Bio::SearchIO分析ncbi-blast+生成的xml的一個問題

工做環境 LMDE 2 Betsy

大概是由於今天教研室網絡超爛（彷佛並非這個緣由），在本身搭建的簡陋web版blast（基於ncbi-blast+）上比對個序列，失敗了，查了下/var/log/apache2/error.log，居然這種錯誤：

--------------------- WARNING ---------------------
MSG: error in parsing a report:
 http error : Operation timed out
---------------------------------------------------

簡直震驚，這竟然須要網絡？我真是想不通-_-||

看了下對應的 blast 結果文件是存在的，沒有問題。

幾番嘗試，折騰，發現 wwwblast 生成的 xml 格式文件處理起來就沒問題，可迅速得出結果。

……

而後，把兩種 xml 文件打開作個對比，發現：

wwwblast 生成的 xml 裏第二行是這樣的

<!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "NCBI_BlastOutput.dtd">

而

blast+ 生成的 xml 裏第二行是這樣的

<!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_BlastOutput.dtd">

換成 wwwblast 格式的話，就不蹦錯誤了。

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彷佛這並非根本緣由……看起來不太合適。

解決問題

查了下Bio::SearchIO::blastxml，以爲有可能什麼模塊沒裝，而後發現XML::SAX::ExpatXS沒裝，安裝了下試試看

sudo aptitude install libxml-sax-expatxs-perl

而後如今運行起來沒問題了，但願就此解決。

糊里糊塗的。