安裝gromacs的一些心得

　　這段時間，老師叫我用gromacs算一下一個結構的自由能。沒辦法，又開始重拾我一年前使用gromacs的記憶。

　　去年國慶的時候，服務器宕機了，重裝了系統。請工程師安裝了一些平常用的軟件，但貌似當時沒幫咱們安裝上gromacs。再次沒辦法，只能本身安裝一下了。以前服務器崩潰了貌似就是由於老師安裝了某個庫，而後系統不兼容，就致使系統gg了。加上我這個Linux大白菜，本身安裝不禁得縮手縮腳。當時對Linux安裝軟件真的是一竅不通，不敢亂搞，只能按照網上給的教程一步一步來操做。奈何，仍是太菜，安裝了很久沒安裝好。最後仍是在網上找到了一個比較詳細一點的教程才安裝好。

　　而又通過了這段時間安裝xmgrace的折磨和心得，再從新整理一下gromacs的安裝步驟吧。（我安裝的是並行計算的版本，若是不想安裝這個版本的話，在最後編譯那裏就不要加 -DGMX_MPI=ON這個選項了）

（這裏貼一下我後面找到的那個教程吧https://wenku.baidu.com/view/e583646651e79b89690226f0.html）

 

其實安裝步驟也是很是簡單的，和我上一個隨筆的通常步驟差不太多，就是要安裝一些依賴庫，以及須要cmake來編譯。

話很少說，開始：

①首先，安裝gromacs須要cmake3.x才能編譯程序，因此，系統沒有cmake的，須要安裝一下cmake，安裝步驟也是很簡單，上一個隨筆。

②其次，須要用到依賴庫快速傅里葉變換庫fftw3.3.8，so，系統沒有這個庫的也須要安裝一下。

③上面的兩步驟完成以後，注意要配置一下環境變量，修改.bashrc文件添加環境變量，以便方便後續安裝。不配置也行，在安裝的時候加上選項便可。

④下載gromacs源碼包，解壓，進入目錄，新建build文件夾，進入目錄直接就進行編譯了。。。用cmake3進行編譯，可能在編譯的時候直接配置了吧。

　　cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx512 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw338/lib/libfftw3f.so" -DFFTW_INCLUDE_DIR="/opt/fftw338/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/software/gcc-7.3.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/software/gcc-7.3.0/bin/g++ -DGMX_MPI=on

 

 

 上面的命令就是編譯命令，第一個選項-DCMAKE_INSTALL_PREFIX是你的安裝路徑，後一個選項-DFFTWF_LIBRARY是依賴包路徑，後一個 -DFFTW_INCLUDE_DIR也是（若是你配置了fftw的環境變量，就不須要加這兩個選項了）。後面一個選項-DCMAKE_C_COMPILER貌似還要用到c編譯器，加一下c編譯器的路徑，還有下面一個-DCMAKE_CXX_COMPILER選項c++編譯器路徑，最後一個選項 -DGMX_MPI是你安裝的是mpi版本，也就是並行計算的版本，若是不是安裝並行版本，就不要加這個選項，因爲我是安裝在服務器集羣上面的，因此我確定是要並行計算的，否則白白浪費了這服務器集羣的計算資源！

⑤編譯完成後，安裝install

　　make install -j10

上面是利用10個核來編譯，其實也不必用這麼多，網上教程說，4個核編譯，不到10分鐘完成。

⑥完成！Done！