擴增子分析QIIME2-3數據導出Exporting data

# 激活工做環境
source activate qiime2-2017.8

# 創建工做目錄
mkdir -p qiime2-exporting-tutorial
cd qiime2-exporting-tutorial

導出Feature/OTU表

wget -O feature-table.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza
qiime tools export \
  feature-table.qza \
  --output-dir exported-feature-table

# 查看結果文件信息
ls -l exported-feature-table/feature-table.biom

導出的biom文件位於exported-feature-table文件夾中，名爲feature-table.biom，可用biom程序對文件進行格式轉換和分析

導出進化樹

wget -O unrooted-tree.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/unrooted-tree.qza
qiime tools export \
  unrooted-tree.qza \
  --output-dir exported-tree
less exported-tree/tree.nwk

導出文件爲exported-tree/tree.nwk，是標準樹nwk文件

導出與提取

提取包括全部的信息文件，以下例中的feature表文件，結果即包括feature表，又包括生成此文件的相關軟件版本信息，還有生成此文件全部步驟的文件說明。

mkdir extracted-feature-table
qiime tools extract \
  feature-table.qza \
  --output-dir extracted-feature-table