ubuntu 配置R語言環境

1. ubuntu進不去root，貌似是每次開機時默認root密碼都會產生一個新的。

  使用sudo passwrd重置root密碼

2. apt-get install r-base

3. apt-get  install  r-base-dev

4. 安裝成功。

5. 安裝Rstudio

下載安裝包安裝

下載 R-3.2.2.tar.gz

解壓：

1. tar 

   -zvxf 

   R-2.13.0.tar.gz 

    

配置：

1. cd 

   R-2.13.0 

    

2. ./configure 

   --prefix=/home/xxx/R 

   --enable-R-shlib 

    

    

prefix設置R的安裝路徑，enable-R-shlib能夠保證lib目錄下的動態庫可以共享

若是提示G77錯誤

1. sudo 

   apt-get 

   install 

   build-essential 

    

2. sudo 

   apt-get 

   install 

   gfortran 

    

若是提示錯誤：configure:error:--with-readline=yes(default)...

1. sudo 

   apt-get 

   install 

   libreadline6-dev 

    

若是提示錯誤：configure:error:--with-x=yes(default) and X11...

1. sudo 

   apt-get 

   install 

   libxt-dev 

    

安裝：

1. make 

    

2. make 

   install 

    

link到bin目錄下：

1. cd 

   /bin 

    

2. sudo 

   ln 

   -sv 

   /home/xxx/R/bin/R 

    

至此安裝完畢。

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安裝pkg：

終端下輸入：R

1. source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") 

    

2. biocLite() 

    

默認將安裝一下幾個包

affy affydata affyPLM

annaffy annotate Biobase

Biostrings DynDoc gcrma

genefilter geneplotter hgu95av2

limma marray matchprobes

multtest ROC vsn

xtable affyQCReport

若是須要Bioconductor上別的包的話，可使用

biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

如：

1. biocLite(c("copula", 

   "pspline")) 

    

安裝CRAN上的包

1. install.packages(c("pkg1", 

   "pkg2")) 

    

來安裝（pkg1和pkg2爲須要安裝的包）。
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編輯器：

1.直接shell。終端輸入R，就進入R命令行了。

2.安裝GUI：Rcmdr

1. sudo 

   apt-get 

   install 

   r-cran-rodbc 

    

2. sudo 

   apt-get 

   install 

   r-cran-rcmdr 

    

運行R後，library(Rcmdr)就能夠打開圖形界面。