快速傅里葉變換(Fast Fourier Transform)是信號處理與數據分析領域裏最重要的算法之一。我打開一本老舊的算法書,欣賞了JW Cooley 和 John Tukey 在1965年的文章中,以看似簡單的計算技巧來說解這個東西。python
本文的目標是,深刻Cooley-Tukey FFT 算法,解釋做爲其根源的「對稱性」,並以一些直觀的python代碼將其理論轉變爲實際。我但願此次研究能對這個算法的背景原理有更全面的認識。git
FFT(快速傅里葉變換)自己就是離散傅里葉變換(Discrete Fourier Transform)的快速算法,使算法複雜度由本來的O(N^2) 變爲 O(NlogN),離散傅里葉變換DFT,如同更爲人熟悉的連續傅里葉變換,有以下的正、逆定義形式:github
xn 到 Xk 的轉化就是空域到頻域的轉換,這個轉換有助於研究信號的功率譜,和使某些問題的計算更有效率。事實上,你還能夠查看一下咱們即將推出的天文學和統計學的圖書的第十章(這裏有一些圖示和python代碼)。做爲一個例子,你能夠查看下個人文章《用python求解薛定諤方程》,是如何利用FFT將本來複雜的微分方程簡化。算法
正由於FFT在那麼多領域裏如此有用,python提供了不少標準工具和封裝來計算它。NumPy 和 SciPy 都有通過充分測試的封裝好的FFT庫,分別位於子模塊 numpy.fft 和 scipy.fftpack 。我所知的最快的FFT是在 FFTW包中 ,而你也能夠在python的pyFFTW 包中使用它。數組
雖說了這麼遠,但仍是暫時先將這些庫放一邊,考慮一下怎樣使用原始的python從頭開始計算FFT。dom
簡單起見,咱們只關心正變換,由於逆變換也只是以很類似的方式就能作到。看一下上面的DFT表達式,它只是一個直觀的線性運算:向量x的矩陣乘法,函數
矩陣M能夠表示爲工具
這麼想的話,咱們能夠簡單地利用矩陣乘法計算DFT:oop
1 import numpy as np 2 def DFT_slow(x): 3 """Compute the discrete Fourier Transform of the 1D array x""" 4 x = np.asarray(x, dtype=float) 5 N = x.shape[0] 6 n = np.arange(N) 7 k = n.reshape((N, 1)) 8 M = np.exp(-2j * np.pi * k * n / N) 9 return np.dot(M, x)
對比numpy的內置FFT函數,咱們來對結果進行仔細檢查性能
x = np.random.random(1024)
np.allclose(DFT_slow(x), np.fft.fft(x))
輸出:
True
如今爲了驗證咱們的算法有多慢,對比下二者的執行時間
%timeit DFT_slow(x)
%timeit np.fft.fft(x)
輸出:
10 loops, best of 3: 75.4 ms per loop
10000 loops, best of 3: 25.5 µs per loop
使用這種簡化的實現方法,正如所料,咱們慢了一千多倍。但問題不是這麼簡單。對於長度爲N的輸入矢量,FFT是O(N logN)級的,而咱們的慢算法是O(N^2)級的。這就意味着,FFT用50毫秒能幹完的活,對於咱們的慢算法來講,要差很少20小時! 那麼FFT是怎麼提速完事的呢?答案就在於他利用了對稱性。
算法設計者所掌握的最重要手段之一,就是利用問題的對稱性。若是你能清晰地展現問題的某一部分與另外一部分相關,那麼你就只需計算子結果一次,從而節省了計算成本。
Cooley 和 Tukey 正是使用這種方法導出FFT。 首先咱們來看下的值。根據上面的表達式,推出:
對於全部的整數n,exp[2π i n]=1。
最後一行展現了DFT很好的對稱性:
簡單地拓展一下:
同理對於全部整數 i 。正以下面即將看到的,這個對稱性能被利用於更快地計算DFT。
DFT 到 FFT:
利用對稱性 Cooley 和 Tukey 證實了,DFT的計算能夠分爲兩部分。從DFT的定義得:
咱們將單個DFT分紅了看起來類似兩個更小的DFT。一個奇,一個偶。目前爲止,咱們尚未節省計算開銷,每一部分都包含(N/2)∗N的計算量,總的來講,就是N^2 。
技巧就是對每一部分利用對稱性。由於 k 的範圍是 0≤k<N , 而 n 的範圍是 0≤n<M≡N/2 , 從上面的對稱性特色來看,咱們只需對每一個子問題做一半的計算量。O(N^2) 變成了 O(M^2) 。
但咱們不是到這步就停下來,只要咱們的小傅里葉變換是偶倍數,就能夠再做分治,直到分解出來的子問題小到沒法經過分治提升效率,接近極限時,這個遞歸是 O(n logn) 級的。
這個遞歸算法能在python裏快速實現,當子問題被分解到合適大小時,再用回本來那種「慢方法」。
1 def FFT(x): 2 """A recursive implementation of the 1D Cooley-Tukey FFT""" 3 x = np.asarray(x, dtype=float) 4 N = x.shape[0] 5 6 if N % 2 > 0: 7 raise ValueError("size of x must be a power of 2") 8 elif N <= 32: # this cutoff should be optimized 9 return DFT_slow(x) 10 else: 11 X_even = FFT(x[::2]) 12 X_odd = FFT(x[1::2]) 13 factor = np.exp(-2j * np.pi * np.arange(N) / N) 14 return np.concatenate([X_even + factor[:N / 2] * X_odd, 15 X_even + factor[N / 2:] * X_odd])
如今咱們作個快速的檢查,看結果是否正確:
x = np.random.random(1024)
np.allclose(FFT(x), np.fft.fft(x))
輸出:
True
而後與「慢方法」的運行時間對比下:
%timeit DFT_slow(x) %timeit FFT(x) %timeit np.fft.fft(x)
輸出:
10 loops, best of 3: 77.6 ms per loop 100 loops, best of 3: 4.07 ms per loop 10000 loops, best of 3: 24.7 µs per loop
如今的算法比以前的快了一個數量級。並且,咱們的遞歸算法漸近於 O(n logn) 。咱們實現了FFT 。
須要注意的是,咱們還沒作到numpy的內置FFT算法,這是意料之中的。numpy 的 fft 背後的FFTPACK算法 是以 Fortran 實現的,通過了多年的調優。此外,咱們的NumPy的解決方案,同時涉及的Python堆棧遞歸和許多臨時數組的分配,這顯著地增長了計算時間。
還想加快速度的話,一個好的方法是使用Python/ NumPy的工做時,儘量將重複計算向量化。咱們是能夠作到的,在計算過程當中消除遞歸,使咱們的python FFT更有效率。
注意上面的遞歸FFT實現,在最底層的遞歸,咱們作了N/32次的矩陣向量乘積。咱們的算法會得益於將這些矩陣向量乘積化爲一次性計算的矩陣-矩陣乘積。在每一層的遞歸,重複的計算也能夠被向量化。由於NumPy很擅長這類操做,咱們能夠利用這一點來實現向量化的FFT
1 def FFT_vectorized(x): 2 """A vectorized, non-recursive version of the Cooley-Tukey FFT""" 3 x = np.asarray(x, dtype=float) 4 N = x.shape[0] 5 6 if np.log2(N) % 1 > 0: 7 raise ValueError("size of x must be a power of 2") 8 9 # N_min here is equivalent to the stopping condition above, 10 # and should be a power of 2 11 N_min = min(N, 32) 12 13 # Perform an O[N^2] DFT on all length-N_min sub-problems at once 14 n = np.arange(N_min) 15 k = n[:, None] 16 M = np.exp(-2j * np.pi * n * k / N_min) 17 X = np.dot(M, x.reshape((N_min, -1))) 18 19 # build-up each level of the recursive calculation all at once 20 while X.shape[0] < N: 21 X_even = X[:, :X.shape[1] / 2] 22 X_odd = X[:, X.shape[1] / 2:] 23 factor = np.exp(-1j * np.pi * np.arange(X.shape[0]) 24 / X.shape[0])[:, None] 25 X = np.vstack([X_even + factor * X_odd, 26 X_even - factor * X_odd]) 27 28 return X.ravel()
x = np.random.random(1024)
np.allclose(FFT_vectorized(x), np.fft.fft(x))
輸出:
True
由於咱們的算法效率更大幅地提高了,因此來作個更大的測試(不包括DFT_slow)
x = np.random.random(1024 * 16) %timeit FFT(x) %timeit FFT_vectorized(x) %timeit np.fft.fft(x)
輸出:
10 loops, best of 3: 72.8 ms per loop 100 loops, best of 3: 4.11 ms per loop 1000 loops, best of 3: 505 µs per loop
咱們的實現又提高了一個級別。這裏咱們是以 FFTPACK中大約10之內的因數基準,用了僅僅幾十行 Python + NumPy代碼。雖然沒有相應的計算來證實, Python版本是遠優於 FFTPACK源,這個你能夠從這裏瀏覽到。
那麼 FFTPACK是怎麼得到這個最後一點的加速的呢?也許它只是一個詳細的記錄簿, FFTPACK花了大量時間來保證任何的子計算可以被複用。咱們這裏的numpy版本涉及到額外的內存的分配和複製,對於如Fortran的一些低級語言就可以很容易的控制和最小化內存的使用。而且Cooley-Tukey算法還可以使其分紅超過兩部分(正如咱們這裏用到的Cooley-Tukey FFT基2算法),並且,其它更爲先進的FFT算法或許也能夠可以獲得應用,包括基於卷積的從根本上不一樣的方法(例如Bluestein的算法和Rader的算法)。結合以上的思路延伸和方法,就可以使陣列大小即便不知足2的冪,FFT也能快速執行。