linux下編譯C/C++ 程序

C/C++的速度是Python和perl所沒法比擬的，尤爲對於處理超大的生物信息學文件來講。

最近在寫一個最簡單的fastq cut工具，Python簡直慢到不能忍，8G的fastq.gz文件的cut須要6-7個小時，而C++則只須要15-20min，簡直就不在一個量級。

固然，據說Python有個cpython機制，能夠加快速度，但和純C++仍是有差距的。

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C++的編譯比較複雜，這裏只能作個入門的介紹。

 

在linux環境下編譯C++ 程序

g＋＋編譯命令選項

學習linux之 gcc/g++經常使用的命令行編譯指令

 

Makefile機制

 

Linux的庫好複雜，如今都沒搞懂。

export SOFTWARE=software
export PATH=$SOFTWARE/bin:$PATH 
export LD_LIBRARY_PATH=$SOFTWARE/lib64:$SOFTWARE/lib:/usr/lib64:/lib64:$LD_LIBRARY_PATH:$SOFTWARE/opt/lib
export LD_RUN_PATH=$SOFTWARE/lib:$LD_RUN_PATH
export CPATH=$SOFTWARE/include:$CPATH #include path for gcc
export LIBRARY_PATH=$SOFTWARE/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=$SOFTWARE/share/man:$MANPATH
export PKG_CONFIG_PATH=$SOFTWARE/lib64/pkgconfig/:$SOFTWARE/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
# export PERL5LIB=$SOFTWARE/lib/perl5:$SOFTWARE/lib/perl5/site_perl/5.8.8:$PERL5LIB

LD_LIBRARY_PATH，configure的時候要依賴不少so動態庫，須要加載。

configure機制