提取Blast2go blast結果中的一部分

問題

有兩個樣本,兩者之間有些序列是重複的,所以其中一個過濾掉了重複的序列後才進行 Blast2go 分析,,另外一個則全體。 如今須要把過濾掉那部分序列的也給合併過來。服務器

思路

能夠根據序列 id,直接 grep xxxx *.xml,從另外一樣本那裏得到 XML 文件,而後拷貝到新的目錄下,再導入到相應 b2g 文件中。code

# 例如
grep -P '\bTSA_246786\b' *.xml

注意:xml

  • 在腳本里要轉義:\\b
  • Blast2go 本地 BLAST 的結果格式爲 XML2

雖然有點慢,但的確可行,畢竟 BLAST 只會更慢,咱沒有服務器,只有破電腦一臺。ast

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