一樣WER的（下圖爲Perturbation中人類中全部Reader）細胞類型分佈與RNA類型分佈統計。
圖6. 靶基因細胞系與RNA類型分佈
在Binding的詳情頁面中，則能夠具體查看不一樣的相互做用（Protein-DNA，Protein-RNA和Protein-Protein） Target位點的具體信息，如細胞系，GEO accession number，Target位點，高通量測序方法，相互做用類型等。
圖7. Binding結果詳情頁面
而在Perturbation的詳情頁面中，則能夠分別查看致使下游基因表達水平、m6A甲基化水平、可變剪接和翻譯效率中的靶基因具體改變狀況，如具體的細胞系和樣本、差別表達、差別甲基化或者差別翻譯效率的具體差別結果等。
圖8. Perturbation結果詳情頁面
搜索模塊。選擇物種和細胞系，輸入基因，就能夠查詢這個基因是否存在已經驗證的靶基因或者潛在的靶基因。如圖在輸入框中直接輸入MYC,則能夠得到與人類物種中全部實驗驗證和經過數據分析預測的把MYC做爲靶基因的結果，方便快捷且實用。
圖9. 搜索頁面
Genome Browser模塊中，輸入基因便可展現靶基因的各個測序數據在基因組中的位置狀況。如圖，輸入基因SOX2,不但展現了實驗驗證結果在基因組中的位置狀況，還展現了在RIP-seq、CLIP-seq等實驗結果中SOX2與WER與SOX2相互做用的區域。同時還提供了SOX2基因上的SNP位點。
圖10. Genome Browser頁面
數據下載模塊。最後數據庫還按照物種以及分類提供了全部數據下載，方便用戶進一步的分析與挖掘。
圖11. 數據下載頁面
參考文獻：
Deng S, Zhang H, Zhu K, et al. M6A2Target: a comprehensive database for targets of m6A writers, erasers, and readers[J]. Brief Bioinform, 2020.
做者/紅丸 審覈/左志向 編輯/Zinky
本文分享自微信公衆號 - 醫學數據庫百科（yxkygjx）。
若有侵權，請聯繫 support@oschina.cn 刪除。
本文參與「OSC源創計劃」，歡迎正在閱讀的你也加入，一塊兒分享。