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爲什麼GEO2R/GEOquery的結果可能是錯的?
時間 2021-01-15
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爲什麼GEO2R/GEOquery的結果可能是錯的? 在準備GEO/TCGA培訓時,因爲數據部分來自NCBI GEO數據庫,就係統梳理了GEO數據庫的結構和存儲方式,順便也看了GEO2R的使用。然後就發現了一個問題,可能直接使用GEO2R的分析結果是錯誤的。 原因見下圖 (官網介紹截圖) 而GEO2R的R代碼使用的是GEOquery獲取GSEMatrix,所以如果我們自己寫代碼這樣獲取非原始數據時
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