從EBI下載ENA數據

接了任務，要從 http://www.ebi.ac.uk/ena/ 下載序列數據，原本直接所有導出 fasta 就行了，惋惜網絡很差，總是下到一半就掛掉。

因而寫了這麼個小腳本，用 Perl 的 LWP::Simple 來慢慢下載。

很簡單，也可能有 bug。

#!/usr/bin/perl
# by lhtk : lhtk80t7@gmail.com
use strict;
use warnings;

use LWP::Simple;

# http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/FKKI010000001&display=fasta
# 瀏覽器上打開它，會直接返回文本類型的結果

my $s = $ARGV[0]; # start
my $e; # end 
die "不正確\n" unless (defined $s and $s > 0);

while ($s <= 1581707) {
    $e = $s + 1000; # 一批 1000 個，能夠改
    if ($e > 1581707) {
        $e = 1581707;
    }
    my $url;
    if ($s == $e) {
        $url = sprintf "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/FKKI01%07d&display=fasta", $s;
    } else {
        $url = sprintf "http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/FKKI01%07d-FKKI01%07d&display=fasta", $s, $e;
    }

    #print "$url\n"; # 測試
    #last if $n == 2;

    if (is_success( getprint($url) )) {
        print STDERR "$s - $e\n";
        $s = $e + 1;
    } else {
        sleep 1;
    }

}

而後從外部調用：

./xxx.pl 1 >>xxxxx.fa

存個檔，備忘。