生物信息Python-從入門到精通？

時間 2019-11-29

原文原文鏈接

Python開發的方向太多了，有機器學習，數據挖掘，網絡開發，爬蟲等等。其實在生信領域，Python還顯現不出絕對的優點，生信的大部分軟件流程都是用shell或Perl寫的，並且已經足夠好用了。我選Python是由於我想順便學點數據挖掘和機器學習的東西，並且Python這些年愈來愈火，發展勢頭遠超其餘腳本語言，因此學它確定是沒錯的。html

1、入門標準

入門比較難定義，什麼程度纔算入門呢？python

1. 掌握基本的語法，熟練使用python的內置類型、內置函數和數據結構。
2. 瞭解一些基本的模塊的使用，可以實現一些簡單的需求。git

後面有一個實例，若是你能簡單的作完，那我敢確定你已經入門了。github

2、基本知識點

1.基本語法正則表達式

縮進：Python是經過代碼縮進來決定代碼層次邏輯的，通常約定使用4個空格算法

版本問題：主要包括2.x系列的和3.x系列的，二者語法不一樣且不兼容，有的模塊只能在指定版本下安裝。建議使用3.x Python，碰到特殊問題再去使用指定版本shell

文件編碼聲明：python會去環境變量裏尋找python解釋器。若是代碼裏有中文，則要以utf-8編碼編程

#!/usr/bin/env python
#-*- coding: utf-8 –*-

變量定義：使用前要先定義api

dir()：列出一個數據類型或對象的全部方法，很是好用，同help()網絡

文件操做：f = open()，f.close()；with open() as f: ，os.path.exists()，os.path.isfile()，os.path.abspath()
目錄操做：os.mkdir()，os.rmdir()，os.listdir()，os.chdir()

開發環境選擇：

Sublime Text 對Python支持挺好，輕量級生化武器（推薦）
Eclipse+Pydev比較厚重，大型開發比較適合
Vim/Atom
PyCharm
IPython
WingIDE

2.處理數據

2.1 基本數據類型：布爾；整型；浮點型；字符串

# 字符串的內置函數，都比較有用

'capitalize', 'casefold', 'center', 'count', 'encode', 'endswith', 'expandtabs', 'find', 'format', 'format_map', 'index', 'isalnum', 'isalpha', 'isdecimal', 'isdigit', 'isidentifier', 'islower', 'isnumeric', 'isprintable', 'isspace', 'istitle', 'isupper', 'join', 'ljust', 'lower', 'lstrip', 'maketrans', 'partition', 'replace', 'rfind', 'rindex', 'rjust', 'rpartition', 'rsplit', 'rstrip', 'split', 'splitlines', 'startswith', 'strip', 'swapcase', 'title', 'translate', 'upper', 'zfill'

2.2 基本數據結構：列表、元組、字典、集合。數據結構就是一種容器，用於在內存中存放咱們的數據。

列表：任意元素組成的順序序列，以位置爲索引。

# 列表的內置函數

'append', 'clear', 'copy', 'count', 'extend', 'index', 'insert', 'pop', 'remove', 'reverse', 'sort'

元組：至關於不可變的列表，防止錯誤修改，節省內存開銷。元組解包

# 元組的內置函數

'count', 'index'

字典：鍵值對，沒有順序，鍵必須是常量。

# 字典內置函數

'clear', 'copy', 'fromkeys', 'get', 'items', 'keys', 'pop', 'popitem', 'setdefault', 'update', 'values'

集合：沒有順序，元素之間沒有重複，至關於捨棄了值的字典。集合操做（&，|，-，^，<，<=，>，>=）

# 集合內置函數

'add', 'clear', 'copy', 'discard', 'pop', 'remove', 'update'
'isdisjoint','issuperset','issubset','symmetric_difference','difference','union', 'intersection', 'symmetric_difference_update','intersection_update','difference_update',