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蛋白組學數據的分析是腫瘤病理生理學領域經常使用的手段之一，在TCGA項目中，普遍使用了反相蛋白芯片reverse-phase protein arrays(RPPA)技術來進行腫瘤蛋白質組的研究。tcp
經過該芯片， 可以有效分析多種標記蛋白在樣本中的表達量及其變化趨勢，是一種經濟高效的腫瘤蛋白質組學研究手段。經過整合來自TCGA和幾個獨立的腫瘤研究項目的RPPA芯片數據，提供了一個腫瘤蛋白質譜數據中心TCPA, 方便科研工做者查看，分析和可視化蛋白質芯片數據。文章發表在nature methods上，連接以下網站
https://www.nature.com/articles/nmeth.2650spa
網站連接以下.net
http://tcpaportal.org/tcpa/3d
數據分紅了下圖所示的兩個部分code
Patient Cohorts用於查看不一樣腫瘤樣本中的蛋白質芯片數據，Cancer Cell Lines用於查看不一樣細胞系中的蛋白質芯片數據。這兩個模塊的結構是相似的，以腫瘤樣本中的蛋白芯片數據爲例，分紅了4大模塊orm
1. summary
這部分展現不一樣腫瘤中包含的樣本個數，蛋白質種類等信息，示意以下blog
2. My protein
這部分能夠查看RPPA芯片上的全部標記蛋白在不一樣腫瘤中的表達狀況，以箱線圖進行展現，示意以下ci
3. Analysis
這部分展現蛋白芯片的數據分析結果，包含了如下3種分析內容
Correlation Analysis
Differential Analysis
Survival Analysis
Correlation Analysis表示兩種蛋白間的相關性，結果示意以下
Differential Analysis表示差別分析，結果示意以下
Survival Analysis表示生存分析，結果示意以下
4. Visualization
包含了如下兩種可視化方式
Network Visualization
Heatmap Visualization
該網站的數據是能夠免費下載的
勾選本身須要下載的數據集便可。經過該網站，能夠方便地對TCGA的蛋白質芯片數據進行挖掘。
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