生物信息基本工具和數據庫

生物信息的工具和數據庫太多，但有一些基礎的工具是必須精通的，甚至須要常常翻閱尋找靈感。

 

通用數據庫：

UCSC Genome Browser - 基因組的可視化

OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man - 研究疾病必備

 

專業數據庫彙總：

單細胞數據庫彙總

遺傳數據庫

表觀數據庫

蛋白數據庫: UniProt, PDB, Pfam, CATH, SCOP2

代謝物數據庫

 

待整理：

GeneMANIA - gene network, 分析碰到瓶頸了就去裏面找找證據。

webgestalt - 無需編程，網絡版的GO、KEGG和GSEA分析工具

TCGA

GTEx

GEO

ENCODE

SRA

gnomAD

ARCHS4

clinvar

NONCODE

GO

KEGG

dbSNP

STRING

NCBI

GWASdb

 

omictools - 彙總數據庫 收費了

 

個人final model須要整合這些數據庫！！！

 

長期收集。。。