perl 模塊的建立以及制定perl 模塊的路徑

1） perl 模塊的建立

perl 模塊的後綴名爲.pm, 其中的內容和通常的perl腳本相同， perl模塊中一般放置可重用的函數以及變量，

好比建立一個fasta.pm,裏面包含一個統計fasta序列中gc鹼基個數的方法：

 1 #/usr/bin/perl 
 2 package fasta;
 3 use warnings;
 4 use strict;
 5 
 6 sub run {
 7     my $seq = shift;
 8     return $seq =~ tr /GCgc/GCgc/;
 9 
10 }    
11 
12 1;

而後寫一個腳本檢測一下該模塊是否起做用：

#!/usr/bin/perl 
use fasta;

my $seq = qq{ATCGCTACGACG};

my $gc = fasta::run($seq);

print qq{$gc\n};

運行該腳本，輸出結果爲7， 能夠看出結果確實是GC鹼基的個數；

這個測試的腳本和fasta.pm 是放在同一個目錄下的， 當腳本和模塊放置在不一樣的目錄時，

爲了使用該模塊， 就必須指定模塊所在目錄；

2) 指定perl模塊目錄

好比fasta.pm 所在目錄爲/home/xudl/perl

第一種方式： 設置環境變量PERL5LIB,

在~/.bashrc 中添加

export PERL5LIB=$PERL5LIB:/home/xudl/perl;

而後source ~/.bashrc 使這個新修改的環境變量生效便可；  

第二種方式， 在腳本中使用use lib

use  lib "/home/xudl/perl"；

而後就能夠使用

use fasta;