Falcon安裝

1           安裝須要準備：

(1)Python2.7.9

 

下載地址：https://docs.continuum.io/anaconda/install

(2)pypeFLOW

https://github.com/pb-jchin/pypeFLOW

(3)DAZZ_DB

https://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git

(4)DALIGNER

https://github.com/pb-jchin/DALIGNER.git

(5) FALCON

https://github.com/PacificBiosciences/FALCON

2           安裝步驟

2.1          Anaconda的安裝：

從上面的網址下載安裝包2.2.0版本（對應的Python2.7.9）

 

而後sh運行，

 

點回車繼續，

 

出來一些說明點回車翻頁（不能按太快），

 

按回車太快的結果就是這樣，不輸入yes無法繼續

 

輸入yes繼續

 

這是該輸入新安裝路徑，輸入你所想要的路徑，回車繼續，

 

這就開始安裝了，等他安裝完自動退出，而後添加bin文件夾到環境變量就能夠使用功能強大的anaconda了。

 

2.2          Python虛擬環境建立

使用 conda create -n your_env_name python=X.X（2.七、3.6等） anaconda 命令建立python版本爲X.X、名字爲your_env_name的虛擬環境。your_env_name文件能夠在Anaconda安裝目錄envs文件下找到。

虛擬環境激活

  Linux:  source activate your_env_name(虛擬環境名稱)

  激活可能會比較慢

虛擬環境關閉

  Linux: source deactivate

虛擬環境刪除

  使用命令conda remove -n your_env_name(虛擬環境名稱) --all， 便可刪除。

刪除虛擬環境中某一個包

  使用命令conda remove --name $your_env_name  $package_name 便可。

對虛擬環境中安裝額外的包

  使用命令conda install -n your_env_name [package]便可安裝package到your_env_name中。

 

2.3          pypeFLOW安裝

先打開Python虛擬環境，

從https://github.com/pb-jchin/pypeFLOW下載源碼壓縮包，

Unzip解壓，進入解壓出來的文件夾（一般是這個文件夾pypeFLOW-master）

輸入python setup.py install，點回車運行。

2.4          DAZZ_DB安裝

從https://github.com/pb-jchin/DAZZ_DB.git下載源碼，解壓，解壓出來的是DAZZ_DB-master，因此mv DAZZ_DB-master DAZZ_DB給他更名讓他不當老師，由於後面的DALIGNER比較傲嬌，對當了老師的DAZZ_DB很是不服直接報錯。進入DAZZ_DB文件夾運行make對源碼進行編譯

編譯完成後將DBrm DBshow DBsplit DBstats fasta2DB等幾個文件複製到咱們剛纔安裝的anaconda/envs/your_env_name/bin目錄下。

2.5          DALIGNER安裝

從https://github.com/pb-jchin/DALIGNER.git下載源碼，解壓，

mv DALIGNER-master DALIGNER，進入DALIGNER文件夾make進行編譯，

複製daligner daligner_p DB2Falcon HPCdaligner LA4Falcon LAmerge LAsort到

anaconda/envs/your_env_name/bin目錄下。

2.6          FALCON安裝

從https://github.com/PacificBiosciences/FALCON下載源碼，

解壓，進入解壓的文件夾sh運行travis.sh 進行安裝，若是前面的步驟沒出錯的話就能順利地安裝。

 

 

3           Falcon測試路徑：/NJPROJ2/Plant/Assembly/reheman/reheman/falcon/test01