文獻精選：日本人羣的大規模GWAS發現多種疾病的新型易感基因座

時間 2020-06-20

標籤文獻精選人羣大規模 gwas 發現多種疾病新型基因简体版

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文獻信息

標題： Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseasesios

中文標題： 日本人羣的大規模全基因組關聯分析發現跨不一樣疾病的新型易感基因座ide

期刊： Nature Genetics (IF: 25.455)隊列

連接： https://www.nature.com/articles/s41588-020-0640-3ci

簡介

當前遺傳學研究的絕大多數參與者都是歐洲人羣。BioBank Japan Project (BBJ) 是非歐洲人羣最大的一個 biobank 項目，這篇文章是 BBJ 最新的研究成果。get

樣本量

212453 個來自 BBJ 的日本病人，包含42種常見疾病；32793 個來自前瞻性隊列研究的樣本做爲對照。it

來自獨立的多個隊列的 2855 cases 和 15211 controls 做爲重複驗證。在肺癌的重複驗證，還額外包括 2440 female cases 和 467 female controls。io

方法

使用 SNP 芯片進行 genotyping，其中 QC 過程利用了 939 個樣本的 WGS數據進行 SNP 的一致性檢驗。test

Phaseing 使用 SHAPEIT2，imputation 以 1000G Phase3 做爲 reference panel 用 minimac3 進行。sso

GWAS 使用 SAIGE的 GLMM，並經過 permutation test 估計 empirical significance threshold。方法

遺傳度、遺傳相關性的計算使用了 LDSC 的方法。

Partition heritability 使用 S-LDSC，估算每一個轉錄因的結合位點的遺傳力富集度。

結果和結論

文章在276個基因座中檢測到320個獨立信號，涉及27種疾病，其中25個是新基因座。3個 loci 存在東亞特有的錯義突變，其中兩個在獨立的日本隊列中被重複出來，包括與冠狀動脈疾病相關的 ATG16L2 和與肺癌有關的 POT1。另外，經過 TF enrichment analysis，文章找到了9 種疾病的 378 個顯着富集，例如前列腺癌的 NKX3-1。

日本人羣中的這種大型 GWAS 提供了對複雜疾病的病因學新的認知，同時代表在非歐洲人羣中開展大規模 GWAS 的重要性。