在Ubuntu中安裝R的幾種方式總結

近來筆者因爲研究須要，開始研究Linux系統，並動手安裝了VMware和Ubuntu軟件。因緣際會（主要是本身開始入坑Github）發現以前在Windows下安裝失敗的一個R包bignmf沒法安裝緣由。 這個包只能在Ubuntu上測試運行。因此以前在windows上根本沒法編譯和安裝。因此筆者打算在Ubuntu上安裝R並安裝這個包進行使用。 這裏簡單解釋下bignmf包的用處，它是基於Rcpp和RcppEigen兩個包，經過底層C++代碼調用實現的一個R包，實現的算法是NMF（Nonnegative Matrix Factorization，非負矩陣分解)，做者是愛荷華州立大學的潘嵐峯大神。固然R自己自帶也有NMF包，不過語法不是很友好的感受，此外最近筆者也發現了另外的能夠在windows上運行的NMF的R包，NMF的理論和應用方面，包括bignmf的編譯安裝，後面有時間會更新（先挖坑），這裏不作詳細介紹。 回到本篇的主要目的，如何在Ubuntu中安裝R。 這裏提供三個方法：1.Linux安裝軟件的廣泛方法——命令行；2.新立得軟件包；3.從官網下載R語言環境源碼，自行編譯安裝。 1.基於命令行的方法 首先先進入/etc/apt/sources.list，變換軟件源，同時進入管理員權限

cd /etc/apt/
gedit sources.list

在最下面添加一行，deb後面的網址是鏡像，根據你的喜愛選一個（反正我推薦清華的，速度快，不過以前用廈大的也不錯），具體的鏡像地址見後面的網址。

deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/

https://cran.r-project.org/mirrors.html

而ubuntu xenial則是根據ubuntu版本肯定的。個人是16.04，因此是xenial。具體的看官方說明，文末貼連接。 完了以後先更新下軟件源。就能夠開始安裝R了。若是咱們須要自行編譯R包而且安裝的話，就須要在安裝r-base-dev。不過筆者測試過，3.3.3版本的r-base自帶了r-base-dev。因此不須要進行額外安裝。

apt-get update
apt-get install r-base
apt-get install r-base-dev

完了以後，官方推薦還能夠再加個軟件源，是關於R的拓展包的。這裏貼出命令的通用格式，能夠根據需求替換<>的內容。 也能夠添加下載的公共祕鑰。

apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
 deb https://<my.favorite.ubuntu.mirror>/ trusty-backports main restricted universe

完了以後，在命令行裏敲入r，出現下面的頁面說明安裝成功。 2.基於新立得軟件管理包 新立得軟件管理包是Linux下的神器，能夠很方便的管理各種軟件和依賴庫等（上篇提到的WRF-DA模塊編譯依賴庫有些是用這個安裝的，具體過程等介紹WRF安裝時補充）。固然一開始我沒在個人Ubuntu軟件裏找到新立得。後面仔細翻了下軟件列表。發現了這個軟件——Synaptic Package Manager，這個就是新立得軟件管理包了。啓動它，搜索r-base，如圖，右擊標記安裝，而後應用。 3.基於自行編譯的方法 自行編譯的方法，筆者沒有具體嘗試。可是看了下官方文檔。大體的流程以下： 官方推薦是組織一個文件夾進行安裝，一級文件夾爲R_Home，而後把源碼解壓到R_Home下面，並在下面創建src, doc等多個二級文件夾。 而後回到R_Home文件夾。以管理員身份進入。

./configure
make
make check
make check-all

make check-all是針對所有的編譯的（可選），最後在安裝便可。

make install

能夠改變安裝路徑

./configure --prefix=/where/you/want/R/to/go
make prefix=/path/to/here install

具體能夠見官方文檔（連接見文末） 在R裝好的狀況下，爲了寫代碼方便，推薦安裝R最好的IDE，Rstudio。 這邊Rstudio的安裝就不展開講了。下載好deb安裝文件，直接加命令行安裝便可。

dpkg -i rstudio-1.0.136-amd64.deb

在Linux中用Rstudio簡單畫個散點圖。

R語言linux安裝官方文檔：

https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README

R語言鏡像地址：

https://cran.r-project.org/mirrors.html

R語言linux編譯安裝官方文檔：

https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#Installation