DICOM醫學圖像處理：WEB PACS初談四，PHP DICOM Class

背景：

        預告了很久的幾篇專欄博文一直沒有整理好，主要緣由是早前但願搭建的WML服務器計劃遇到了問題。起初覺得參照DCMTK的官方文檔wwwapp.txt結合前兩天搭建的WAMP服務器能夠順利的實現WML服務，藉此就能夠同時完成WEB PACS系列以及搭建Dicom WML服務器的兩篇博文。但是在實際部署過程當中發現了幾個嚴重的問題，一時沒法解決。可是在搜索解決方案的時候，偶然間找到了在DCMTK論壇上貼出來的用PHP對DCMTK工具包封裝的文章。所以此篇博文在記錄搭建WML遇到的問題的同時，主要想向你們介紹一下這個簡單的封裝DCMTK工具包的PHP類，並在前期搭建的WAMP服務器上給出示範實例。（PS：也但願知道如何解決該問題的大神趕忙現身）

問題：

        按照DCMTK官方文檔wwwapp.txt文件（http://support.dcmtk.org/docs/file_wwwapp.html）的說明，搭建DICOM Basic Worklist Management服務的前期準備工做已經基本完成，前述的WEB PACS平臺已經可以順利提供HTTPD、CGI以及Perl解析的功能（具體可參見博文中給出的Perl示例：http://blog.csdn.net/zssureqh/article/details/40516745）。可是按照wwwapp.txt文檔指示拷貝wwwapps目錄下的可執行文件（例如preplock、readoviw、readwlst、writwlst）時，並未在編譯後的工程中找到，只看到了相應的.cc源碼文件。

wwwapp安裝的相關資料：

        搜索相關資料後，發現柳北風兒前輩此前也遇到過該問題，並向OFFIS的相關維護人員進行過諮詢。前輩的說明博文地址是：http://qimo601.iteye.com/blog/1701026，OFFIS論壇的討論地址是：http://forum.dcmtk.org/viewtopic.php?f=1&t=723&hilit=wwwapp.txt。

嘗試解決：

        按照上述的說明，確信應該是在編譯DCMTK源碼中間的某個環節出現了問題，致使本應該順利生成的幾個exe文件丟失。官方論壇中的討論是針對Linux環境下利用make工具來編譯的狀況，該環境下在利用make安裝的時候由make distclean指令來控制preplock、readoviw、readwlst、writwlst等可執行文件的清除。可是在Windows環境下用的是CMake來生成與VS對應的sln文件，打開DCMTK.sln解決方案後並未找到如何設置才能編譯生成上述可執行文件，並且按照柳前輩的說法，即便編譯成功，在Win7環境下一樣缺乏一個preplock.exe文件。至此該問題的解決就終止了，到發文時刻還未找到很好的解決方法。

PHP DICOM Class

        在瀏覽OFFIS論壇，尋找上述問題的解決方案時，無心點開了論壇中的「Third-Party DCMTK Applications」分支，以下圖所示，該分論壇中介紹了衆多DCMTK相關的應用開發，其中有一項叫作「PHP DICOM Class「。

        其中做者Vedicveko給出了PHP Dicom Class類的設計初衷以及詳細的使用說明，說明文檔網址爲：http://deanvaughan.org/wordpress/dicom-php-class/。

        下載源碼（https://github.com/vedicveko/class_dicom.php/zipball/master）後，打開class_dicom.php核心類文件，能夠看出做者經過使用PHP中的exec命令來對DCMTK對應的工具包進行了封裝，藉助於PHP語言的優點使得DCMTK更易於網絡化應用。Apache網絡服務器與PHP之間的調用能夠直接利用咱們前面搭建的簡易WEB PACS平臺（該平臺對於PHP的調用經過FastCGI來實現），而後經過結合PHP DICOM Class能夠實現對dcm文件的大多數操做，具體的實現以下。

PHP DICOM Class的安裝：

第一，將DCMTK編譯後的工具包統一放到指定位置，例如個人本機地址爲：c:\dcmtk\bin，修改class_dicom.php文件中的以下代碼，將TOOLKIT_DIR指向本機工具包目錄c:\dcmtk\bin。

define('TOOLKIT_DIR', 'C:/dcmtk/bin'); // CHANGE THIS IF YOU HAVE DCMTK INSTALLED SOMEWHERE ELSE

第二，藉助前面搭建的WAMP服務，在網站服務根目錄（我本機爲c:\wamp\www\）下新建class_dicom_php目錄，將下載的PHP DICOM Class源碼文件直接拷貝到class_dicom_php目錄下，以下圖所示：

 

 

第三，開啓wamp server服務，在瀏覽器中輸入http://localhost/class_dicom_php/examples/get_tags.php，進行測試，正常的話會輸出dean.dcm文件的Tags標籤信息，以下圖所示：

 

 

 

 

        如上所示瀏覽器中看到的結果與利用dcmdump.exe工具查看的結果一致，說明PHP DICOM Class已經順利的安裝到了WEB PACS平臺中。

【注】：在實際運行過程當中可能會出現錯誤，緣由是get_tags.php中使用的是$argv命令行變量來得到具體的dcm文件路徑的，可是在WEB PACS中咱們只能經過GET或者POST方式傳遞參數到php腳本，所以可修改get_tags.php中的參數獲取方式，或者直接將測試文件dean.dcm寫入到文件路徑變量中，以下所示：

$file = (isset($argv[1]) ? $argv[1] : 'dean.dcm');

#原來代碼爲：$file = (isset($argv[1]) ? $argv[1] : ' ');

        修改後再次在瀏覽器中輸入http://localhost/class_dicom_php/examples/get_tags.php，就會順利獲得上述結果。

示例：向瀏覽器輸出DCM圖像數據

1）添加dcm_to_bmp()函數：

        雖然PHP DICOM Class只是簡單的調用了DCMTK工具包來實現PHP對DICOM文件的操做，可是因爲DCMTK工具包的強大，在目前咱們簡易的WEB PACS平臺的併發數不大的狀況下，能夠嘗試直接利用PHP DICOM Class來實現前篇博文中將DCM文件的圖像信息輸出到瀏覽器的功能。

        查看class_dicom.php，看到其中dicom_convert類中有關於JPEG到DCM的自由雙向變換，其源碼中用到的是DCMTK工具包中的dcmj2pnm，查看dcmj2pnm的幫助文檔可知，該工具也可實現DCM到bmp文件的轉換，所以決定對class_dicom.php中的dicom_convert類進行擴展，添加dcm_to_bmp()函數，具體代碼以下：

 

### zssure 20141104
function dcm_to_bmp() {
$filesize = 0;
$this->jpg_file = $this->file . '.bmp';
$convert_cmd = BIN_DCMJ2PNM . " +ob " . "\"" . $this->file . "\" \"" . $this->jpg_file . "\"";
$out = Execute($convert_cmd);
if(file_exists($this->jpg_file)) {
$filesize = filesize($this->jpg_file);
}
return($this->jpg_file);
}

        dcm_to_bmp()不一樣於dcm_to_jpg()的主要地方是dcmj2pnm的指令參數不一樣，bmp文件用到的是+ob參數，dcmj2pnm自己能夠生成多種格式的bmp圖像，以下圖所示：

 

 

        固然也能夠經過識別dcm具體的圖像標籤來自動設定保存的bmp格式，在自適應時刻用到的主要標籤以下圖所示：

 

 

2）實例測試：

        編寫dcm_to_bmp的測試php，代碼以下：

 

#!/usr/bin/php
<?PHP
#
# Creates a jpeg and jpeg thumbnail of a DICOM file
#
require_once('../class_dicom.php');
$file = (isset($argv[1]) ? $argv[1] : 'dean.dcm');
if(!$file) {
print "USAGE: ./dcm_to_jpg.php <FILE>\n";
exit;
}
if(!file_exists($file)) {
print "$file: does not exist\n";
exit;
}
$job_start = time();
$d = new dicom_convert;
$d->file = $file;
$d->dcm_to_bmp();
#$d->dcm_to_tn();
#system("ls -lsh $file*");
$job_end = time();
$job_time = $job_end - $job_start;
#print "Created BMP and thumbnail in $job_time seconds.\n";
header("Content-type:image/bmp\n\n");
$jpgName=$d->jpg_file;
$fp=fopen($jpgName,"r");
fpassthru($fp);
exit;
?>

        在利用dcmj2pnm將dcm轉換成bmp文件後，就能夠直接利用前面博文中PHP輸出圖像到瀏覽器的代碼來輸出結果，在瀏覽器中輸入：http://localhost/class_dicom_php/examples/dcm_to_bmp.php，順利獲得dean.dcm測試文件的圖像信息，以下圖所示：

 

 

 

        至此，利用PHP DICOM Class快速便捷地實現了將dcm文件的圖像信息輸出到瀏覽器的功能。

【注】：在上述dcm_to_bmp.php測試文件中須要將#system("ls -lsh $file*");語句註釋掉，不然在windows的WAMP環境下會出現問題。

學習DCMTK的資料：

        原來只是利用OFFIS的論壇（http://forum.dcmtk.org/index.php）來搜索使用DCMTK過程當中遇到的各類錯誤，歷來沒有仔細全面的瀏覽過OFFIS論壇的各個部分，經過今天的親身經歷，發如今OFFIS論壇的DCMTK項目下的【Third-Party DCMTK Applications】部分也是一個知識寶藏，裏面包含了各類牛人利用DCMTK開發的工具，大多都是開源的，相關文檔也很詳細，之後能夠做爲重點學習的資料。

        下面給出幾個我以爲很值得學習的連接，供你們參考：

• http://forum.dcmtk.org/viewtopic.php?f=19&t=1225，一個開源的DICOM文件瀏覽器，功能豐富；
• http://forum.dcmtk.org/viewtopic.php?f=19&t=2919，咱們上文提到的PHP DICOM Class做者發的帖子，感謝大神的無私；
• http://medicalanonymization.olympe.in/index.html，一位優秀的DCMTK程序員實習期間項目的開源站：有對DCMTK使用的詳細介紹（後續有時間就逐個翻譯）；
• http://forum.dcmtk.org/viewtopic.php?f=19&t=2373，一個在Windows系統下的DICOM文件瀏覽器；

後續博文介紹：

利用PHP Skel結合DCMTK開發WEB PACS應用

利用DCMTK搭建WML服務器

利用Oracle直接操做DICOM數據

C#的異步編程模式在fo-dicom中的應用

VMWare三種網絡鏈接模式的實際測試