JabRef 文獻管理軟件

JabRef 文獻管理軟件簡明教程

 

大多隻有使用LaTeX撰寫科技論文的研究人員才能徹底領略到JabRef的妙趣橫生，但隨着對Word寫做平臺上BibTeX4Word插件的開發和便利應用，使用Word撰寫文章且用JabRef推送參考文獻一樣使人十分愉悅。做爲新生代的文獻的送和管理工具（2005年開發），不只功能齊全、各類操做也考慮周到，實現科技研究人員在跨操做平臺和不一樣寫做環境下終身使用一個「本身的文獻庫」再也不是一個奢望。

JabRef主頁和下載地址：http://jabref.sourceforge.net/

1） 免費開源軟件，使用Java語言編寫，支持Windows、Linux、Mac等多個平臺。能夠選擇安裝版本或是免安裝的JAR版本（前提是電腦已有Java環境支持）。

2） 支持在線抓取和更新題錄。最新的JabRef 2.6版本已支持以下圖所示的，CiteSeer、JSTOR、SPIRES、IEEEXplore、ArXiv.org、ACM Portal、Medline以及ScienceDirect 八大電子資源數據庫的文獻查找和索引自動導入功能。

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英文視頻：http://www.eng.auburn.edu/~reevesj/Classes/ELEC6970-latex/jabref/jabref/jabref.html

中文教程:http://wenku.baidu.com/link?url=eWAsSqnWWHuJb6i-Lt199BVXCXKpPdi22Y7Ur1QCADRF5d7BlsxK3gD4h9n3RwhCyUrOHzPrG623nRA7ZPwDNsp94G1pCCdTNcqALAos2wG

中文手冊:http://wenku.baidu.com/link?url=j4YcPQwTkd72RVEjDQnAAioo3g6yit2MIOuV7avniv8x9MGyAU8v7wGGHI6TGnCIrRvTP8kdaBaOf_wS8FM0e1D1K2y2yPwSt6C8A4HsRQu

 

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一、序言

突然萌發翻譯和編寫JabRef中文手冊的想法，由於本身感受這軟件很是不錯而目前又找不到詳細的中文手冊，並且遠在異國他鄉，瑣事少閒暇多。可是能不能堅持寫完就得看之後工做的安排了。

JafRef是開源軟件，徹底免費。但這不是它的主要優勢。免費的東西不少，不見得每件免費的東西都有人要。實用性纔是最重要的。

我用文獻管理軟件只有兩個需求，一是管理或者說整理本身電腦上保存的文獻（主要是pdf格式文件），另一個是寫文章插入引用文獻和編寫參考文獻列表。其餘的需求，好比查新、閱讀和作筆記，均可以歸到這兩個裏面。

不少文獻管理軟件均可以很好知足第二個需求，這個不用再說。也有一些軟件吹噓能很好的管理本機保存的文獻，好比Reference Manager，Endnote，醫學文獻王。Reference Manager是我使用的第一款文獻管理軟件，很快放棄，緣由已經記不得。Endnote使用時間最長，但在半年前放棄了，由於一件事讓我大費腦筋：因爲更換了電腦而把原來的參考文獻庫連同文獻一塊兒轉移到新機，盤符和文件夾設置都徹底照搬，但仍是發現多數全文鏈接打不開了。我一個個試着找出哪些連接已經做廢，而後找到放置全文的地方，再一個個拖拽到文獻條目上讓它從新創建連接。很快我就吃不消了，我有一千多個pdf文件！！（Reference Manager和Endnote是同一個公司的產品，是否是也有這個問題？）當初看中Endnote的緣由是它關聯文獻的簡單方法--鼠標拖拽，沒想到最後讓我無法再使用它的也是這個拖拽。OK，沒辦法了，遷移到其餘軟件吧。（不是我見異思遷，簡單重複而又沒有盡頭的工做，你來試試？）

JafRef有這麼一個功能：全文文獻自動關聯。這個「自動」固然不可能自動到你什麼都不用幹。給文件改一個規則的名字，這是你須要作的。JafRef中有一個域名叫BibTexkey，每篇文獻能夠自動生成惟一的BibTexkey，生成規則能夠根據我的喜愛來定義，只要這個定好，把全部文件名改爲BibTexkey加文件擴展名的形式，JabRef就能自動找到它。

我把BibTexkey定爲「[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage]「，全部文獻不出現重複BibTexkey。而後着手全部文獻的批量重命名工做：
一、在Endnote裏面編寫一個」Output Style「，在Bibliography下的Templates裏面加入」Year-Author-pPages=Link to PDF「（文獻類型Journal Article）
二、把全部帶全文的文獻用此」Output Style「導出一份文本文件
三、按順序完成替換：先把」=internal-pdf://"替換成製表符，再把「/」號替換成製表符
四、拷貝、粘貼到Excel裏面，保留第一列（未來的文件名）和最後一列（原來的pdf文件名），其餘刪除
五、按原文件名排序（爲了符合文件批量命名軟件的須要）
六、拷貝第一列的內容到文本文件，命名保存
七、有一個文件批量命名軟件，叫「拖把文件改名器」。把你全部要從命名的文件放到一個文件夾中，用這個軟件「調用文本文件命名」功能（用的就是第6部中的文本文件），幾秒鐘內它會幫你所有重命名。（軟件很簡單，具體使用方法本身看看就明白了，在這不詳細介紹）

Ok，從Endnote遷走的工做完成一大半了。接下來只須要把參考文獻題錄搬出來。其實這一步我沒有作，緣由很簡單：如今網絡這麼方便，直接使用JabRef內置的搜索功能從新查文獻題錄就好了，何苦去折騰那個導出功能？再說從Endnote導出的格式又不是100%兼容。實在要導出也能夠，下載一個Endnote用的output styleftp://support.isiresearchsoft.com/pub/pc/styles/endnote4/BibTeX%20Export.ens
放到Styles文件夾中，就可使用（須要稍微編輯）。

聽說有方法能把Endnote的文獻題錄連同全文連接一塊兒到出來的方法。可是我不傾向於使用這些方法：既然使用了管理手段，就要用全新的思惟來作事，婆婆媽媽的想換又不換還不如保持現狀。

好了，新的開始，新的征程，但願JafRef能帶給你驚喜。

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二、入門

 

瞭解和使用一個軟件的最好的方法是看它的幫助文檔，這也將是我後面翻譯和編寫JabRef中文手冊的主要工做。可是我性子急，看到某本書或某個幫助文檔不厭其煩的一條條解釋術語和羅列菜單就以爲煩。相信很多人跟我同樣。那好，先撇開這些套套，直接看一些實用的操做。 

一、打開軟件。新安裝的軟件，應該只有軟件菜單和工具欄，其餘空白（下圖）：

 

二、點一下緊挨菜單「File」下面的像白紙同樣工具欄圖標，工具欄下面區域立刻出現帶表頭的區域，這個操做叫作「新建數據庫」。注意左下腳有文字「Status： New database created」：

 

你的軟件出現的表頭可能跟上面的不同，不要緊，由於個人軟件不是第一次使用，調整過。 

三、點擊「Web Search」菜單，選擇最後一個「Search Medline」。注意左邊出現有搜索功能區。在光標閃爍的地方輸入你的關鍵詞。這裏演示輸入的是「arabidopsis proteomics 2009」

鼠標點擊「Fetch」後跳出一個窗口，等待一會就會出現搜索結果：

 

先無論其餘，結果出來後按底下的「OK」。查到的結果所有轉移到了剛纔新建的「數據庫」中：

 

如今能夠看看整個窗口的佈局了。

先看些熟悉的東西：左上角，JabRef程序圖標，有上角，紅叉，關閉程序用；紅叉的下面有個黑叉，是關閉當前數據庫（database）的，先彆着急按它（Sorry，我用的是windows，Mac和Linux這三個圖標的地方會很不同）；菜單，不用說都認識，還有工具欄。 

出現兩個新分隔區（其實不新，你要是用過其餘文獻管理軟件，這都大同小異）：表格狀的是文獻題錄顯示區，顯示的是整個文獻數據庫，每行是一條文獻（專用術語是「題錄」，英文稱爲entry）；它下面的分隔區域是文獻預覽區（entry preview），顯示的是當前選中的文獻的信息。你能夠用「View」菜單下的「Toggle entry preview」顯示或隱藏文獻預覽區。 

再看一下數據庫的表頭（欄標題）。#號表示文獻排序號。Author是做者，它左邊的圖標表示該文獻有網址連接，單擊一下就能夠打開瀏覽器。Title、year、journal等，都很熟悉。有三個多是新的：Owner、Timestamp和Bibtexkey。 

四、修改Bibtexkey設置：

撇下Owner和Timestamp無論。先修改一下Bibtexkey，由於Bibtexkey過重要了，全文管理和寫文章引入參考文獻都靠它。這個Bibtexkey就是文獻條目的標識，至關於一我的的名字，在一個文獻庫裏面Bibtexkey不會重複，若是重複了JabRef會自動在後面加a，b，c來區別（這種狀況不利於全文文件自動關聯，最好避免）。 

打開「Options」（選項）菜單的「Preferences」（偏好設置），點一下彈出窗口左邊「BibTex key generator」切換到該標籤頁：

 

 

看到窗口裏面有一個還算比較顯眼的紅色問好沒？點一下你就能獲得相關的幫助，跟當前窗口的內容絕對對口！

想一下，什麼樣的命名方式獲得的Bibtexkey既簡潔、美觀又不會重複？你應該有好辦法。我比較笨，用的是[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage] （表示：「年」-「第一做者姓」-p「文章首頁」-「文章末頁」，你在幫助頁裏面能瞭解到每一個詞表示的意思），把它放到右邊第一行內（Default pattern）。 

五、順便作一件事，美化文獻題錄顯示： 

點一下左邊的「Entry table columns」：

 

選中右邊的owner，再點一下它右邊上的紅色減號，去掉這一項；把Timestamp和Year也去掉。按「OK」回到JabRef主界面，你會發現數據庫表格簡潔了許多，由於剛纔的操做去掉了Owner、Timestamp和Year這三欄。

 

注意，剛纔設置的Bibtexkey尚未起做用。須要手動更新：點中其中一條文獻，而後用Ctrl+A（同時按下Ctrl鍵和A鍵）全選，再點「Tools」菜單下的「Autogenerate BibTex keys」，所有Bibtexkey獲得更新

 

六、下載和關聯全文

先創建一個你專門用於放文獻的文件夾（我用的是 e:\A_JabRef\pdf）。一樣點擊「Options」下的「Preferences」，選中「External programs」，把「Main file directory」設置成剛纔創建的文件夾位置，而且選中「Main file directory」下面第一個選項，如圖：

 

 

 

設置完畢點「OK」回到主窗口。

你可能剛纔就注意到了文獻預覽區第一行的括號裏面的內容就是Bibtexkey。選中，Ctrl+C拷貝它。點擊做者左邊的網址圖標，跟蹤到它的全文pdf網址，打開pdf文件之後另存到剛纔創建的目錄，文件名用剛纔拷貝到的Bibtexkey，擴展名不變。如今能夠關聯文件了。「Tools」-「Scan database...」-「Synchronize file links」，適當看看彈出的窗口，而後點「OK」，很顯然，有全文的文獻多了一個圖標。

保存文件吧，用axx做文件名，默認擴展名是bib。在工具欄的下面你會看到文件名。

 

如今，你已經跨進JabRef的門檻了 ：）

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三、通常常識

關於幫助窗口

幫助窗口

點擊幫助按鈕或者按下F1。

如今，幫助窗口已經準備好了向你提供有關使用JabRef的信息。

在幫助文件內導航

幫助窗口事實上是一個輕量級的HTML瀏覽器，幫助文件是標準的HTML文件。

從程序的不一樣窗口打開幫助窗口，默認打開的幫助文件是不同的。若是你不能從這個文件獲得你感興趣的內容，工具欄的「內容」按鈕會把你帶到現有的幫助文件列表。

此外，工具欄還包含有顯示下一文件或前一文件的導航按鈕。它們跟標準瀏覽器中的「前進」和「後退」按鈕同樣。鍵盤快捷鍵是左右箭頭鍵，分別表示後退和前進。

能夠按下ESCAPE（ESC）鍵關閉幫助窗口


通常信息

JabRef

注：這些幫助文件會屢次提到bibtex程序。Bibtex是LaTex文檔中用來產生參考文獻的一個工具，由Oren Patashnik建立。Adobe FrameMaker的參考文獻生成工具--CiteMaker，也使用一樣的數據庫格式。

JabRef是使用bibtex數據庫進行工做的程序。程序沒有使用本身內部的文件格式，這表示你能夠直接用bibtex的.bib格式載入和保存你的數據庫。然而，你也可使用多種其餘格式導入參考文獻數據庫。

JabRef提供的排序和搜索功能可使你可以對數據庫的內容有整體的瞭解。你能夠輕鬆的添加數據庫條目而不用去強記哪些信息是必需的，還能夠生成bibtex keys。若是你正在使用bibtex或CiteMaker，JafRef對你至關有用；若是你正在使用其餘文獻體系或者僅僅想管理文獻資源，JabRef可能對你也一樣有用。

JabRef主窗口

JabRef主窗口

注：下面提到的多數菜單動做都有鍵盤快捷方式，有不少功能也能夠從工具欄上得到。你能夠在下拉菜單中找到鍵盤快捷方式。

這是處理你的數據庫的主要窗口。在菜單和工具欄下面是一個標籤式窗格，你目前打開的每一個數據庫都有各自的一個面板。

         ? 經過在「偏好設置」對話窗口中選擇你須要的域名，能夠決定在表格裏面顯示哪些「域」（內容）。

         ? 經過雙擊表內的一行，你能夠編輯文獻條目的內容。你能夠用箭頭鍵在不一樣的表之間切換。

         ? 表格排序依據的是你已經選擇的一系列域。默認的排序依據在「偏好設置」->「題錄列表」中設置，可是爲了快速改變順序，你能夠經過單擊列上的表頭而把這一欄設爲主要排序標準，若是已按該欄爲標準進行排序則將進行逆序排列。再次單擊將取消該欄做爲排序標準。設定了主要排序標準後，你能夠按下CONTROL鍵，單擊某一欄來設定、取消爲次級排序標準或移除次級排序標準。你能夠添加任意數目的次級排序標準。

         ? 拖動表頭中兩欄之間的邊界能夠調整每欄的寬度。

         ? 能夠在「偏好設置」對話窗口中設置是否從新調整表格以適應窗口。使用此功能能夠確保整個表格可見，而取消該功能可讓你有空間顯示更多的信息。

         ? 顏色代碼也能夠在「偏好設置」窗口中切換。在單元格中顯示下面不一樣顏色能夠幫助你識別數據庫是否完整

                  – 最左邊的紅色單元格表示該題錄不完整。

                  – 最左邊的黃色單元格表示該題錄自己並不完整，但它交叉引用

                  – 藍色的單元格表示該單元格的內容是必需的

                  – 綠色單元格表示該單元格的內容是可選的。

                  – 無色的單元格表示此定義域在該類型的題錄中沒有被bibtex程序使用。這樣的域仍然可以在JabRef中編輯。

添加新文獻題錄

添加新題錄的方法有幾種。菜單中的「新題錄」動做顯示一個對話窗口，你能夠從列表中選擇文獻的類型。也能夠繞過這個對話窗口, 每一種題錄類型都有獨立的菜單動做，最經常使用的類型還有鍵盤快捷方式可使用。

添加新題錄後，題錄編輯對話窗口默認被打開。也能夠在「偏好設置」對話窗口中關閉這種功能。

注：強烈建議你學習一下你經常使用題錄類型的快捷方式，好比CTRL-SHIFT-A 用於添加新文章類型題錄。

編輯題錄

爲已有的文獻題錄打開編輯對話窗口，在該題錄的行內任何地方雙擊鼠標便可（或者選中題錄並按ENTER鍵）

在域內引用bibtex字符串

在JabRef 中你能夠像使用文本編輯器同樣書寫全部內容，但有一點除外：用一對#號把字符串名字包含起來。如：'#jan# 1997'將被解釋爲字符串名'jan' 後接 ' 1997'。

請參考：字符串編輯器。 

題錄編輯器

在主窗口中雙擊題錄的行內任何地方，或者選中題錄並按ENTER鍵便可打開題錄編輯器。按ESC鍵能夠關閉該面板。

在此面板中你能夠爲單一題錄指定任何相關的信息。題錄編輯器檢查題錄的類型並列出全部必需的和可選的域，方便使用bibtex查詢題錄。此外，有一些域稱爲通用域，這些域是全部題錄類型共有的。

你徹底能夠本身爲每種題錄定義哪些域是必需的而哪些域是可選的，也能夠定義哪些域會出如今通用域標籤窗口。請參考自定義題錄類型獲取更多的幫助內容。

獲取更多有關如何填寫域內容的信息，請參考Bibtex幫助。

題錄編輯面板

題錄編輯器包含了6個面板：必需域、可選域、通用域、摘要、審閱和BibTex源代碼，其中能夠通用域、摘要和審閱面板能夠自定義（參考自定義通常域獲取詳細信息）。在前三個面板內，能夠用TAB和SHIFT-TAB鍵在各文本域間切換位置。

用鼠標點擊在面板件切換，或者使用組合鍵切換到左邊或右邊面板：CTRL-TAB 或 CTRL-PLUS 切換到右邊的面板， CTRL-SHIFT-TAB 或 CTRL-MINUS切換到左邊的面板。你也能夠按下CTRL-SHIFT-DOWN轉到下一個， CTRL-SHIFT-UP轉到前一個題錄，或者點擊適當的工具欄按鈕。

BibTex源代碼面板向你展現的是數據庫以bibtex格式保存時的題錄樣式。若是你願意，你能夠在此面板直接編輯bibtex源代碼。須要轉到其餘面板時，按STRL-S或關閉題錄編輯器，JabRef會盡量解析源代碼面板的內容。若是解析出錯，你會獲得通知，容許你進一步修改題錄或返回到之前的內容。若是「偏好設置」對話窗口「通常選項」的「默認顯示源代碼」被選中，你每次打開題錄編輯面板時首先顯示的老是源代碼面板。若是你喜歡編輯源代碼而不是其餘四個面板，你應選中這個選項。

小貼士：若是你的數據庫中包含有JabRef不能識別的域，他們會被顯示在源代碼面板中。

小貼士：pdf和url域支持拖拽操做。你能夠把url從瀏覽器中拖放到這， 也能夠是一個pdf文件的連接（JabRef會幫你下載這個pdf文件，或保留此連接）。

域內容一致性檢查

當一個域中的內容發生改變後，JabRef會檢查新的內容是否能被接受。若是是被bibtex使用的域類型，會檢查這些內容中#符號的使用。 此哈希符號只能成對出現，用來封裝一個被引用的bibtex字符串名字。注意，JabRef並不檢查這個引用的字符串是否存在（這不是件容易的事情，由於bibtex風格中你能夠自定義JabRef不能識別的任意字符串組合）。

若是域內容不被接受，這個域會顯示爲紅色，表示錯誤。這種狀況下的修改不會被存儲。

bibtex key自動生成

按CTRL-G或「生成key」按鈕（魔術棒）會根據必需域中的內容自動爲題錄生成bibtex key。

更多有關JabRef如何生成bibtex keys的信息，請看參考「自定義BibTex key生成器」。

單詞/名字自動補全

JabRef提供了單詞和名字的自動補全功能。自動補全能夠在「選項」 ->「偏好設置」 ->「題錄編輯器」中設置，它已經在幾個經常使用的域中默認激活。

當在激活了自動補全功能的域內編輯時，JabRef會根據數據庫中其餘地方特定域內出現的詞給你提供補全建議。建議補全的文本用高亮塊顯示。你能夠用PAGE UP 和 PAGE DOWN鍵在可能的建議內循環。按ENTER接受建議。忽略建議只需繼續打字。

四、域

關於bibtex

JabRef能幫你處理bibtex數據庫，但須要記住的是：在編輯文獻題錄時要確保你的數據庫能被bibtex程序正確處理。 

Bibtex域

在bibtex中有許多不一樣的域，JabRef也能設定一些附加的域。

一般，你能夠在包含文本的域內使用LaTex命令。Bibtex會自動格式化你的文獻列表，根據你的參考文獻風格將列表中某些域轉成大寫或小寫。爲保證特定的字符保持大寫，請把它們用大括號包含起來，例如{B}elgium。

部分域類型的說明：

         Bibtexkey：是用在LaTex文件中引用題錄的獨特字符串。須要注意的是：從LaTex中引用題錄時，此關鍵詞必需和文獻字符串的大小寫徹底匹配。

         address：地址，一般指出版者或其餘機構。對於一些大的出版社，van Leunen建議整個忽略。而對於一些小的出版社，給出完整的地址對讀者會有幫助。

         annote：即annotation，註釋。標準的參考文獻格式不使用註釋，可是一些程序用它來產生註釋型的參考文獻。

         author：做者。該域應該包含一條文獻題錄中完整的做者列表。做者名之間用and分隔，做者數目多於三個也是同樣。名字能夠用兩種等價的方式書寫：

               – Donald E. Knuth （名 + middle name +姓）或者 Knuth, Donald E（姓+「,」+名）
                – Eddie van Halen 或 van Halen, Eddie

        （譯註：上面兩行是兩個例子，每一行中是兩種書寫方式。）

        若是做者多於兩個，必需使用後一種方式（帶逗號的方式）以區別中間名（middle names）和姓（last names）。

         booktitle：書名。部分書名會被引用。對於書籍題錄，使用題目域代替。

         chapter：章（或節或其餘）編號。

         crossref ：交叉引用，題錄被交叉引用時用的數據庫關鍵詞。

         edition：版本，書的版本號，如「第二版」（「Second」）。應使用序數詞，並且第一個字母要大寫。必要的時候標準的文獻格式會把它轉換成小寫。

         editor：主編。該域和做者域相似。若是已經有做者域，則「editor」域用於給出文獻所在的書或專輯的主編名。

         howpublished：出版方式，專用於一些奇怪的文獻，標明它是如何被出版的。第一個字母要大寫。

         institution：研究所，指技術性報告的贊助機構。

         journal：期刊名，能夠簡寫成一個「字符串」（string）。要定義這樣的字符串請使用字符串編輯器。

         key：用於按字母順序排序、交叉引用和在「做者」域信息缺乏時產生標籤。該域和cite命令中出現的（也是在數據庫題錄開始處出現）key是不同的，不要混淆。

         month：月份，指工做發表的月份；對於未發表的工做，指寫做的月份。應該使用三字母縮寫（jan, feb, mar, apr, may, jun, jul, aug, sep, oct, nov, dec）。 

         note：註釋。能夠幫助讀者理解的任何附加信息。首字母應大寫。

         number：期刊、雜誌、技術性報告或系列著做的期號。一本期刊或雜誌一般用卷號和期號來識別；出版技術報告的機構一般也會給出一個期號；有時書名也會給出系列號。

         organization：機構，指贊助會議或出版手冊的機構。

         pages：頁碼，一頁或多頁或者頁碼範圍，如42-111 或 7,41,73-97 或 43+ （最後一個例子中的 `+' 表示隨後的頁碼編排比較複雜） 。爲了更好的維護數據庫的翻錄性，標準的文獻格式將單破折號（如7-33）轉換成Tex中使用的雙破折號表示頁碼範圍。（7--33）。 

         publisher：出版社名字。 

         school：論文撰寫的學校名字。

         series：系列著做或書的名字。引用整本書時，題錄的title給出書名，而可選的series域給出系列名，或多卷書刊的「套」號。.

         title：著做的標題/題目。大寫形式取決於文獻格式和使用的語言。對於必需大寫的詞，請使用括號將詞或首字母括起來。

         type：技術報告的類型，如研究簡報（Research Note）。

         volume：期刊或多卷速記的卷號。

         year：出版年份，或未出版著做的寫做年份。一般應該爲四位數，如1984，雖然標準的文獻格式能處理末四位爲連續數字的任何年份（如：大約1984）。本域對多數題錄類型是必需的。

其餘域

BibTeX很是流行，不少人用它來存貯信息。這裏列舉了一些常見的域： 

         affiliation* ：指做者的隸屬關係。

         abstract：著做摘要

         doi：即數字文獻標識（The Digital Object Identifier），用於標識文獻的一個參數。

         eid：電子標識（The Electronic identifier），用於標識紙質刊物的電子期刊。此數字取代了頁碼，能夠用於查找紙質刊物中的文章。有時也稱引文號。

         contents* ：內容列表。

         copyright* ：版權信息。

         ISBN* ：國際標準書號（The International Standard Book Number）。

         ISSN* ：國際標準系列號（The International Standard Serial Number），用於標識期刊。

         keywords：關鍵詞，用於搜索或註釋。

         language* ：文章的寫做語言。

         location* ：和文獻題錄相關地址，如會議召開的城市。

         LCCN* ：國會圖書館電話（The Library of Congress Call Number）。我還見過用「lib-congress」表示的。

         mrnumber* ：數學評論號碼（The Mathematical Reviews number）

         price* ：文檔的價格。

         size* ：著做的物理尺寸。

         URL：指向引文的WWW通用資源定位器，一般用在技術報告中指向存放該報告postscript代碼的ftp站點。

注：帶*號的域不是JabRef直接支持的域。

JuraBib

         urldate：最後一次訪問網頁的日期。


JabRef的文件連接

JabRef能將文獻題錄與存儲在你係統上的任意類型文件創建連接，也能用URL或DOI標識的形式和網絡上的文檔創建連接。每條題錄能有任意數目的文件連接，並且每一個連接的文件都能快速地從JabRef打開。

在BibTex的術語中，一條題錄的文件連接是在單一的域內編碼的。可是，在JabRef內這些連接和其餘BibTex域同樣，展示在你面前的是一個能夠編輯的連接列表。

設置外部文件類型

文件連接必需先選擇文件類型，這樣JabRef才能夠決定使用什麼文件圖標，打開文件的時候才知道應使用什麼程序。文件類型的列表能夠經過下列方法查看和編輯：

選擇「選項 ->管理外部文件類型」，或者在「偏好設置「窗口中點擊「管理外部文件類型」按鈕。

文件類型的指定內容包括：名稱、圖標、文件擴展名和查看文件的應用程序。在Windows系統中，爲了可以使用Windows的默認查看程序，應用程序名能夠忽略。

爲題錄添加外部文件連接

若是file（文件）域已經包含在通用域中，你能夠在題錄編輯器中直接編輯一條題錄的外部文件列表。編輯器提供了插入、編輯和移除連接的按鈕，也有爲連接列表從新排序的按鈕。

若是你的文件在你的文件目錄（在「偏好設置 ->外部程序 -> 外部文件連接 -> 主文件目錄」中設置）或其子目錄內，文件的擴展名符合已定義的一種文件類型，並且文件名包含有BibTex題錄的BibTeX key，那麼，這個文件能夠經過點擊題錄編輯器中的Auto按鈕自動產生連接。至於文件名和BibTeX key自動創建連接的規則，能夠在「偏好設置->外部程序->使用正則表達式搜索」中設置。

若是你須要下載一個文件，並從一個題錄中連接它，你能夠點擊題錄編輯器中的下載按鈕。這將會出現一個對話框，提示你輸入URL。文件會下載到你的主文件目錄，並根據題錄的BibTeX key命名，最後把它和題錄相連接。

打開外部文件

能夠有多種途徑從JabRef打開一個外部文件或網頁。在題錄列表窗口，你能夠選擇題錄而後經過菜單選擇、鍵盤快捷鍵或鼠標的右鍵菜單打開該題錄的外部連接。若是題錄列表窗口中設置了顯示文件欄（經過「偏好設置」 -> 題錄列表 -> 特殊表欄 -> 顯示文件欄」中設置），你能夠單擊文件圖標打開題錄的第一個文件連接。要看到該題錄已連接的全部文件，在文件圖標上點鼠標右鍵（Max OS X上用Ctrl-click），將出現一個顯示全部連接的菜單。

JabRef中的PDF/PS/URL/DOI 連接

注：JabRef 2.3 及之後的版本提供了加強的外部文件連接功能。

JabRef能將文獻題錄與存儲在你係統上的PDF或PS文件創建連接，也能用URL或DOI標識的形式和網絡上的文檔創建連接。

外部閱讀器設置

程序必需預先知道用於打開PDF、PS和web頁面的外部瀏覽器。這些設置極可能已經根據你的操做系統進行了默認設置，因此你可能不須要改變這些設置。

要改變外部瀏覽器設置，進入「選項->偏好設置->外部程序」。

打開外部文件或連接

能夠有多種途徑從JabRef打開一個外部文件或網頁。在題錄編輯器中，你能夠雙擊包含了文件名、DOI或URL的文本域。在題錄列表窗口，你能夠選擇題錄而後經過菜單選擇、鍵盤快捷鍵或鼠標的右鍵菜單打開該題錄的文件或網頁。最後，你能夠單擊PDF、PD、URL和DOI圖標。

默認狀況下，題錄列表窗口包含了兩個有圖標的欄，用於顯示題錄的外部文件連接和URL。你能夠在「偏好設置 -> 表格」中取消任何一項。題錄列表的第二欄顯示PDF或PS文件圖標（若是兩種文件都有則僅顯示PDF），第三欄顯示URL或DOI（若是二者都有，則只顯示URL）。你能夠單擊圖標打開文件或網址。

注：若是題錄編輯器中不出現PS域，你須要爲通用域自定義題錄類型。

PDF/PS主目錄

JabRef很容易將PDF/PS文件連接到你的文獻題錄。爲了使用吃功能，你須要在「選項->偏好設置->外部程序」中爲程序設定你的PDF/PS住目錄。JabRef用相對路徑方式來引用存儲在該目錄及其子目錄的全部PDF/PS文件。這能夠方便你移動PDF/PS目錄，也方便來自網絡上不一樣地方的用戶使用相同的數據庫。

此外，若是你用相應文獻題錄的bibtex key（加上'.pdf' 或 '.ps'）命名你的PDF/PS文件，JabRef能搜索你的主目錄及其子目錄以獲取正確的PDF/PS文件。只要被正確命名的PDF或PS文件在那裏，你就可使用這種功能，方法是：點擊題錄編輯器中PDF/PS域旁邊的「Auto」（自動）按鈕。若是找到了PDF或PS文件，此域馬上被設定。 

若是你按照上面提到的方法命名了文件，你也能夠根本不用設置題錄的PDF或PS域而直接打開文件。這樣作的缺陷是：PDF或PS圖標不會出如今題錄列表窗口內，除非你（手動地或使用'Auto'按鈕）設置了PDF或PS域。

數據庫專用PDF/PS目錄

你能夠爲數據庫設置專門的PDF/PS目錄（文件->數據庫屬性）。這些目錄將取代PDF/PS主目錄。

使用正則表達式搜索自動關聯文件

在前面的章節中已經介紹了JabRef的文件自動連接特性：若是你爲文件選擇了和「bibtex-key + 擴展名」相對應的文件名，JabRef就能自動的找到它。

JabRef2.2之後的版本使用了正則表達式搜索，這使文件的命名方案方面有了更大的彈性。多數狀況下能夠沒必要考慮去適應既有的默認規則。

打開外部程序偏好設置（選項->偏好設置->外部程序），你會發現一個叫「使用正則表達式搜索」的選項。若是你想用本身的正則表達式來搜索PDF目錄選上這個選項。

JabRef能夠識別下列正則表達式語法：

          * ：搜索全部一級子目錄，不包括當前目錄和更深的子目錄。

          **：遞歸搜索全部的子目錄和當前目錄 。 

          . 和 .. ：當前目錄和父目錄。 

          [title] ：方括號內的全部表達式將被替換成當前題錄的相應域內容。

          [extension]：替換成當前域的擴展文件名。

          其餘全部的文本均被解釋爲正則表達式。但注意：爲了避免和路徑分隔符號混淆，請避免使用兩個連續的反斜槓。

默認的搜索方案是： **/.*[bibtexkey].*\\.[extension]。你確定明白，這將搜索和擴展名相關聯的全部子目錄（好比PDF目錄）中任何具備正確擴展名且文件中某個地方包含了bibtex key的任何文件。

題錄時間戳

本功能能夠在「選項->偏好設置->通用設置」中關閉或配置。

JabRef能自動的產生一個包含題錄加入數據庫的日期的域。

格式

時間戳的格式能夠用一個包含了預設單詞的字符串肯定，該字符串指定日期中的不一樣部分所處的位置。

下面是一些可用的預設單詞（圓括號中給出的例子是：2005年9月14日星期三下午5:45）：

        yy: 年 (05) 

        yyyy: 年 (2005)

        MM: 月 (09)

         dd: 日 (14) 

        HH: 小時 (17) 

        mm: 分 (45)

這些預設的單詞能夠和標點符號和空格聯合使用。

例：

yyyy.MM.dd 獲得 2005.09.14 

yy.MM.dd 獲得 05.09.14

yyyy.MM.dd HH:mm 獲得 2005.09.14 17:45 

全部者（owner）域

JabRef可以在新的文獻題錄或導入數據庫的題錄中標上你的名字，此功能是可選的。你能夠進入「偏好設置->通常設置」（Preferences -> General）關閉或容許此功能，也能夠更改標記題錄時使用的名字。默認的名字是你的用戶名。

此名字能夠在「全部者」域內添加，該域在題錄編輯器的通用域標籤頁內默承認見。

域內容選擇器

本功能容許你存儲一些數據庫中經常使用的詞或短語。默認狀況下此功能對期刊、做者、關鍵詞和出版社等域內容（Journal, Author, Keywords and Publisher）有效，但你也能夠把其餘域加入到選擇器中：在管理對話窗口的上部（菜單 Tools --> Manage content selectors）。

單詞選擇功能是針對特定數據庫的，而且隨參考文獻一塊兒保存在.bib文件中。

要加入一個新詞，把它輸入到選擇器的小box中並按ENTER鍵。你使用「管理」對話窗口刪除已經加入的詞。

期刊縮寫

此功能能夠在「選項->管理期刊縮寫」（Options -> Manage journal abbreviations）中配置。

只要期刊名包含在你的期刊列表中，JabRef就能自動的在縮寫和未縮寫格式的期刊名之間相互切換。你可使用多個期刊列表，全部的列表都應是你硬盤上的文本文件。

使用本功能

從題錄編輯器或者從「工具」菜單均可以使用期刊名轉換功能。在題錄編輯器內，你能夠在期刊域旁邊找到一個標籤爲「切換縮寫」（Toggle abbreviation）的按鈕。點擊這個按鈕能夠依次將現有的期刊名轉換爲如下三種顯示模式：

                全名，如 "Aquacultural Engineering" 

                ISO縮寫：如 "Aquacult. Eng." 

                MEDLINE縮寫，如 "Aquacult Eng"

若是當前的期刊名稱不在你的期刊名列表中，這個域的內容不會改變。

你能夠對大量的題錄實現期刊名批量轉換：選擇任意數量的題錄，而後選擇「工具->縮寫期刊名（ISO）」、「工具->縮寫期刊名（MEDLINE）」或「工具->取消縮寫期刊名」。若是你的期刊名列表中有這些期刊名稱，這三種操做會把選定題錄的期刊名縮寫或取消縮寫。

設置你的期刊列表

你可使用多個期刊名列表，全部的外部文本文件都需與JabRef關聯。主要的刊名列表能夠在JabRef內編輯。

個性化刊名縮寫列表

你的個性化刊名列表能夠在「管理期刊縮寫」（Manage journal abbreviations）窗口的上部進行管理。選擇「新建」並手動輸入文件名或者使用瀏覽按鈕開始創建你本身的刊名列表。若是你想使用已有的文件，選擇「已有文件」並經過「瀏覽」按鈕選擇文件。表格會顯示所選列表的內容更新。

可使用表格及右邊的工具按鈕添加、刪除和編輯期刊條目。你須要爲每一個條目提供期刊全名和ISO縮寫（如
 "Aquacultural Engineering" 和 "Aquacult. Eng."）。要編輯期刊條目，雙擊其所在的表格行。

若是你選擇了文件，並且表格中至少有一條期刊條目，單擊OK就能夠把表格的內容存到文件中，JabRef的期刊列表也會更新。

外部期刊列表

除了個性化的刊名列表，你還能夠連接一些外部的（刊名）列表。在「管理期刊縮寫」窗口的底部設置這些連接。外部的列表和個性化列表類似，惟一的差異是JabRef沒有爲外部列表提供編輯界面。

若是須要再添加一個新的外部列表，點擊「+」號能夠在操做界面上添加一個槽。而後使用槽邊的「瀏覽」或「下載」按鈕。

                「瀏覽」按鈕能夠選擇計算機上已經存在的文件。
                「下載」按鈕容許你輸入URL經過網絡下載刊名列表並保存到你的計算機中，同時將它與JabRef創建連接。默認提供刊名列表的網址是JabRef的網頁。這個列表還不完整，未來還會改善。

若是你的個性化刊名列表和外部列表中的某些條目有相同的期刊全名，那麼，（對於這些期刊條目來講）起做用的是你的個性化刊名列表。相似地，外部列表的優先級是按照他們排列順序肯定。

五、查找和整理題錄

文獻題錄分組管理（Groups）

（文獻題錄）組，能夠對BibTex數據庫以樹狀形式進行結構化，這種方式有些像磁盤上的目錄和子目錄（文件夾和子文件夾）。但這二者的主要區別是：

一個文件只能位於一個目錄內，而一條文獻題錄能夠被一個以上的「組」包含。

能夠用特定的規則動態的定義「組」的內容。新的題錄若是符合這些規則，他們將自動的被歸入到這些組當中。這個特性在普通的文件系統裏面是沒有的，但一些Email客戶端能夠提供（如Thunderbird and Opera）

選擇一個組就能夠顯示包含在組內的文獻題錄。根據當前設置的不一樣，選擇多個組能夠顯示這些組包含文獻的合集或交集。下面的內容將詳細介紹這些。

組的定義是針對特定數據庫的；它們保存在.bib文件的@COMMENT塊中供全部的用戶共享。（未來的JabRef版本有可能支持依賴於用戶的分組。）

界面

分組界面位於屏幕左邊的側面板。按CTRL-SHIFT-G或者工具欄上的分組按鈕能夠打開或關閉該面板。界面上有幾個按鈕，可是多數功能均可以經過上下文菜單（即「右鍵菜單」）實現。支持鼠標拖拽操做。

速成例子。你可能須要... ...

1. 簡單的創建一個新組並給它指定幾條題錄

首先確保分組界面可見。按下「新分組」按鈕，鍵入名字，其餘的都使用默認設置，而後按OK。如今選擇須要分配到該分組的文獻題錄，用鼠標拖拽到該分組上（即左邊分組面板上的組名字），或者使用右鍵菜單中的「添加」選項。最後，選擇分組（即用鼠標點組名字）查看組內容（顯示的應該你剛纔分配的文獻題錄）。

2. 使用關鍵詞對題錄進行分組

確保分組界面可見。按下「新分組」按鈕，鍵入名字，選擇「在域內搜索關鍵詞進行動態分組」選項（Dynamically group entries by searching a field for a keyword）。鍵入要搜索的關鍵詞並點擊OK。最後，點擊組名查看它的內容，它應該是含有你指定關鍵詞的全部題錄。

3.使用自由格式的搜索表達式定義一個組

確保分組界面可見。按下「新分組」按鈕，鍵入名字，選擇「經過自由格式搜索表達式進行動態分組」選項（Dynamically group entries by a free-form search expression）。鍵入author=smith做爲一個搜索表達式（把做者名換成你真正要找的名字）並點擊OK.最後，點擊組名查看它的內容，它應該是做者域內含有你指定名字的題錄。

4. 合併多個組

創建兩個不一樣的組（如上所述）。點擊「設置」按鈕，把「並集」（Union)選上。如今把兩個組都選上。你應該能看到兩個組中包含的全部題錄。點擊「設置」按鈕，選擇「交集」（Intersection）。如今你應該只能看到那些在兩個組中都包含有的題錄（也可能什麼都沒有，或者跟前面並集的結果徹底同樣--若是兩個組包含一樣的題錄）。

5. 鑑別重疊的組

JabRef能讓你輕易的就能分辨出哪些組和當前選擇的組有重疊（即：至少有一條題錄包含在當前選擇的組中）。點擊「設置」按鈕，激活「高亮顯示重疊組」（highlight overlapping groups）。選擇一個組，若是這個組和其餘的組有重疊，這些重疊的組會被高亮顯示（默認顯示爲紅色）。

組的類型

在JabRef中有四種不一樣類型的組：

1. 「全部題錄」組。就像它的名字表示的同樣，包含了全部的題錄。它老是存在而且不能編輯和刪除。

2. 靜態組：靜態組表現和磁盤上的目錄相似，僅僅包含你明確爲它們指定的題錄。

3. 基於關鍵詞搜索的動態組： 包含的題錄是在特定BibTeX域（如：關鍵詞）含有特定詞（如：electrical）的那些題錄。這種方法無需手動指定題錄，但須要使用數據庫中已經存在的信息。若是你的數據庫中關鍵詞域中含有合適的關鍵詞，使用這種分組方法會是最佳選擇。

4. 基於自由格式搜索表達式的動態組：包含有符合特定搜索表達式的題錄。它使用的語法跟側面的搜索面板同樣。這種語法支持邏輯操做符(AND, OR, NOT)，容許指定一個或多個BibTex域進行搜索，便於使用比關鍵詞搜索彈性更大的分組定義（如：author=smith and title=electrical）。

你創建的每一個組都屬於後三種類型之一。在一個組（名）上雙擊能夠打開組編輯對話框，上面顯示了當前選擇/編輯組的簡短定義。

組的結構，創建和移除組

和目錄相似，組是以樹狀結構來組織的，「全部題錄」組是它的根。在組上點擊右鍵能夠在樹結構上增長一個新組，這個組能夠和所選的組位於同一層，也能夠是所選組的子組。不管當前所選的是什麼組，用「新建組」按鈕均可以在「全部題錄」組下創建子組。而上下文菜單（右鍵菜單）能夠移除組和/或子組，對子組按字母順序排序，或者把它移動到樹的其餘地方。後者還能夠經過鼠標拖拽功能實現，可是不能用拖拽改變子組的順序。

全部的編輯都支持「取消」和「重作」。

靜態組

靜態組中的文獻題錄只能手工指定。創建了一個靜態組之後，選擇須要爲它指定的文獻題錄，使用拖拽或者題錄顯示錶格中的右鍵菜單進行題錄指定。不須要設定任何選項。

這種方法要求全部的題錄都有惟一的Bibtex key。若是缺乏或者有重複的BibTex key，指定的題錄可能在未來的操做中不能正確恢復。

動態組

動態組內容的定義依據是一個邏輯條件。符合這個條件的題錄纔會歸入到組中。這種方法使用存儲在數據庫自己中的信息，並且只要數據庫發生改變它就會動態的更新。

這裏你可使用兩種類型的條件：

1. 查找域中的關鍵詞

這種方法將某一指定的BibTex域含有指定搜索術語（如electrical）的題錄所有歸入組內。顯然，爲了讓它工做，每一個題錄必需有用於分組的域，並且它的內容必需準確。上面的例子會把含有electrical相關信息的全部題錄都歸到一個組內。使用做者域能夠指定特定的做者來創建新的組。其餘以此類推。搜索可使用純文本或者正則表達式模式進行。若是使用前者，你能夠增長或刪除分組域內的內容，實現增長/刪除題錄。但這種操做僅對關鍵詞域或者自定義域起做用，顯然你不能改變一些域內容，如做者或年份。

2. 使用自由格式的搜索表達式

跟上面的方法有些相似，但不只僅侷限於在單一的域內搜索一個關鍵詞，你可使用搜索代碼，支持邏輯操做符 (AND, OR, NOT)，並容許進行多BibTex搜索。 例如， 搜索表達式「 keywords=regression and not keywords=linear」把和「 non-linear regression」相關的題錄聚成一個組。

在組查看面板內，動態組默認顯示爲斜體。能夠在偏好設置中關閉默認設置（Options -> Preferences -> Groups, box "Show dynamic groups in italics"）。

分級關聯

默認狀況下，一個組的存在跟它在分組樹上的位置無關：選中的時候只有被選中組的內容會顯示。然而，尤爲是使用動態分組的時候，一般經過精簡一個超級組來定義子組，即，當選中的時候，在兩個組中都存在的題錄被顯示出來。例如，使用關鍵詞distribution創建一個超級組，再用關鍵詞gauss創建一個子組對超級組進行精簡。如今選擇子組就會顯示同時符合兩個條件的題錄，即，和Gaussian distributions分佈相關的題錄。

在超級組下用laplace關鍵詞再增長另一個子組，組定義很容易就擴展了。在分組樹上，精簡組使用特殊的圖標（能夠在偏好設置中關閉）。

查看組內題錄，合併多個分組

點選加亮一個組會顯示組內的文獻題錄，並且會依據設置（點擊「設置」按鈕能夠進行設置）的不一樣將這些題錄移到列表的最上端或/並選擇它們。這些選項和普通搜索的選項相同。

若是選擇了多個分組，會根據當前設置顯示這些組內容的並集（union）或交集（intersection）。這使你很快速的合併多個條件，例如，你有一個包含了全部重要題錄的重要靜態分組，在任何其餘組內同時選中這個分組，你就能夠在任何組內看到這些重要題錄（須要你在設置中選擇交集）。

分組和搜索

查看組內容的同時能夠對該組的題錄進行正常的查詢操做。

加亮重疊組

「設置」按鈕提供了加亮重疊組的選項。若是啓用了該功能，當選擇了一個或多個分組時，全部與當前組有至少一條共同題錄的分組都會被加亮。此功能能夠快速的瞭解不一樣組之間的內容的重疊性。例如，你能夠創建一個「待讀」分組放置你全部須要閱讀的文獻。如今，若是你選擇的分組裏麪包含有待讀文獻，「待讀」分組就會高亮顯示。

高級功能

掌握了以上的（文獻題錄）分組概念後，下面的高級功能就很容易使用了。

自動生成動態組

點擊「自動生成分組」按鈕能夠快速的生成適合你文獻數據庫的一套分組。本功能收集指定域中的全部單詞併爲每一個詞創建一個分組。若是你的數據庫給每條文獻都提供了合適的關鍵詞，這功能纔會有用。若是你是根據「關鍵詞」域來自動產生分組，你不會浪費任何資源就獲得一系列基本的分組。

你還能夠指定哪些符號須要忽略，好比分隔關鍵詞用的逗號。程序會把這些符號當成詞間的分隔符，而不是詞的一部分。這一步對於合併關鍵詞很重要，如拉普拉斯分佈（laplace distribution）就會被識別成一個語意單位。（不要期望使用此功能徹底的去掉某些詞。若是某些分組是你不須要的，在自動生成之後再刪除它們。

（使用者注：若是你的數據庫中有不少文獻，建議不要用這方法試圖使用諸如摘要、關鍵詞進行自動分組。除非你用的是超級計算機，呵呵。）

更新組視圖

「更新」按鈕能夠更新題錄顯示錶以正確反映當前所選組的內容。一般這會自動完成，但極少狀況下（例如進行了與組相關的「取消」/「重作」操做後）會須要手動的更新。 

與latex聯立生成參考文獻

在main.tex頭中寫入

\usepackage{bibentry}
.....   % 文章內容
引用文獻\cite{2012_Chatlani_p1158_1166}
...

下面兩行生成參考目錄
\bibliographystyle{ieeetr}                                                    %控制文獻顯示格式的
\bibliography{D:/selsyn_115/JabRef/pdf/NSP_paper}         %保證 LaTeX 能夠找到該 bib 文件

這樣，LaTeX 保證了全部用 \cite 引用到的文獻都已被列出，而且自動編號。

關於參考文獻的顯示格式、排序，及其餘
   前面提到參考文獻的排序問題，以及引用序號是 LaTeX 提供的 ID 仍是數字的問題。
其實不止這些，參考文獻的顯示格式也是能夠定製的。參考文獻以正文中引用順序排序，
仍是以文獻第一做者的 last name 排序，是經過一些 bst 文件來控制的。而使用哪一種 b
st 格式，可經過 bibliographystyle 命令控制。LaTeX 默認提供了這麼幾種格式，如：
plain、alpha、unsrt等。具體意義見相關文檔，這些 bst 在 texmf\bibtex\bst\base 可
被找到。
   bst 控制的格式很是細緻，除了上面講過的排序方式等，還有：做者名字是否用縮寫，
做者名字放在文獻的起始仍是結束，文章 title 要不要大小寫（即 "Speaker Verificat
ion Using ..." 仍是 "Speaker verification using "），title 用什麼區分（用不用引
號括起來，用不用斜體等），刊物名字的格式（要不要所有大寫，要不要粗體，要不要斜
體，要不要括起來），等等等等。打開 bst 文件看一下就知道，絕對是想要什麼形式，就
能夠獲得什麼形式。最關鍵的是，在文章定稿以後，徹底能夠用幾個命令從新定義參考文
獻的格式！
   
   給個例子：採用 IEEE 給出的 bst 格式（即 ieeetr.bst），聲明：

\bibliographystyle{ieeetr}

   就可使用了。最終格式是這樣的（按正文引用順序排序）：
   [4] D. A. Reynolds, "Comparison of background normalization 
       methods for text-independent speaker verication," in 
       EUROSPEECH, 1997.
JabRef中文顯示小方塊的解決:

 

在選項--首選項--基本設置--默認編碼裏選擇UTF-8

 在選項--首選項--外觀，點擊設置表格字體，在字體一欄裏設置爲SimSun，保存，重啓便可。