samtools 學習記錄

SAMtools不僅僅用來call snp。從samtools的軟件名就能看出，是對SAM格式文件進行操作的工作，比如講sam轉成bam格式，index，rmdup等等。samtools結合linux命令比如grep，awk和SAM格式描述的flag，tag，亦是非常非常非常強大，比如根據flag過濾duplicate的reads，根據XA tag過濾multiple hit的reads。本文在此

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