MIPAV - Talairach ACPC transform

源地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_64cfe24f0100h358.htmlhtml

 

1.打開MIPAV軟件,File>open image from disk>圖片所在路徑,本人電腦上爲C:\Program Files\mipav\git

NeurosurgicalPlanningTutorialData\patient_dataset\3D_SPGR打開圖片,要說明的是MIPAV支持不少種格式的圖片,此處選擇IMA格式,注意選擇的時候要在右下角的Options裏的Open as multifile前面打鉤,這樣就能將該文件夾下面的圖片所有加載進來,如圖1所示。ide

 

 

1 打開MIPAV軟件而且選擇圖片post

 

2.選擇第一行菜單Algorithms>Brain tools>Talairach transform,彈出對話框Talairach Transform, 圖片在打開以後默認爲1386_151  71/ 143 M: 0.5,如圖2所示。學習

 

2 選擇Talairach Transform變換網站

 

ui

補充:spa

1. 關於ACPC轉換:http://www.brainvoyager.com/bvqx/doc/UsersGuide/BrainNormalization/AutomaticACPCAndTalairachTransformation.htmlorm

2. 關於Talairach座標系:http://www.qnr.cn/med/data/jcyx/xbswx/201003/343228.html,主要看1.1。htm

 

3.單擊ACPC按鈕,出現一個對話框Create AC-PC image,其中有五個要標記的點,分別爲AC superior edge(前聯合上緣),AC posterior margin(前聯合後緣),PC inferior edge(後聯合下緣),First midsagittal point(中矢面上的第一個點),Another midsagittal point(中矢面上的另外一個點),圖3是操做界面,圖4是大腦中矢面結構示意圖。 AC與PC就是兩個聯合體,注意通常要求所選的AC superior edge和PC inferior edge兩點Y值是相同的。選定了後再選AC posterior margin點,就是在AC聯合體的後下方,以後再選擇First midsagittal point和Another midsagittal point,要求兩者之間距離在20mm以上,通常就選擇在和AC,PC同一矢狀面上。選擇好了以後,點擊Apply以後出現一個表示進程的小窗口,幾秒以後就出現圖1386_15_acpc 85/170 M: 2.0,如圖3

 

3 肯定六個點的過程與結果圖

 

補充:

1. 如何尋找各個點:http://mipav.cit.nih.gov/documentation/presentations/talairach.pdf(這個pdf基本是手把手教你找點,頗有用!),咱們標註的點的位置要和Talairach atlas中各點的位置一致。

2. Talairach座標:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4d25466d0101ljtw.html

 

 圖4 大腦中矢面結構示意圖(該圖已流傳於互聯網,本處引自互聯網,特此聲明)

 

5  ACPC標記後獲得的圖像

 

4.點擊Save,出現一個對話框,選擇相應的路徑保存便可。點擊對話框上的刷新按鈕以後以後在New image to transform欄選擇1386_15_acpc,再點擊Load,以後再選擇剛剛存好的1386_15_talairach_info.txt,在transformation一欄選擇acpc to orig,而後在點擊Compute,幾秒事後出現圖片1386_15_acpc_orig,如圖6,對比一下原圖,以後在保存起來,如圖7。

 

這裏沒搞清作什麼的...本身須要用ACPC變換以後的T1作預處理,因此直接點擊ACPC轉換後獲得的圖像,在主界面保存爲nii格式就能夠用了。

 

6  ACPC標記後的的圖片再轉換爲原圖的對比效果

 

7  保存圖片示意圖

 

聲明:本人嚴格遵循MIPAV網站的下載使用規則,只爲學習和交流之用,任何人轉載不得用於商業途徑。

 

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補充:在Utilities中有reorientation,有時只用mid-sagittal+ACPC transform並不能獲得理想結果,那麼在以後加一次reorientation就能夠了(我的經驗)。

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