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微生物測序分析LEfSe
時間 2021-01-13
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LEfse分析定義 LEfse分析即LDA Effect Size分析,可以實現多個分組之間的比較,還進行分組比較的內部進行亞組比較分析,從而找到組間在丰度上有顯著差異的物種(即biomaker); 主要是通過非參數因子Kruskal-Wallis秩和檢驗來實現的。 運行LEfSe軟件主要分三大步驟:第一步:需要把普通的物種、基因等等的丰度信息的表格轉化成LEfSe識別的格式。這一步會生成.in結
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