研究開始前蒐集、整理已有研究文獻是常規操做，這個步驟每每須要耗費大量時間和精力。小編今天介紹的這個數據庫，可讓你不看文獻，也能輕鬆查詢腸道微生物、疾病、干預治療之間的關係...ios
來自哈爾濱醫科大學的研究人員開發了gutMDisorder數據庫，旨在爲腸道菌羣與疾病/干預之間的關係提供綜合數據資源。其相關研究成果已發表在《Nucleic Acids Research》。web
gutMDisorder記錄了：人類579種腸道微生物，與123種疾病和77種干預措施之間的2263種關聯；小鼠273種腸道微生物，與33種疾病和151種干預措施之間的930種關聯。數據庫
爲何要構建gutMDisorder？瀏覽器
在過去的幾年裏，愈來愈多的證據代表，腸道微生物羣落組成的改變在慢性疾病的發展中起着相當重要的做用。藥物、食品和其餘干預措施對疾病的有益影響能夠經過微生物介導。雖然已經開發了一些數據庫用於存儲微生物基因組信息，可是沒有一個專門的數據庫記錄腸道微生物與疾病/干預之間的關聯，有關腸道微生物羣失調的詳細信息和干預措施仍然散見在文獻中。svg
所以，研究團隊開發了一我的工管理的數據庫gutMDisorder，用於記錄從文獻中收集的腸道微生物羣與疾病或干預措施之間實驗驗證關聯。大數據
gutMDisorder能作什麼？url
gutMDisorder提供了一個樹狀瀏覽器和一個搜索引擎來查詢腸道微生物羣與疾病或干預措施之間關聯的詳細信息。spa
樹狀瀏覽器分了人和小鼠兩個物種大類，每一個物種分了腸道微生物羣、失調（關聯的疾病）、干預三個亞類。
以失調（關聯的疾病）爲例，選擇疾病「哮喘」，哮喘和腸道微生物之間的全部關聯都將被檢索出來並顯示在一個表格中。微生物、疾病、藥物和PMID的識別能夠連接到NCBI分類數據庫、DO、DrugBank和PubMed以得到詳細描述，單擊每一行的「detail」連接將獲得關聯的詳細信息。
用戶可用過輸入微生物、失調（關聯的疾病）、干預關鍵詞，經過搜索引擎查詢關聯信息。
一樣以「哮喘」爲例，在搜索框中選擇「asthma」，數據庫中與哮喘相關聯的全部信息都將被檢索出來並顯示在一個表格中。微生物、疾病、藥物和PMID的識別能夠連接到NCBI分類數據庫、DO、DrugBank和PubMed以得到詳細描述，單擊每一行的「detail」連接將獲得關聯的詳細信息。
數據下載：用戶能夠在「Resource」頁面下載全部數據。
數據統計：「Statistics」頁面展現了gutMDisorder數據庫中的數據統計信息。
數據遞交：用戶能夠經過「Submit」頁面提交數據庫中未記錄的重要關聯的可追蹤介紹。一旦評審委員會批准，包含詳細信息的關聯將包含在更新版本的數據庫中。
gutMDisorder訪問地址（👉 可點擊閱讀原文訪問）：
http://bio-annotation.cn/gutMDisorder.
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參考文獻
Cheng L, Qi C, Zhuang H, et al. gutMDisorder: a comprehensive database for dysbiosis of the gut microbiota in disorders and interventions[J]. Nucleic Acids Research, 2020, 48(D1): D554-D560.
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本文分享自微信公衆號 - 國家基因庫大數據平臺（close_3080908629）。
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