amber教程C2

含12個鹼基對的DNA由A型向B型的轉換，並進行了一些結果分析。 將A型DNA進行最小化，加熱，平衡、動力學模擬得到的軌跡進行動力學分析。 前三步均對DNA進行了限制。 這個教程裏還分別對生成的軌跡文件，以及parm文件進行了去水處理，但由於缺少parm的python腳本文件，我便沒有進行去水處理，直接進行了軌跡的分析。 需要用到的文件：dna.prmtop和md.nc。 1、測量RMSD並將其保

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