TCGA一些數據庫

最出名，http://www.cbioportal.org/

特點：最基本的簡單分析基因突變、共表達/共突變的基因，下載數據也能夠，最常看的應該仍是oncoPrint那個。

詳細用法：TCGA數據庫的數據怎麼查？

 

最方便，Ge-mini

特點：手機app，可隨時查看，主要關注基因表達量的變化

 

詳細用法：裝這個app，媽媽再不罵我捧着手機不幹正事了

最細緻，http://ualcan.path.uab.edu/index.html

特點：1. 對腫瘤樣本作了很細很專業的分組subgroup，生存分析、表達量均可以選擇更細的亞型或臨牀表型作對比。

2. 生存分析時，還能對比不一樣分期、性別、年齡、體重等臨牀特徵。

詳細用法：TCGA數據庫挖掘分析，這個網站好用到爆！

最懶，http://www.oncolnc.org/

特點：mRNA, miRNA, or lncRNA的生存分析

Here you can link TCGA survival data to mRNA, miRNA, or lncRNA expression levels. To get started simply input either a Tier 3 TCGA mRNA, miRNA, or MiTranscriptome beta lncRNA.

詳細用法：懶人怎麼作腫瘤病人的生存分析？

 

最權威，https://portal.gdc.cancer.gov/

特點：TCGA官網上是這麼介紹的：這是一個交互的數據系統，能夠供研究者查找、下載、上傳及分析癌症組學數據集包括TCGA的。

詳細用法：數據庫專題之TCGA

最人性化，http://www.firebrowse.org/，我常常會在這裏下載數據。

特點：1. download everything with 1 command

2. 圖形化顯示一塊兒發生突變的基因，還能在網頁上交互式的改圖

詳細用法：TCGA數據庫在線使用

 

最強大，http://xena.ucsc.edu/getting-started/

特點：把hub下載下來，體驗不同的TCGA。

Securely analyze and visualize your private functional genomics data set in the context of public and shared genomic/phenotypic data sets.

詳細用法：UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)