生物信息學-知識筆記-1

http://www.tinygene.com/statistic-analysis/nmds

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PCA分析是基於原始的物種組成矩陣所作的排序分析，而PCoA分析則是基於由物種組成計算獲得的距離矩陣得出的。在PCoA分析中，計算距離矩陣的方法有不少種，例如圖1所示的Euclidean, Bray-Curtis, and Jaccard，以及圖2顯示的(un)weighted Unifrac (利用各樣品序列間的進化信息來計算樣品間距離，其中weighted考慮物種的丰度，unweighted沒有對物種丰度進行加權處理)。