首先應該注意區分序列類似性與序列同源性的關係，序列類似不必定同源，可是斷定同源性關係的時候有些算法（Maximum likelihood除外）要考慮到序列類似性。序列類似性是將待研究序列與DNA或蛋白質序列庫進行比較，用於肯定該序列的生物屬性，也就是找出與此序列類似的已知序列是什麼，完成這一工做只須要用到兩兩序列比較算法，經常使用的程序包有BLAST，FASTA等。同源性分析是將待研究序列加入到一組與之同源，可是來自不一樣物種的序列中進行多序列比對，以肯定該序列與其它序列間的同源性大小。多序列比較算法經常使用的程序包有CLUSTAL等。html
一、 序列比對，從數據庫中尋找類似序列： 首先打開NCBI的BLAST網站：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ，選擇protein blast，而後將待比對序列粘貼進去，進行BLAST（一些參數的設置收藏夾或百度）。等待必定時間後將會出現與所選數據庫的比對結果，按照打分高低將top100（能夠設置成其餘數值）的序列顯示出來，而後能夠將該100條序列下載下來。存成test.fasta文件。這個文件就是在mega中進行多序列比對建樹所用的文件。算法
二、 多序列比對：打開mega，ALIGN-BUILDALIGNMENT-Create a new alignment-protein-open-retrieve sequences from file-no -test.fasta（或者直接拖動進去，或者雙擊打開test.fasta）,而後點擊Alignment——Align by ClustalW——OK——OK。而後比對成功，選擇Data——Export Alignment——MEGA format保存文件爲test.meg，能夠關閉Align會話框。數據庫
三、 構建進化樹：打開test.meg。點擊PHYLOGENY——選擇最上面的ML方法，參數能夠選擇默認參數。就出現了進化樹。固然一些參數最好仍是用到，好比說可信度驗證的次數設置最好要大於等於500次。網站
四、 進化樹的美化與理解orm
http://www.360doc.com/content/14/0617/22/17553313_387599563.shtmlhtm