diCal子程序 stripVcf.py 運行過程出現的錯誤

  diCal 是一款用來計算近期(10ky)有效羣體變化的軟件,須要羣體數據。當輸入是以 vcf 格式表示的 snp 信息時,須要用到軟件包提供的子程序,一個名爲 stripVcf.py 的python 小腳本。命令很是簡單 python stripVcf.py -v input.vcf -o output.striped.vcf, 可是在運行過程當中出現了語法錯誤提示以下:python

  File "/home/share/user/user103/program/dical/diCal-v1.2/stripVcf.py", line 29
      print 'mandatory option ' + m + ' is missing\n'
                            ^
  SyntaxError: invalid syntaxip

  在相關腳本QQ羣諮詢得知這是因爲 stripVcf.py 這個腳本是2.0版本致使的,如今最新的的 python 已是3.0了。寫法發生了一些變化,只要修改幾句就好了。具體以下:input

  line29: print 'mandatory option ' + m + ' is missing\n'  -->> print ('mandatory option ' + m + ' is missing\n')io

  line62 and line53: file  -->> open軟件

  而後在運行就OK了!file

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