Graphpad Prism 堆疊圖

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若是說餅圖是「掰彎」的單列堆疊圖，那麼堆疊圖則是排排站的「剛直」餅圖，詳情參考《ggplot2「掰彎」條形圖實操教程》一文。其實，堆疊圖比餅圖更強大，在展現系列數據的百分比同時還能夠展現不一樣比例的變化規律。好比，微生物組學中，它能夠很好地展現出微生物種羣的丰度變化。

堆疊圖通常有兩種：直接「堆疊」原始數據（第一種）或者「堆疊」原始數據的「百分比」（第二種）。下面使用不一樣物種（細菌）的絕對丰度數據爲例爲你們演示這兩種堆疊圖的繪製方法。

第一種

本文所用數據來自基迪奧生物的16s範例結題報告（12個樣本），以下。

打開軟件後，經過雙擊窗口灰色區域或點Prism(棱鏡)的小三角，新建工程文件。在彈出的嚮導窗口選擇表格類型爲Grouped，以下圖。

將數據複製粘貼到Prism的表格中，接下來須要對數據矩陣作轉置，點擊Analyze按鈕，計算方法選Transpose X and Y，以下：

轉置參數的設置保持默認便可，以下：

轉置效果以下，固然也可在Excel中作完轉置再粘貼到Prism中，這裏主要仍是想爲你們介紹下Prism的分析功能。接着點擊Graphs選項下新生成的圖表，選擇相應的圖表類型。

堆疊圖在Grouped 的summary data選項下，以下圖。

接着對圖表作一些個性化的調整，好比改變顏色、調整座標軸的粗細等，這些操做在以前的教程已反覆出現過，這裏不作贅述。這裏重點介紹一個很是好用的功能：反轉堆疊順序。

除了反轉柱狀圖的堆疊次序以外，還能夠反轉相應的圖例順序，這樣就能夠方便地把「Unclassified」置於最「底」層，以下圖。

第二種

首先，咱們須要先對轉置後的數據進行處理：計算每一個物種的絕對丰度佔比（即相對丰度）。點Analyze 按鈕，計算方法選Fraction of total，以下：

計算方式選擇按行計算，計算結果以百分數的方式顯示（最大值爲100），設置以下：

而後打開計算結果頁面，在Graph選項下新建圖表，圖表類型選擇堆疊圖，以下：

而後只須要對圖表作些個性化的調整便可，好比，顏色能夠選擇只有兩種色相的漸變色。圖例的位置還能夠本身調整，好比分紅兩列置於圖表的下方等，這裏不作贅述。

最終的效果以下：

最後，你也能夠直接使用相對丰度繪製百分比堆疊圖，這樣就不須要用Prism計算百分數啦！若是你想學習Prism這個軟件能夠點擊 閱讀原文，觀看剛上線的Graphpad Prism科研做圖系列視頻教程，好啦，今天的內容就到這裏啦！

 

縱座標改成百分數，首先data表的數據要是percentage而不是fraction，即45%在表格中顯示爲45，做圖時座標範圍在0~100，設置座標軸格式，在Format Axes→Suffix處填上%便可