Sam文件第二列含義

sam 文件第二列flag含義：

1 ： 表明這個序列採用的是PE雙端測序

2： 表明這個序列和參考序列徹底匹配，沒有錯配和插入缺失

4： 表明這個序列沒有mapping到參考序列上

8： 表明這個序列的另外一端序列沒有比對到參考序列上，好比這條序列是R1,它對應的R2端序列沒有比對到參考序列上

16：表明這個序列比對到參考序列的負鏈上

32 ：表明這個序列對應的另外一端序列比對到參考序列的負鏈上

64 ： 表明這個序列是R1端序列， read1;

128 : 表明這個序列是R2端序列，read2；

256： 表明這個序列不是主要的比對，一條序列可能比對到參考序列的多個位置，只有一個是首要的比對位置，其餘都是次要的

73 = 64+8+1 （R1匹配上，R2沒有匹配上）

153 = 128+16+8+1（R2比對到負連接，R1沒有匹配上）

97 = 64+32+1 (R2比對到負鏈，R1不是徹底匹配)

99 = 64+32+2+1 （R2比對到負鏈，R1徹底匹配）

147 = 128+16+2+1 （R2徹底匹配到負鏈）

145 = 128+16+1 （R2比對到負鏈，R1不是徹底匹配）

83 = 64+16+2+1 （R1徹底匹配到負鏈）

163 = 128+32+2+1（R2徹底匹配，R1比對到負鏈）

 

M alignment match (can be a sequence match or mismatch) insertion to the reference
D deletion from the reference
N skipped region from the reference

S soft clipping (clipped sequences present in SEQ)
H hard clipping (clipped sequences NOT present in SEQ)

P padding (silent deletion from padded reference) sequence match
 

 

還有一些可選的tag，格式爲tag:type:value   例如：NH:1 表明的是read alignment的個數，表示這個read只mapping到基因組一次