因爲OpenCV不能使用,只能使用VTK庫的圖像處理庫,暫時尚未找到其餘能夠全面替代的庫;html
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複製其第一篇:算法
注:之後將陸續分享一些對經典圖像、圖形算法的介紹,編程
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ITK、VTK研究羣:209215671ide
系列一 《VTK基礎及應用開發教程》函數
基礎入門篇:工具
1. 從零開始學習VTKpost
2. VTK編譯安裝
3. VTK基礎概念
1) VTK基礎概念(1)
2) VTK基礎概念(2)
4. VTK可視化管線
1) VTK可視化管線(1)
2) VTK可視化管線(2)
5. VTK在圖像處理中的應用
6. VTK基本數據結構
1) VTK基本數據結構(1)
2) VTK基本數據結構(2)
3) VTK基本數據結構(3)
4) VTK基本數據結構(4)
5) VTK基本數據結構(5)
高階應用篇:
9. 基於VTK的MFC應用程序開發
咱們已經知道了VTK工程的管理是用CMake的,而Qt自身有qmake工具,若是對於一些小工程而言,單純的Qt程序用qmake來構建工程,確實很方便,但若是隨着工程複雜度的增長以及工程依賴其餘的函數庫時,使用CMake來管理工程或許是一個明智的選擇。並且隨着你對CMake語法的瞭解,你會發現用CMake來管理工程是一件很是棒的事情。
咱們先看看對於單純的Qt工程,怎麼來寫CMakeLists.txt腳本文件。
官方對於這個話題給出的解釋在這裏。咱們引用一下這篇博文的圖,而後給出每句CMakeLists.txt腳本的註釋,結合這個圖以及腳本的註釋,相信你應該能明白了。
咱們在上面的基礎上添加VTK相關的CMake腳本文件,以下:
以上的腳本除了紅色字體標註的跟1.1註釋的不太像以外,其餘的都同樣,再也不解釋。
不少非計算機專業的用戶在使用VTK進行編程時,常常會碰到相似下圖所示的一些錯誤。
碰到這樣的錯誤之後,可能不少用戶就不知道怎麼處理了,其實上面的提示信息已經寫得很是清楚了,就是缺乏「vtkCommon.dll」文件。可是又有人會說:個人電腦裏明明有這個文件存在啊,爲何會找不到呢?
通常的解決方法多是:
方法一:將缺乏的dll文件所有拷貝的工程的Debug或者Release目錄下(拷貝的時候要注意你編譯的VTK是Debug版本的仍是Release版本的,若是拷錯的話,又會出現其餘不可預知的錯誤了)。可是這個方法是你每建一個工程,運行工程以前得把缺乏的動態庫文件又要拷貝過去,若是你不嫌麻煩的話,能夠採用。
方法二:將缺乏的dll文件所有拷貝到Windows系統的目錄下,即C:\Windows\system32或者C:\Windows\system目錄下,這個方法是你拷貝一次,之後再基於你拷貝的VTK動態庫的工程運行的時候問題都解決了。但它一樣有一個問題,假如你電腦裏的VTK升級成別的版本,從新編譯了一份動態庫,或者是同時在你電腦裏編譯了好幾個版本的VTK,這個時候就有點凌亂了。
爲何這兩種方法均可以解決問題?原來動態編譯的程序在啓動的時候,會搜索程序所在的目錄以及系統環境變量PATH所列的目錄,若是這些目錄有該程序須要的動態庫時,就加載它們,若是沒有,就提示沒法加載相應動態庫的錯誤。
能夠在工程的CMakeLists.txt文件裏添加一些腳本,把系統的PATH環境變量做一些更改,在工程啓動以前加載這些環境變量。也就是(在工程的CMakeLists.txt最後添加):
以上的腳本也不是特別複雜,但提到了兩個文件:CreateWindowsBatchScript.cmake以及StartVS.bat.in。這兩個文件的內容分別是:
CreateWindowsBatchScript.cmake:
將工程經過CMake的configure->generate之後,便可生成StartVS_debug.bat和StartVS_release.bat兩個腳本文件。若是你要編譯、運行Debug版本的工程,即雙擊StartVS_debug.bat文件打開對應的工程,同理,Release版本的也同樣。一旦按這種方式打開相應的工程,就不用再擔憂相似「沒法加載***.dll文件」的錯誤了。若是你的程序還增長了ITK等函數庫,也能夠照着上面的腳本做相應的修改。
注意:使用時將CreateWindowsBatchScript.cmake和StartVS.bat.in兩個文件與工程的CMakeLists.txt放在同一級目錄裏。即相似下圖的目錄結構:
Qt與VTK的整合可使用VTK提供的類QVTKWidget,看這個類名就知道這個類其實就是一個Qt裏的Widget (QVTKWidget派生自QWidget),因此能夠把它看成普通的Qt裏的Widget來使用,甚至能夠在Qt Designer裏像Qt的其餘標準控件同樣拖來拖去。
要實現QVTKWidget在Qt Designer裏像Qt的其餘標準控件同樣拖來拖去,須要把編譯生成的QVTKWidgetPlugin.dll/QVTKWidgetPlugin.lib(Release版本)複製到Qt的安裝目錄裏的plugins\designer目錄下。完了之後,你會在Qt Designer裏面看到以下的控件:
接下來,咱們來完成一個小功能,就是讀入一幅JPG圖像,而後在Qt界面上,用VTK來顯示。功能很是簡單,程序也很是簡單。上代碼:
ProjectMainWindow.h:
ProjectMainWindow.cpp:
程序運行結果:
類vtkEventQtSlotConnect能夠實現VTK的事件與Qt的槽函數的鏈接,VTK的事件主要在vtkCommand.h文件裏定義,包括鼠標單擊、鼠標雙擊、鼠標移動等等,如:
vtkCommand::ProgressEvent
vtkCommand::ErrorEvent
vtkCommand::WarningEvent
vtkCommand::PickEvent
vtkCommand::StartPickEvent
vtkCommand::EndPickEvent
vtkCommand::CharEvent
vtkCommand::KeyPressEvent
vtkCommand::KeyReleaseEvent
vtkCommand::LeftButtonPressEvent
vtkCommand::LeftButtonReleaseEvent
vtkCommand::MouseMoveEvent
……
具體的代碼實現:
源文件:
示例代碼及該博文文檔下載地址:http://download.csdn.net/detail/www_doling_net/5137375
(3)二維圖像處理:05-VTK在圖像處理中的應用(4)
感興趣區域(Volum of Interest)是指圖像內部的一個子區域。在VTK中vtkExtractVOI類實現由用戶指定的區域範圍提取圖像的子圖像。該Filter的輸入和輸出都是一個vtkImageData,所以其結果能夠直接做爲圖像保存。
1: vtkSmartPointer<vtkBMPReader> reader =
2: vtkSmartPointer<vtkBMPReader>::New();
3: reader->SetFileName ( "lena.bmp" );
4: reader->Update();
5:
6: int dims[3];
7: reader->GetOutput()->GetDimensions(dims);
8:
9: vtkSmartPointer<vtkExtractVOI> extractVOI =
10: vtkSmartPointer<vtkExtractVOI>::New();
11: extractVOI->SetInputConnection(reader->GetOutputPort());
12: extractVOI->SetVOI(dims[0]/4.,3.*dims[0]/4.,dims[1]/4.,3.*dims[1]/4., 0, 0);
13: extractVOI->Update();
上例代碼實現了提取一副圖像的子區域。首先讀取一個圖像,並獲取圖像的維數。而後定義vtkExtractVOI對象,該對象接收兩個輸入一個是圖像數據,第二個是區域大小。設置區域大小的函數原型:
void SetVOI(int _arg1, int _arg2, int _arg3, int _arg4, int _arg5, int _arg6)
void SetVOI(int _arg[])
其參數是提取的區域各個方向的大小,共6個參數,依次表示x方向最小值,x方向最大值,y方向最小值,y方向最大值,z方向最小值和z方向最大值。上例中因爲讀取的是二維圖像,所以z方向的區域爲[0,0],而在x方向範圍爲[ dims[0]/4 , 3*dims[0]/4 ],y方向範圍爲[ dims[1]/4 , 3*dims[1]/4 ],即提取圖像原圖中間1/4圖像。執行結果以下:
圖5.18 提取感興趣區域
切片是指三維圖像中的一個切面對應的圖像。切面能夠是過圖像內部一點且平行於XY、YZ、XZ平面的平面,也能夠是任意的過三維圖像內部一點任意方向的平面。經過提取切片能夠方便的瀏覽和分析圖像內部組織結構,是醫學圖像瀏覽軟件中的一個重要的功能。在VTK中vtkImageReslice類實現圖像切片提取功能。下面首先看一段切片提取的代碼。
1: vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader> reader =
2: vtkSmartPointer<vtkMetaImageReader>::New();
3: reader->SetFileName ( " brain.mhd" );
4: reader->Update();
5:
6: int extent[6];
7: double spacing[3];
8: double origin[3];
9:
10: reader->GetOutput()->GetExtent(extent);
11: reader->GetOutput()->GetSpacing(spacing);
12: reader->GetOutput()->GetOrigin(origin);
13:
14: double center[3];
15: center[0] = origin[0] + spacing[0] * 0.5 * (extent[0] + extent[1]);
16: center[1] = origin[1] + spacing[1] * 0.5 * (extent[2] + extent[3]);
17: center[2] = origin[2] + spacing[2] * 0.5 * (extent[4] + extent[5]);
18:
19: static double axialElements[16] = {
20: 1, 0, 0, 0,
21: 0, 1, 0, 0,
22: 0, 0, 1, 0,
23: 0, 0, 0, 1 };
24:
25: vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> resliceAxes =
26: vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
27: resliceAxes->DeepCopy(axialElements);
28:
29: resliceAxes->SetElement(0, 3, center[0]);
30: resliceAxes->SetElement(1, 3, center[1]);
31: resliceAxes->SetElement(2, 3, center[2]);
32:
33:
34: vtkSmartPointer<vtkImageReslice> reslice =
35: vtkSmartPointer<vtkImageReslice>::New();
36: reslice->SetInputConnection(reader->GetOutputPort());
37: reslice->SetOutputDimensionality(2);
38: reslice->SetResliceAxes(resliceAxes);
39: reslice->SetInterpolationModeToLinear();
40:
41: vtkSmartPointer<vtkLookupTable> colorTable =
42: vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New();
43: colorTable->SetRange(0, 1000);
44: colorTable->SetValueRange(0.0, 1.0);
45: colorTable->SetSaturationRange(0.0, 0.0);
46: colorTable->SetRampToLinear();
47: colorTable->Build();
48:
49: vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors> colorMap =
50: vtkSmartPointer<vtkImageMapToColors>::New();
51: colorMap->SetLookupTable(colorTable);
52: colorMap->SetInputConnection(reslice->GetOutputPort());
53:
54: vtkSmartPointer<vtkImageActor> imgActor =
55: vtkSmartPointer<vtkImageActor>::New();
56: imgActor->SetInput(colorMap->GetOutput());
57:
58: vtkSmartPointer<vtkRenderer> renderer =
59: vtkSmartPointer<vtkRenderer>::New();
60: renderer->AddActor(imgActor);
61: renderer->SetBackground(.4, .5, .6);
62:
63: vtkSmartPointer<vtkRenderWindow> renderWindow =
64: vtkSmartPointer<vtkRenderWindow>::New();
65: renderWindow->SetSize(500, 500);
66: renderWindow->AddRenderer(renderer);
67:
68: vtkSmartPointer<vtkRenderWindowInteractor> renderWindowInteractor =
69: vtkSmartPointer<vtkRenderWindowInteractor>::New();
70: vtkSmartPointer<vtkInteractorStyleImage> imagestyle =
71: vtkSmartPointer<vtkInteractorStyleImage>::New();
72:
73: renderWindowInteractor->SetInteractorStyle(imagestyle);
74: renderWindowInteractor->SetRenderWindow(renderWindow);
75: renderWindowInteractor->Initialize();
76:
77: renderWindowInteractor->Start();
首先經過vtkMetaImageReader讀取一副醫學三維圖像,並獲取獲得圖像範圍(extent),原點和像素間隔;由這三個參數能夠計算圖像的中心位置center;接下來定義了切面的變換矩陣axialElements,該矩陣的前三列分別表示x、y和z方向向量,第四列爲中心點座標;代碼中的axialElements表示切面變換矩陣與當前座標系一致,且切面爲過中心點center,並平行於XY平面的平面。當前,定義該切面時,也能夠是其餘平面,甚至是任意平面,可是必需要過圖像內部點。下面給出了一個經常使用的變換矩陣:
static double coronalElements[16] = {
1, 0, 0, 0,
0, 0, 1, 0,
0,-1, 0, 0,
0, 0, 0, 1 }; 提取平行於XZ平面的切片
static double sagittalElements[16] = {
0, 0,-1, 0,
1, 0, 0, 0,
0,-1, 0, 0,
0, 0, 0, 1 }; 提取平行於YZ平面的切片
static double obliqueElements[16] = {
1, 0, 0, 0,
0, 0.866025, -0.5, 0,
0, 0.5, 0.866025, 0,
0, 0, 0, 1 }; 提取斜切切片
注意使用這些變換矩陣的時候,須要將第四列替換爲切片通過圖像的一個點座標,上例中將圖像的中心添加到axialElements矩陣,並經過函數SetResliceAxes設置變換矩陣,SetOutputDimensionality(2)指定輸出的圖像爲一個二維圖像;而函數SetInterpolationModeToLinear()則指定了切面提取中的差值方式爲線性差值,另外該類中還提供了其餘的差值方式:
SetInterpolationModeToNearestNeighbor():最近鄰方式
SetInterpolationModeToCubic():三次線性差值
設置完畢後,執行Update()便可完成切面計算。運行結果以下圖:
圖5.19 切片提取
學習三維圖像切面的提取後,咱們在上節的程序上作一個擴展,實現一個稍微複雜的程序——經過滑動鼠標來切換三維圖像切片,這也是醫學圖像處理軟件中一個很基本的功能。實現該功能難點是怎樣在VTK中控制鼠標來實時提取圖像切片。在前面的章節中已經介紹觀察者/命令(Observer/Command)模式,咱們也採用這種機制來實現。VTK中鼠標消息是在交互類型對象(interactorstyle)中響應,所以經過爲交互類型對象(interactorstyle)添加觀察者(observer)來監聽相應的消息,當消息觸發時,由命令模式執行相應的回調函數。閒話少說,放代碼。
1: class vtkImageInteractionCallback : public vtkCommand
2: {
3: public:
4:
5: static vtkImageInteractionCallback *New()
6: {
7: return new vtkImageInteractionCallback;
8: }
9:
10: vtkImageInteractionCallback()
11: {
12: this->Slicing = 0;
13: this->ImageReslice = 0;
14: this->Interactor = 0;
15: }
16:
17: void SetImageReslice(vtkImageReslice *reslice)
18: {
19: this->ImageReslice = reslice;
20: }
21:
22: vtkImageReslice *GetImageReslice()
23: {
24: return this->ImageReslice;
25: }
26:
27: void SetInteractor(vtkRenderWindowInteractor *interactor)
28: {
29: this->Interactor = interactor;
30: }
31:
32: vtkRenderWindowInteractor *GetInteractor()
33: {
34: return this->Interactor;
35: }
36:
37: virtual void Execute(vtkObject *, unsigned long event, void *)
38: {
39: vtkRenderWindowInteractor *interactor = this->GetInteractor();
40:
41: int lastPos[2];
42: interactor->GetLastEventPosition(lastPos);
43: int currPos[2];
44: interactor->GetEventPosition(currPos);
45:
46: if (event == vtkCommand::LeftButtonPressEvent)
47: {
48: this->Slicing = 1;
49: }
50: else if (event == vtkCommand::LeftButtonReleaseEvent)
51: {
52: this->Slicing = 0;
53: }
54: else if (event == vtkCommand::MouseMoveEvent)
55: {
56: if (this->Slicing)
57: {
58: vtkImageReslice *reslice = this->ImageReslice;
59:
60: // Increment slice position by deltaY of mouse
61: int deltaY = lastPos[1] - currPos[1];
62:
63: reslice->Update();
64: double sliceSpacing = reslice->GetOutput()->GetSpacing()[2];
65: vtkMatrix4x4 *matrix = reslice->GetResliceAxes();
66: // move the center point that we are slicing through
67: double point[4];
68: double center[4];
69: point[0] = 0.0;
70: point[1] = 0.0;
71: point[2] = sliceSpacing * deltaY;
72: point[3] = 1.0;
73: matrix->MultiplyPoint(point, center);
74: matrix->SetElement(0, 3, center[0]);
75: matrix->SetElement(1, 3, center[1]);
76: matrix->SetElement(2, 3, center[2]);
77: interactor->Render();
78: }
79: else
80: {
81: vtkInteractorStyle *style = vtkInteractorStyle::SafeDownCast(
82: interactor->GetInteractorStyle());
83: if (style)
84: {
85: style->OnMouseMove();
86: }
87: }
88: }
89: }
90:
91: private:
92: int Slicing;
93: vtkImageReslice *ImageReslice;
94: vtkRenderWindowInteractor *Interactor;
95: };
vtkImageInteractionCallback繼承自vtkCommand類,並覆蓋父類函數Execute()。該類提供了兩個接口:SetImageReslice和SetInteractor。SetImageReslice用以設置vtkImageSlice對象,vtkImageSlice根據設置的變換矩陣提取三維圖像切片。SetInteractor用以設置vtkRenderWindowInteractor,vtkRenderWindowInteractor類對象負責每次提取切片後刷新視圖。
下面咱們重點來看一下Execute函數,該函數提供了具體的切片提取功能。在該函數裏面,主要監聽了三個消息:
vtkCommand::LeftButtonPressEvent,
vtkCommand::LeftButtonReleaseEvent,
vtkCommand::MouseMoveEvent,
前兩個消息分別是鼠標左鍵的按下和彈起消息。當鼠標左鍵按下時,就設置切片提取標誌爲1,而當彈起時,將標誌置爲0。這樣在鼠標移動時,只有在肯定切片提取標誌爲1時,執行切片提取功能。
vtkCommand::MouseMoveEvent即爲鼠標移動消息。當檢測到該消息時,首先檢查切片提取標誌,當爲1時提取切片。提取切片時,須要爲vtkImageSlice對象設置變換矩陣。這裏在函數開始時,首先獲取了鼠標滑動的先後兩次點的位置lastPos和currPos。而後根據兩點的Y座標差deltaY,計算新的中心點center並變換至vtkImageSlice當前變換矩陣中,獲得變換中心點,將其設置到原來的變換矩陣matrix中,並設置到vtkImageSlice中,最後執行interactor->Render()便可不斷的根據鼠標移動刷新圖像。
Command對象定義完畢後,便可爲交互對象InteractorStyle添加觀察者,響應鼠標消息。這裏能夠在上節的程序上進行修改,前面代碼一致,只須要在最後添加以下代碼:
1: vtkSmartPointer<vtkImageInteractionCallback> callback =
2: vtkSmartPointer<vtkImageInteractionCallback>::New();
3: callback->SetImageReslice(reslice);
4: callback->SetInteractor(renderWindowInteractor);
5:
6: imagestyle->AddObserver(vtkCommand::MouseMoveEvent, callback);
7: imagestyle->AddObserver(vtkCommand::LeftButtonPressEvent, callback);
8: imagestyle->AddObserver(vtkCommand::LeftButtonReleaseEvent, callback);
9:
10: renderWindowInteractor->Start();
這裏主要是定義了vtkImageInteractionCallback對象,並設置vtkImageSlice對象和vtkRenderWindowInteractor對象。而後爲交互對象vtkInteractorStyle添加觀察者來監控相應的消息,這裏主要是三個消息:
vtkCommand::LeftButtonPressEvent,
vtkCommand::LeftButtonReleaseEvent,
vtkCommand::MouseMoveEvent,
當響應到這三個消息時,當即執行vtkImageInteractionCallback的Execute函數,以便實現切片的實時提取和更新。完成之後,運行程序,當鼠標在圖像上移動時,會發現圖像會跟着鼠標的移動而變化,神奇吧?有興趣的話,還能夠實現YZ平面、XZ平面切片提取,甚至是任意方向的切面提取。