Gblocks命令行

 1 使用默認的設置：
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 3 $ Gblocks proteins.fasta -t=p
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 5 必須是 fasta 文件在前，參數在後。若沒有參數，則進入交互式界面。
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 8 Gblocks cds.fasta −t=c −b1=「$b1」 −b2=「$b1」 −b3=1 −b4=6 −b5=h
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13 -t= default:p
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15 設置序列的類型，可選的值是 p,d,c 分別表明 protein， DNA， Codons 。
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17 -b1= default:（ 序列條數的 50% + 1 ）
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19 設定保守性位點必須有 >= 該值的序列數。該參數後接一個 integer 數，默認下比序列條數的 50% 大 1.
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21 -b2= default: 序列條數的 85%
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23 肯定保守位點的側翼位點時，其位點必須有 >= 該值的序列數。該值必需要比 -b1 的值要大。
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25 -b3= default: 8
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27 最大連續非保守位點的長度。
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29 -b4= default: 10
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31 保守位點區塊的最小長度。該值必須 >=2 。
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33 -b5= default: n
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35 設置容許含有 Gap 位點。可選的值有 n,h,a 分別表明 None, With Half, All 。 當爲 h 時，表示
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37 -e= default: -gb
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39 設置輸出結果的後綴。

 

注意：where b1 = 70% of the sequences sampled in the data set.