Ubuntu14.04安裝ROOT集羣

時間  2019-11-12
標籤 ubuntu14.04 ubuntu 安裝 root 集羣 欄目 Ubuntu 简体版
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以前嘗試在CentOS7上部署ROOT集羣，卻發現不管是源碼包安裝，仍是官方提供的二進制包，都缺乏了關鍵的xproofd可執行文件，致使PoD不能運行。沒有辦法，只能嘗試在其餘OS上部署，這裏我選擇了Ubuntu14.04。c++

部署準備

修改apt源

　　修改/etc/apt/sources.list，換成國內的163源，下載會更快和穩定一些。git

# vim /etc/apt/sources.list
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ trusty-backports main restricted universe multiverse

　　再調用apt-get update更新index。github

安裝gcc，g++

　　若是系統已經安裝gcc和g++，可跳過此步驟。shell

# apt-get install gcc
# apt-get install g++

安裝cmake

　　直接經過apt-get安裝的cmake在安裝ROOT組件時會出現問題，因此這裏建議源碼安裝，我這裏使用的是2.8.8版本。官網下載地址：https://cmake.org/files/，可選擇本身適合的版本。bootstrap

- 解壓：tar xvf cmake-2.8.8.tar.gz
- 進入解壓目錄：cd cmake-2.8.8
- ./bootstrap
- make
- make install

安裝zlib庫

　　github上（https://github.com/madler/zlib）可下載對應的zlib庫，我使用的是1.2.3版本，下載地址爲：https://github.com/madler/zlib/archive/v1.2.3.zip
- 解壓：unzip zlib-1.2.3.zip
- 進入解壓目錄：cd zlib-1.2.3
- ./configure
注意：在make以前，須要修改Makefile，不然調用庫時會出現錯誤。找到 CFLAGS=-O3 -DUSE_MMAP這一行，在後面加入-fPIC，即變成CFLAGS=-O3 -DUSE_MMAP -fPIC
- make
- make installubuntu

其餘庫

apt-get install procmailvim

部署ROOT集羣

安裝ROOT

　　binary安裝：https://root.cern.ch/content/release-60606。選擇對應的OS系統編譯包。解壓並將其移動至/opt目錄下：bash

# tar zxvf root_v6.06.06.Linux-ubuntu14-x86_64-gcc4.8.tar.gz
# mv root /opt

　　再將ROOT相關配置寫入初始化文件，這裏在/etc/profile.d/root.sh末尾加入如下語句：服務器

export ROOTSYS=/opt/root
export PATH=$PATH:$ROOTSYS/bin
source $ROOTSYS/bin/thisroot.sh

　　source /etc/profile.d/root.sh讓配置生效。運行命令root -b測試root是否能正常運行：app

#root -b
root: error while loading shared libraries: libXpm.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory

　　缺乏libXpm庫，運行apt-get install libxpm4命令安裝。安裝時有可能會提示缺乏安裝包，這和本地的源index有關係，須要先向遠端源同步後（運行apt-get update命令），再安裝xpm包。安裝成功。

# apt-get install libxpm4
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
The following NEW packages will be installed:
  libxpm4
0 upgraded, 1 newly installed, 0 to remove and 5 not upgraded.
Need to get 37.0 kB of archives.
……

　　再次運行root -b命令來測試，再次報錯。

# root -b
ERROR in cling::CIFactory::createCI(): cannot extract standard library include paths!
Invoking:
    echo | LC_ALL=C c++  -pipe -m64 -Wall -W -Woverloaded-virtual -fsigned-char -fPIC -pthread -std=c++11 -Wno-deprecated-declarations -Wno-comment -Wno-unused-parameter -Wno-maybe-uninitialized -Wno-unused-but-set-variable -Wno-missing-field-initializers  -fPIC -fvisibility-inlines-hidden -std=c++11 -ffunction-sections -fdata-sections -fno-common -Woverloaded-virtual -Wcast-qual -fno-strict-aliasing -pedantic -Wno-long-long -Wall -W -Wno-unused-parameter -Wwrite-strings -Wno-unused-local-typedefs -O2 -DNDEBUG -xc++ -E -v - 2>&1 >/dev/null | awk '/^#include </,/^End of search/{if (!/^#include </ && !/^End of search/){ print }}' | grep -E "(c|g)\+\+"
results in
results in
with exit code 256
input_line_1:1:10: fatal error: 'new' file not found
#include <new>

　　缺乏C++的new包，這個報錯極有多是未安裝c++引發的，由於ROOT及其它組件都是使用C++編寫的。所以須要安裝gcc和gcc-c++。

# apt-get install gcc
……
# apt-get install g++
……

　　運行root -b命令，終於成功，未報錯。

安裝XRootD

　　安裝XRootD有兩種方法，經過ROOT源碼包中的腳本安裝，或者直接從官網下載源碼安裝。

經過ROOT源碼包中的腳本安裝XRootD

　　進入ROOT源碼包目錄，執行如下語句便可：

./build/unix/installXrootd.sh -v 3.0.0 /opt

源碼安裝XRootD：

　　解壓後並進入源碼目錄：

# mkdir build; cd build
# cmake /root/xrootd-3.3.0 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/xrootd
# make
# make install

　　若是徹底成功，則能夠相關配置寫入初始化文件，這裏能夠繼續加入/etc/profile.d/root.sh的末尾：

source $ROOTSYS/bin/setxrd.sh /opt/xrootd/

安裝PoD

　　官網（http://pod.gsi.de）下載源碼，這裏下載使用的是3.16版本的源碼：pod.gsi.de/releases/pod/3.16/PoD-3.16-Source.tar.gz。若是鏈接失效，可自行查找。解壓源碼壓縮包後，並進入源碼目錄：

cmake命令

mkdir build
cd build
cmake -C ../BuildSetup.cmake ..

　　運行cmake時，提示缺乏boost庫，這裏須要安裝boost庫。

apt-get install libboost-dev

　　安裝後繼續運行上述的cmake命令，仍是報錯，提示缺乏如下庫：

The following Boost libraries could not be found:

          boost_thread
          boost_program_options
          boost_filesystem
          boost_system
          boost_unit_test_framework

　　有個小tips：這些庫直接使用apt-get install +庫名的方式是不成功的，由於安裝包和這個名稱並不徹底匹配，這裏能夠用apt-cache search的方法來查找安裝包的名稱再安裝，以boost_thread爲例。

# apt-cache search boost | grep thread
libboost-thread-dev - portable C++ multi-threading (default version)
libboost-thread1.46-dev - portable C++ multi-threading
libboost-thread1.46.1 - portable C++ multi-threading
libboost-thread1.48-dev - portable C++ multi-threading
libboost-thread1.48.0 - portable C++ multi-threading

　　根據這個提示，我就能夠直接安裝apt-get install libboost-thread-dev便可。如下：

apt-get install libboost-thread-dev
apt-get install libboost-program-options-dev
apt-get install libboost-filesystem-dev
apt-get install libboost-system-dev
apt-get install libboost-test-dev

　　再接着運行cmake -C ../BuildSetup.cmake ..命令，終於成功。

make命令

　　運行make命令，又報錯了。

/usr/include/boost/thread/xtime.hpp:23:5: error: expected identifier before numeric constant
     TIME_UTC=1

　　這個是boost1.5版本如下的一個固有bug，變量麼命名重複了。修改起來很簡單，打開/usr/include/boost/thread/xtime.hpp，將23行和71行的TIME_UTC都修改成TIME_UTC_便可，也就是說保證沒有重命名。
　　再次運行make命令，再次提示錯誤。

/root/PoD-3.16-Source/app/MiscCommon/proof_status_file/ProofStatusFile.h:88:13: error: 'uint16_t' does not name a type
             uint16_t xpdPort() const

　　看起來是編譯時不認識uint16_t這個別名，修改很簡單，頭文件包含便可。在/root/PoD-3.16-Source/app/MiscCommon/proof_status_file/ProofStatusFile.h中的第19行加入#include <stdint.h>。具體插入的位置可能因PoD代碼版本不一樣而有些差異，但有C或者C++基礎的人應該很容易能找到合適的位置。
　　再次運行make命令，終於完美經過。

make install命令

　　該命令運行無任何報錯。若是無指定配置，PoD會被安裝在用戶目錄的Pod目錄下，如我以root用戶安裝，則安裝在/root/PoD目錄下。

PoD安裝最後一步

　　相關配置寫入初始化文件，這裏能夠繼續加入/etc/profile.d/root.sh的末尾：

source /root/PoD/3.16/PoD_env.sh

　　source /etc/profile.d/root.sh讓配置生效。運行pod-server start，若是是第一次運行，會下載相關組件wn_bins目錄到/root/PoD/3.16/bin/。若是服務器沒有訪問外網的權限，可使用虛擬機搭建以上全部步驟，下載wn_bins目錄。不管什麼OS，下載的wn_bins目錄都是同樣的，能夠直接拷貝。

組成ROOT集羣

　　運行pod-server start，待其下載wn_bins目錄後，若是沒有出現錯誤，會出現以下結果：

# pod-server start
Starting PoD server...
updating xproofd configuration file...
starting xproofd...
starting PoD agent...
preparing PoD worker package...
selecting pre-compiled bins to be added to worker package...
PoD worker package: /root/.PoD/wrk/PoDWorker.sh
------------------------
XPROOFD [1809] port: 21001
PoD agent [1848] port: 22002
PROOF connection string: root@mac00000102030a.hostname.com:21001

　　使用上述全部方法，搭建兩個服務器環境，從而搭建一套擁有一個server和一個client的小集羣。ROOT服務器之間又多種通信方式，這裏，咱們使用最簡單直接的ssh方式。首先，兩臺服務器須要創建ssh登陸互信，從而實現ssh登陸免密碼。搭建方法可見：http://chenlb.iteye.com/blog/211809。
　　以後，選擇其中服務器Ａ做爲server，服務器B做爲client（worker）。在server上，編輯/root/pod_ssh.cfg文件，內容以下：

@bash_begin@
    . /etc/profile.d/root.sh
@bash_end@

r1, root@109.105.115.249,,/tmp/test, 2

　　前三行是ssh到client以後，須要執行的腳本文件，這裏就是在各client上執行下ROOT系統的參數配置，設置環境變量等。第五行則是訪問client的配置，每一個client都對應一行，由於咱們這裏只有一個client，因此就只有一行。這一行的格式是：
















1 2 3 4 5
client惟一識別符，不可重複 用戶名@ip或者hostname ssh參數，能夠爲空 client端工做目錄 指望的client端worker個數，能夠爲空

　　而後，在server端執行pod-ssh -c /root/pod_ssh.cfg submit --debug來創建集羣。顯示以下，則說明server端成功： 

# pod-ssh -c /root/pod_ssh.cfg submit --debug
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   preparing PoD worker package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   selecting pre-compiled bins to be added to worker package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   PoD worker package: /root/.PoD/wrk/PoDWorker.sh
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   pod-ssh config contains an inline shell script. It will be injected it into wrk. package
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   preparing PoD worker package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   inline shell script is found and will be added to the package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   selecting pre-compiled bins to be added to worker package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   PoD worker package: /root/.PoD/wrk/PoDWorker.sh
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   There are 5 threads in the tread-pool.
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   Number of PoD workers: 1
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   Number of PROOF workers: 2
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   Workers list:
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   [r1] with 2 workers at root@109.105.115.249:/tmp/test/r1
r1  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   pod-ssh-submit-worker is started for root@109.105.115.249 (dir: /tmp/test/r1, nworkers: 2, sshopt: )
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:19 +0800]   
*******************
Successfully processed tasks: 1
Failed tasks: 0
*******************

　　咱們再登陸client端，進入/root/pod_ssh.cfg中設置的client端工做目錄工做目錄。

# ls
libboost_filesystem-mt.so.5       libpod_protocol.so       PoD.cfg            PoDWorker.sh                              proof.conf       user_worker_env.sh  xpd.log
libboost_program_options-mt.so.5  libproof_status_file.so  pod-user-defaults  pod-wrk-bin-3.16-Darwin-universal.tar.gz  server_info.cfg  version
libboost_system-mt.so.5           libSSHTunnel.so          PoDWorker.lock     pod-wrk-bin-3.16-Linux-amd64.tar.gz       ssh-tunnel       xpd.cf
libboost_thread-mt.so.5           pod-agent                PoDWorker.pid      pod-wrk-bin-3.16-Linux-x86.tar.gz         ssh_worker.log   xpd.cf.bup

　　可見，都是一些庫、配置文件和日誌等。咱們暫時主要關注日誌文件ssh_worker.log，日誌末尾顯示以下，則表示徹底成功：

***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       Attempt to start pod-agent (1 out of 3)
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       Attempt to start and detect xproofd (1 out of 10)
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       trying to use XPROOF port: 21002
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       starting xproofd...
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       xproofd is running. pid=[2794] port=[21002]
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       starting pod-agent...
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