About RepeatExplorer

感受較新版本與新版Galaxy結合，bug更多，更惱火了

Galaxy的這個東東真是噁心：

<!-- lang: shell -->
galaxy.tools.deps DEBUG 2013-12-05 14:33:01,693 Building dependency shell command for dependency 'samtools' 
galaxy.tools.deps WARNING 2013-12-05 14:33:01,693 Failed to resolve dependency on 'samtools', ignoring

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fasty36search.sh

目錄：$basedir/repeatexplorer/umbr_programs/domain_search/

看了一下如今stable版仍是這樣子的。

大約是由於個人機器不行，須要把下面代碼中的-n 3000給改小了才正常運行，300是隨便改的 <!-- lang: shell --> # split fasta to multiple files:

#$PROG/split_multi-fasta_number.pl -i $INPUT -o x_reads_split -n 3000 > tmp
# Modified by lhtk, 2014.04.17
$PROG/split_multi-fasta_number.pl -i $INPUT -o x_reads_split -n 300 > tmp

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maketree.xml

目錄：$basedir/repeatexplorer/umbr_programs/domain_search/

估計是寫錯了，要執行的是 R 代碼，爲何要調用 perl 呢？

<!-- lang: xml -->
<command interpreter="perl">
makeTree.R -s $input -M $mvstup -m $alignment -t $tree -p $output_html -x '$output_html.extra_files_path' -d tmpfile -c ${__root_dir__}/tool-data/domains
</command>

我把改掉了，但目前未運行過：

<!-- lang: xml -->
<command interpreter="Rscript">
makeTree.R -s $input -M $mvstup -m $alignment -t $tree -p $output_html -x '$output_html.extra_files_path' -d tmpfile -c ${__root_dir__}/tool-data/domains
</command>