1. MOPAC簡介javascript
MOPAC（Molecular Orbital PACkage）是基於Dewar和Thiel的NDDO近似開發的一種半經驗量子化學程序。MOPAC程序的開發始於1981年，以後不斷髮展。程序支持常見的半經驗方法，並可用來優化幾何結構，是研究大分子體系的不錯選擇。php
1.1 MOPAC發展史css
MOPAC 7.1 is a FORTRAN 90 version of MOPAC 7. It supports the methods: MNDO, AM1, and PM3, as well as Sparkle/AM1 for the lanthanides. All published NDDO parameter sets were supported. It is fully in the public domain.html
MOPAC2007 was an improved version of MOPAC 7.1. In addition to the methods in MOPAC 7.1, it also included RM1and PM6.java
MOPAC2009 is MOPAC2007 plus the MOZYME function. MOZYME is a linear-scaling SCF method that allows systems of up to 15,000 atoms to be modeled.bash
MOPAC2012 is MOPAC2009 plus PM7 and PM7-TS.服務器
MOPAC2016 is MOPAC2012 with improved handling of biomolecules.微信
1.2 MOPAC2016支持的操做系統dom
MOPAC2016支持32位和64位Windows，32位和64位Linux，CentOS-5, CentOS-6, CentOS-7和 64 bit Mac系統。ide
2. 安裝前的準備
2.1 獲取license
對於學術和非盈利用途，MOPAC2016是免費提供的，可是須要申請license。申請網站爲
http://openmopac.net/form.php
申請界面以下：
填寫相關信息，在兩天內就會收到回覆。未收到回覆的能夠向
MrMOPAC@OpenMOPAC.net
聯繫。
筆者在2 h內收到回覆，郵件內容以下：
收到License key後，編輯一個空文件，文件名設置爲[license-key].mop。例如，筆者的文件名爲12097189a61756081.mop。
2.2 下載程序
程序下載網站爲
http://openmopac.net/Download_MOPAC_Executable_Step2.html
在這個網站上能夠下載不一樣版本的MOPAC2016程序：
對Linux用戶，可使用lsb_release –a 命令查看Linux版本信息，例如筆者的服務器顯示的信息以下：
所用Linux版本爲CentOS-6.9，選擇Download MOPAC2016 for CentOS-6，下載獲得文件MOPAC2016_for_CentOS-6.zip。
3. MOPAC的安裝
3.1 建立文件夾並修改權限
例如：
mkdir –p /home/zxli/MOPAC2016chmod 777 /home/zxli/MOPAC2016
修改目錄權限的操做是官方安裝說明中要求的，實際能夠略去。
3.2 解壓程序並修改可執行程序權限
先將MOPAC2016_for_CentOS-6.zip放入文件夾 /home/zxli/MOPAC2016，解壓並增長可執行權限：
unzip MOPAC2016_for_CentOS-6.zipchmod +x MOPAC2016.exe
3.3 修改環境變量
在~/.bashrc中寫入
export MOPAC_LICENSE=/home/zxli/MOPAC2016export PATH=$PATH:/home/zxli/MOPAC2016export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/zxli/MOPAC2016
而後運行命令source ~/.bashrc使環境變量生效，用which命令確認環境變量已經生效：
3.4 激活license
將license文件（例如12097189a61756081.mop）放入MOPAC2016目錄中，運行
MOPAC2016.exe 12097189a61756081.mop
根據屏幕提示，依次按回車，輸入Yes，再回車，當前目錄下就生成了認證文件password_for_mopac2016，以後就能夠正常使用MOPAC2016了。
4. 程序測試
MOPAC2016自帶測試文件Example data set.mop（官方的測試文件在Linux下文件名帶有空格，這是個很差的習慣，建議修改文件名，如test.mop）。新建測試文件夾，如MOPAC2016-test。將test.mop文件複製進測試文件夾內。運行MOPAC2016.exe test.mop。程序結束後會在屏幕顯示
MOPAC Job: "test.mop" ended normally on Sep 19, 2019, at 10:36.
打開輸出文件，也能夠看到文件末尾有程序正常結束的字樣：
5. 設置別名
在~/.bashrc中寫入
alias mopac="MOPAC2016.exe"
而後source
6. 其餘信息
[1] MOPAC官網：http://openmopac.net/index.html
[2] MOPAC在線用戶手冊：http://openmopac.net/manual/index.html
「以爲有用就給做者賞個雞腿吧」
本文分享自微信公衆號 - 量子化學（quantumchemistry）。
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