生物軟件大全

1.三維分子類

RASMOL：觀看生物分子3D微觀立體結構

RasTop：爲RasMol 2.7.1的圖形用戶界面軟件

CHIME：直接在瀏覽器中觀看3D分子

MolMol：將pdb等格式的蛋白文件經過微調，存成普通的圖形文件

raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及漢化版本

CrystInfo：用來快速、容易地構建、觀察與檢查晶體3D結構

PDViewer：PDB格式文件的查看程序

Weblab Viewlite：三維分子瀏覽工具及大量分子文件例子

Weblab ViewerPro：三維分子瀏覽工具

ICMLite：三維分子瀏覽工具，有一些其餘軟件沒有的功能

VMD：三維分子瀏覽工具，能夠進行動態顯示

CN3D：3D分子結構觀察軟件

WPDB：PDB文件檢索顯示分析軟件

DTMM：三維分子模型顯示、編輯與構建程序

Mole：高性能的大分子三維圖形顯示計算工具

gopenmol：顯示並分析分子結構及其特性

POV-Rayv：生成三維圖像工具軟件

MolPOV：將PDB文件轉化爲POV格式文件的軟件

Mol2Mol：分子文件格式轉換軟件

PovChem：將PDB文件轉化爲POV格式的文件

Ortep-3 for Windows：生成分子的熱橢圓形點圖

PLATON：通用結晶學軟件工具

Mage：讀取並演示Kinemage格式文件的專用軟件

Prekin ：將PDB格式文件轉換爲Kinemage格式文件

Swiss-Pdb Viewer：PDB文件顯示與分析軟件

DINAMO：蛋白序列排隊比較編輯與三維模型構建工具

PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免費軟件

StrukEd ：化學分子編輯與三維模型生成軟件

JMVC：使用JAVA技術編寫的三維分子查看器

ReView：讀取及分析XYZ格式三維分子文件

Oscail：用來處理、定義與檢查小分子單晶的軟件包

Moilin：分子構建與觀察軟件

Tinker：與Moilin配套的DOS下的分子設計建模

Biodesigner：免費的分子建模與顯示軟件

MoluCAD：全功能的分子建模與顯示工具軟件

Viewer Activex Control：三維分子顯示控件

MarvinView：JAVA語言編寫的化學分子二維與三維顯示程序

ACD/3D Viewer for ISIS：免費的ISISDraw三維顯示插件

Amira：高等三維顯示建模系統

AmiraMol：Amira 2.3 相應的顯示三維分子的加強工具

Visualize：分子建模和研究軟件包

ScientificGL：C++OpenGLAPI三維分子開發工具

Sojourner：找出小蛋白的最小能量構形並實時演示的軟件

 

2.DNA分析

DNAClub：DNA處理軟件

JaMBW：分子生物學軟件包

DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包

pDRAW：DNA分析與繪圖軟件，可繪製線性或環形DNA圖

ANNHYB：用來幫助進行PCR引物設計與基因探針設計的軟件

RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具

ABIView：ABI格式文件顯示與編輯軟件

Chromas：ABI格式文件顯示與編輯軟件

Sequence viewer：獲取與觀察從GSDB獲取的DNA序列數據及其關聯特性的工具

DNAssist：DNA序列分析工具

DNAProbe：核苷酸序列設計工具

DnaSP：DNA序列種羣遺傳學分析軟件

DFW：DNA分析軟件

Artemis R4：以Java語言寫成的序列查看工具 ’

ACT R1：以Java語言寫成的序列比較查看器

GDA：主要用來進行不連續基因數據的統計分析

RDP：從一組排隊比較(Align)的核酸序列中查找潛在的重組體軟件

Sequencher：裝配DNA小片斷爲大的連續序列或毗連(序列)羣"Contig"軟件

MehCalc：自動計算DNA序列熱力學數據的Excel電子表格宏軟件

基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析軟件

ConsInspector：DNA蛋白結合位點預測識別軟件

MatInd與Matlnspector：快速匹配DNA序列與已知共有序列的軟件工具

GBuilder：JAVA語言編制的用來分析與顯示DNA序列的軟件

GenomePixelizer：幫助理解基因組中的簇基因(C1ustermggene)之間的相互關係的軟件

LabBook Genomic XML Viewer：圖形化顯示並處理GenBank序列數據的免費軟件

Gene Construetion Kit 2 ：管理並顯示克隆策略中的分子構建過程軟件

Genalysis：比較基因組或大量基因序列的工具軟件

 

3.RNA分析

RNAdraw：RNA二級結構分析軟件

RNAstructure：預測RNA 級結構圖

RnaViz：RNA二級結構圖繪製程序

4.蛋白質分析

ANTHEPROT：蛋白序列分析軟件包

pSAAM：蛋白序列分析軟件包

VHMPT：螺旋狀膜蛋白拓撲結構觀察與編輯軟件

aminoXpress：免費的多功能蛋白分析軟件包

 

5.生化教學

mmp.zip：將生化代謝中的各類途徑用圖表的形式表示出來

linpath.zip：線性酶反應模擬軟件

protlab：蛋白質純化仿真軟件

MOLMED.ZIP：生化基礎概念演示教學程序

Biochem：生化教學文件

photo：光合做用教學程序

Adrenalin：腎上腺素在肝糖原代謝中的做用演示

Virtual Cell Lab：多媒體細胞生物學教學程序

 

6.生化工程

brd.zip：生物反應器(發酵罐)設計軟件

BioStat：BioStatB發酵罐控制程序

PenSimv：青黴素發酵模擬軟件

BioProSim：發酵實時模擬軟件

 

7.序列格式轉換

vised：序列輸入分析和格式轉換軟件

ForCon：多序列文件格式轉換軟件

SeqVerter：序列格式轉換軟件

GeneStudio LE Version：序列格式顯示、編輯與轉換工具軟件

FASTA/BLAST SCAN：FASTA與BLAST查詢輸出文件的處理軟件

RevComp：序列格式轉換軟件

 

8.引物分析

primer Premier 5.0：引物設計工具

Oligo：引物分析著名軟件

Primer Designer：專門用 pASK-IBA～pPR-IBA表達載體免費的引物設計輔助軟件

Array Designer：批量設計DNA和寡核苷酸引物工具

Beacon Designer：PCR定量分析分子信標(Molecularbeacon)設計軟件

NetPrimer：基於WEB界面的引物設計程序

 

 9.序列綜合分析

pcgene：分子生物應用軟件

MACAW：多序列構建與分析軟件

Clustal W：用來對核酸與蛋白序列進行多序列比較的軟件

Clustal X：ClustalWWindows界面程序

FASTA：數據庫中查找同源序列軟件

GeneDoc：對序列進行相關分析等操做

BLAST與Blastcl3：數據庫中查找相似序列的軟件及客戶端軟件

SeqPup 0.9：生物分子序列編輯與分析軟件

K-Estimator 5.5：進化基因學研究軟件，評估兩條核酸序列核苷酸替代數

BioEdit：序列編輯器與分析工具軟件

DAMBE：綜合性序列工具軟件

LaserGene：綜合性序列工具軟件

SeaView：圖形化多序列隊列編輯器

Jalview：用Java語言寫的多序列隊列編輯器

DNASIS：序列綜合分析工具

Genamics Expression：是一個DNA與蛋白序列分析工具

Vector NTIViewer：載體查看軟件

Jellyfish：多功能序列分析軟件

ProSeq：核酸序列編輯與種羣遺傳學分析軟件

Gap4 database viewer：Gap4基因裝配數據庫讀取顯示軟件

SMS：DNA與蛋白序列分析與格式化在線工具集合

Omiga：核酸與蛋白序列綜合性分析軟件

Staden：綜合序列分析工具軟件包

Vector NTISuite：綜合性蛋白核酸分析工具包

INCA：Java腳本語言寫成的BLAST服務器客戶端程序

ISYS：NCGR開發的用JAVA語言寫成的數個不一樣類生物信息軟件與數據庫的軟件集合平臺

DNA Scriptor：DNA與蛋白序列綜合分析軟件

Sequence Quickie-Calc：很是緊湊的分子生物學工具軟件

PhyloGrapher：用來顯示與研究相相似的基因與蛋白序列之間的進化關係的軟件

 

10.進化樹分析

phylip：進化樹分析軟件，並可繪製進化樹

TreeView：進化樹處理軟件

GeneTree：比較基因與種系進化樹的程序

NDE：用來編輯NEXUS格式文件的程序

TreeMap：用來可視化地比較主、從進化樹的程序

Spectrum：分析進化信息而不用將之轉化爲進化樹的軟件

Phyltools：計算與處理進化樹數據的軟件

tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列類似性分析及進化樹構建工具

ATV：JAVA語言編寫的顯示"New Hampshire"與NHX格式的進化樹文件軟件

TREECON：構建和繪製進化樹的軟件包

ProBiosys比較表現型分類法數據和分析計算核酸序列數據距離值的軟件

11.質粒繪圖

Plasmid Processor：繪製質粒圖軟件

Plasmid ProcessorPro：繪製質粒圖軟件，與Plasmid Processor是同一個做者

WinPlas：質粒繪圖軟件商業版

DMUP：環狀質粒繪圖軟件測試版

Plasmid Toolkit：質粒繪製軟件

pDRAW：DNA分析與繪圖軟件，可繪製線性或環形DNA圖

Redasoft Visual Cloning：是有名的繪製質粒圖Redasoft Plasmid 1.1軟件的升級版

SimVector：質粒圖繪製軟件

 

12.圖像處理

Image Tool：科學用途的處理圖像軟件

Image J：用Java語言寫成的科學用途的處理圖像軟件

Cross Checker：基因指紋圖分析軟件

ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)圖像格式轉換軟件

Band Leader：凝膠圖像處理軟件

Scion lmage：圖像處理與分析工具

OSIRIS：通用醫學圖像處理與分析軟件

Melanie 3 Viewer：免費Melanie圖像查看器

Smart Draw：流程圖繪製軟件演示版

GIMPWin：圖像處理自由軟件

ChromoZoom：比較兩個圖像的相同與不一樣之處軟件

bandscan：蛋白凝膠電泳圖像分析軟件

SigmaScanPro：圖像分析軟件30天全功能演示版

SigmaGel：凝膠圖像分析軟件

TotalLab：圖像分析軟件

Lablmage：凝膠圖像分析軟件

GelDiff：定量比較兩個2D凝膠圖像的不一樣之處的JAVA軟件

Timediff：分析蛋白/基因表達圖譜時間序列的JAVA軟件

QuantiScan：使用簡單功能專注的凝膠掃描、分析軟件

PDQuest：分析2維凝膠並生成數據庫的標準軟件

13.數據處理

CurveExpert：用於ELISA標準曲線擬合的軟件

Cliekh Graph：實驗數據做圖軟件

Statistica：專業統計軟件

GraphPad PRISM：著名的數據處理軟件

NoSA：中文非典型數據統計分析系統

CrossGraphs：多變量數據庫圖形顯示軟件

SigmaPlot：繪圖和數據分析軟件包30天全功能評估版

SYSTAT：數據統計分析與做圖的利器30天全功能演示版

SigmaStat：智能統計軟件30天全功能演示版

PeakFit：自動分離、擬合與分析非線性數據軟件

TableCurve：自動兩維曲線擬合與經驗公式查找軟件

TableCurve ：自動三維曲面擬合與經驗公式查找軟件

SPSS：很是權威且有名的數據統計處理軟件30天全功能演示版

Origin：易於使用的科學用途數據繪圖與數據分析處理工具軟件

DATb：進行生物曲線擬合與數據分析的免費軟件

數據做圖助手：對實驗結果進行數據分析和做圖的專業軟件

 

14.檢索與閱讀

PatentIn：用於將序列專利提交給美國國家專利與商標局的輔助軟件

Checker：用於將序列專利提交給美國國家專利與商標局的輔助軟件

ica32t.exe：中國生物學文獻數據庫檢索客戶端軟件

PathDB檢索程序：(代謝途徑數據庫)檢索程序

PubCrawler：Medline文獻庫與GenBank核酸序列庫檢索軟件

NetRoseBrowser：PDG格式瀏覽器

Book Express：專門用於超星數字圖書下載的工具軟件

EndNote：專業參考文獻查詢軟件

Reference Manager：專業參考文獻查詢軟件

Procite：參考資料檢索管理軟件

Sequin：數據庫GenBank，EMBL，DDBJ查詢軟件

MiniViewer：數圖閱覽器

Compresslt：JBG(NLC)」JPG轉換功能軟件

Refs：參考文獻管理軟件

Scholars Aid：文獻參考資料等平常資料的整理軟件

paperworks：免費的參考文獻管理軟件

KD：知識倉庫建庫管理系統

 

15.基因芯片

AMADA：用來組織、研究、顯示、分析微數組(Microarray)數據軟件

ScanAlyze：進行微矩陣熒光圖像分析軟件

Cluster：對大量微矩陣數據組進行分析處理的軟件

TreeView：用圖形來顯示Cluster軟件分析的結果軟件

AMAD：微數組數據庫

ArrayMakerv：Stanford大學Brown實驗室提供的基因芯片研究全套設備相配套的軟件與文檔

J-Express：分析微矩陣(Microarray)實驗得到的基因表達數據的軟件

16.其餘功能軟件

digitizer：圖形數字化軟件，能夠將曲線圖轉化爲數據與等式

Graph Paper：座標紙打印軟件

DynaFit：酶動力學數據或配體—受體結合數據處理軟件

Migrate：從遺傳學角度，估算人口移民率程序

arlequin：人口遺傳學軟件

正交設計助手：正交實驗設計輔助工具軟件

FBAT：家族遺傳相聯檢驗的統計程序

GGT32：圖形化基因型表示軟件

CERVUS：使用共顯性標記數據推斷親緣關係的軟件

Jarnac：代謝過程模擬軟件包

Gepasi：化學與生物化學反應動力學仿真與優化軟件

BCT：微生物趨向性模擬程序

StochSim：隨機生物化學反應模擬軟件

Bio_MW：生物化學分子量計算軟件

MatchCode：將蛋白和核酸序列進行簡單匹配和格式化輸出的中文軟件

Map Manager：回交、雜交與重組自交系分析遺傳做圖實驗結果的軟件

MolEco：以遺傳學方法評估雜亂交配頻率的軟件

Canvas：繪圖軟件

免疫室管理系統：中文免疫室綜合軟件

Cyrillic：家譜繪圖軟件

Frozen Cell Stock Monitor：用來管理儲存在液氮容器中的生物樣品(例如細胞系、血清等等)的程序

MICE：虛擬動物飼養設施，用來幫助管理飼養設施中的實驗動物軟件

DBsolve：代謝及酶—受體結合模擬軟件

boxit：管理生物樣品的數據庫系統

GRR：檢測系譜偏差(pedigreeerrors)的應用軟件

健康藥霸：藥典類的軟件

AceDB：基因組數據庫軟件

MAPL9八、DIAL98與GEST98：El本學者編制的幾個統計基因學(StatisticalGenetics)軟件

PED：系譜(Pedigree)繪製軟件

PEDRAW：系譜(Pedigree)繪製軟件

quantiRT：內置宏程序，用來輔助定量RT-PCR實驗的Excel文件

BateView：管理與追蹤小型的實驗鼠生殖羣體的Excel文件

MassXpert：幫助科學家預測與分析從蛋白組學研究中得到的蛋白質質譜數據的軟件

MestRe-C與MestRe-CnD：分析、顯示與仿真1D與2D磁共振圖譜的軟件

ACD/SpecViewer：免費光譜數據顯示軟件

ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用來顯示ACD/NMR Predictors預測的所繪化學結構式

Viewer：磁共振圖譜文件的免費軟件

WinMDIver：分析流式細胞儀數據文件的免費軟件

TestDNA：根據已知成分值生成細胞週期FCS文件的免費工具軟件

Cylchred：細胞週期分析(CELLCYCLEANALYSIS)軟件

gX-Path Vision：生成、編輯與顯示生物代謝途徑的工具軟件

生物五筆：生物醫學專業輸入法

 

17.化學繪圖

ACD/CHEMSKETCH：繪製分子結構的免費軟件及其漢化版

ACD/ChemSketch及ChemBasic：繪製分子結構的免費軟件5.0版本及其漢化版

Chemfont：化學符號與TureType字體，能夠在Word中直接插入文章中

clip.zip：化學圖片集，含有近400幅與化學有關的GIF圖片

ISIS DRAW：繪製化學結構式的免費軟件

AutoNom：ISIS／Draw軟件的插件(自動生成符合IUPAC命名規則的化合物名稱)

ChemWindows：繪製化學結構式的免費軟件

MarvinSketch：JAVA語言編寫的小巧好用的化學結構式繪製程序

ACD/Structure Drawing Applet：繪製化學結構式免費JAVA小程序

ChemPen：繪製化學結構式軟件

ChemPen+：繪製化學結構式軟件

ChemPen：繪製化學結構式軟件

18.化學應用

mmcalc.exe：分子量計算器

hxfc.zip：化學方程式配平軟件

cmcalc10.exe：化學試劑製備計算器

alkne.exe：有機化學命名練習程序

chembl32.zip：Windows95下的免費化學方程式配平程序

periodic.zip：小巧的元素週期表

ptab32.zip：高級元素週期表

CAF：計算機輔助配方軟件

CFT：化學式教師

元素屋：查詢112種元素的各個信息的中文軟件

化學反應方程式編輯器：製做化學反應方程式、離子方程式、分子式、離子式等

CRS：化學反應方程式配平器

Model ChemLabv：化學實驗教育軟件及其漢化版

periodic.exe：免費的元素週期表

化學品電子手冊：一個綜合性的化學品手冊

 

19.在線綜合工具

Biology Workbench：基於WEB的生物學綜合工具

sewer：網上經常使用在線工具集合，本地版

 

20.在線蛋白工具

BCM Search Launcher：蛋白序列二級結構預測綜合站點

DAS：蛋白跨膜預測服務器、輸入蛋白序列，預測跨膜區域

TopPred：蛋白預測服務器提供的膜蛋白拓撲學預測在線工具

SOSUI：膜蛋白分類和二級結構預測在線工具

PSIpred-MEMSAT：進行二級結構預測與跨膜拓樸結構預測

HMMTOP：預測蛋白序列的跨膜螺旋與拓撲結構服務器

SMART：提供蛋白序列，在結構域數據庫中查詢/顯示出其結構域及跨膜區等

TMpred：預測蛋白序列跨膜區

TMHMM：預測蛋白的跨膜螺旋

The PredictProtein server：提供蛋白數據庫查詢，預測蛋白各類結構的服務

SPLIT：膜蛋白二級結構預測服務器

PRED-TMR：提供基於SwissProt數據庫統計分析的預測蛋白跨膜片斷的服務

CoPreThi：基於INTERNET的JAVA程序，預測蛋白的跨膜區

TMAP：提供預測蛋白跨膜片斷的服務

 

21.RNA analysis

Pattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的經常使用RNA在線分析工具

DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的經常使用特徵序列查詢工具

Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的經常使用DNA在線分析工具

Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因與編碼區查找工具

解鏈溫度計算器：JAVA語言寫的寡核苷酸計算器，給出核酸序列，計算GC百分比、解鏈溫度、長度、分子量。能夠下載後使用，當小計算器

BCMgene-finder：核酸序列查找服務器，提交核酸序列，選擇相應的數據庫，進行序列查找

 

22.在線引物設計

The Primer Generator：在線引物設計程序

Prime3：比較有名的在線引物設計程序

Sequin：數據庫GenBank，EMBL，DDBJ查詢軟件

MiniViewer：數圖閱覽器

Compresslt：JBG(NLC)」JPG轉換功能軟件

Refs：參考文獻管理軟件

Scholars Aid：文獻參考資料等平常資料的整理軟件

paperworks：免費的參考文獻管理軟件

KD：知識倉庫建庫管理系統

 

http://www.plob.org/2012/08/01/3323.html