如何確定對接口袋?

在一般的分子對接計算中,一個不可或缺的步驟是定義配體分子(通常爲有機小分子)的結合位置,即對接口袋。對於蛋白-小分子複合物X-ray晶體結構,口袋內就有一個配體,它爲我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構,我們該如何確定對接口袋呢?更一般地,對於核酸、多肽以及主客體中的主體分子,又該如何定義對接口袋呢? 對接口袋這個概念存在於分子對接計算中,是受體中配
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