bam文件softclip ， hardclip ，markduplicate的探究

時間 2021-01-17

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測序產生的bam文件，有一些reads在cigar值裏顯示存在softclip，有一些存在hardclip，究竟softclip和hardclip是怎麼判斷出來的，還有是怎麼標記duplicate的reads的，我懷着這些問題進行了探究。測試步驟編輯兩個bed文件，分別含有我們需要的read1和read2位置，這裏每個文件包含兩條read1或者兩條read2，read1、read2一對作爲

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