Circos在Mac上的安裝

Circos在Mac上的安裝

因爲課題組的項目須要用到Circos畫圖，我鼓搗的時候踩了不少坑，特此總結以助後來者。

Circos是用於可視化數據和信息的軟件包。它以圓形佈局可視化數據，這使Circos很是適合探索對象或位置之間的關係。
Circos是建立出版物質量的圖表和插圖的理想選擇，這些圖表和插圖具備較高的數據墨比，豐富的分層數據和使人愉悅的對稱性。使用者能夠很好地控制圖中的每一個元素，以針對本身的受衆量身定製其重點和細節。

Circos官網

Circos軟件是使用Perl語言編寫，採用GPL許可，能夠運行於任何有Perl語言解釋器的操做系統（如 Windows, Mac OS X, Linux 及其餘類UNIX系統）的免費軟件。它能夠輕易地根據純文本的配置文件，將用戶的輸入數據轉化爲像素圖片(PNG)或矢量圖片(SVG)。

1 正確的安裝步驟

1. 在終端輸入perl -version確認是否安裝了Perl（通常MacOS自帶）。
2. 到官網下載頁面下載安裝包，最新版是circos-0.69-9.tgz。下載後移動並解壓到~/software/circos/（官網推薦位置）

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-9.tgz
mkdir -p ~/software/circos
mv ./circos-0.69-9.tgz ~/software/circos
cd ~/software/circos
tar xvfz circos-0.69-9.tgz

3. 配置 PATH

ln -s circos-0.69-9 current

若是Shell用的是bash，添加export PATH="~/software/circos/current/bin":$PATH到~/.bash_profile並執行 source ~/.bash_profile。
若是Shell用的是zsh，添加export PATH="~/software/circos/current/bin":$PATH到~/.zshrc並執行source ~/.zshrc。

4. 安裝依賴庫

使用Homebrew進行包管理，如未安裝，參考《Homebrew國內如何自動安裝（國內地址）》。
安裝依賴庫：libpng、libjpeg、freetype、libgd

brew install libpng
brew install libjpeg
brew install freetype
brew install libgd

5. 檢查並安裝Perl依賴模塊

首先檢查有哪些Circos的Perl依賴模塊未安裝

circos -modules

示例輸出：

$ circos -modules
## ok       1.29 Carp
## ok       0.36 Clone
## missing            Config::General
## ok       3.62 Cwd
## ok      2.154 Data::Dumper
## ok       2.52 Digest::MD5
## ok       2.84 File::Basename
## ok       3.62 File::Spec::Functions
## ok     0.2304 File::Temp
## ok       1.51 FindBin
## missing            Font::TTF::Font
## ok            GD
## missing            GD::Polyline
## ok       2.39 Getopt::Long
## ok       1.16 IO::File
## ok       0.33 List::MoreUtils
## ok       1.38 List::Util
## missing            Math::Bezier
## ...

隨後使用cpan命令安裝缺失的模塊
示例：

$ sudo cpan
cpan[1]> install Config::General
cpan[2]> install Font::TTF::Font
cpan[3]> install Math::Bezier
cpan[4]> install Math::VecStat
cpan[5]> install Readonly
cpan[6]> install SVG
cpan[7]> install Set::IntSpan
cpan[8]> install Statistics::Basic
cpan[9]> install Text::Format
...
cpan[*]> exit

6. 測試是否安裝成功

使用Circos自帶的實例來測試

cd ~/software/circos/current/example
./run
open circos.png

若是彈出下圖，說明成功安裝！恭喜👏

2 踩過的坑

雖然官網有完備的安裝教程，可是因爲缺少維護更新，裏面所使用的Homebrew安裝方法已經不能使用，是一個BrokenTool，望周知。

重要參考資料

MAC OSX 安裝 Color summarizer 與 Circos