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python提取GFF3文件信息
時間 2020-02-12
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前言 由於最近使用REPET這個程序對基因組進行重複序列的註釋,可是最後輸出的結果是GFF3格式的文件,缺乏統計信息。所以用python寫了個腳本,對GFF3的信息進行提取並統計。python GFF3文件 想要從GFF3文件中提取的信息爲重複序列的種類,數量,以及bp數。 GFF3文件分爲9列,此次用到是第二、四、五、9列,分別表明來源,序列起始位置,結束位置,以及屬性。 重複序列的種類能夠從第
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