snakemake學習筆記

什麼是snakemake?

snakemake 是一個流程搭建的工具，這裏主要用來記錄一些snakemake的使用方法

• 對於run或者shell部分的須要使用sample變量能夠使用wildcards.sample來獲取
• 對於寫好的模塊能夠使用include來載入，而後使用rule all定義全部的輸出，這樣運行一個總的模塊就能夠直接開啓整個流程

rule all
    expand()

include:Filter.snakemake.py

• 指定一個config文件能夠使用--configfile 參數來進行傳入
• 若是隻控制運行某一個rule，能夠加上參數--forcerun rulex
• 作出流程圖

snakemake --dag -s RNAseq.snakemake.py --configfile test.yaml |dot -Tpdf > dag.pdf
snakemake --dag -s RNAseq.snakemake.py --configfile test.yaml |dot -Tsvg > dag.svg

• rule 流程圖

snakemake --rulegraph -s RNAseq.snakemake.py --configfile test.yaml |dot -Tpdf > rule.pdf

• 強制去從新運行一遍rule

snakemake -s RNAseq.snakemake.py --configfile test.yaml --forcerun filter_stat

• 指定運行的cpu數，使用-j參數
• 只打印不運行使用-n參數
• 在使用一個總的模塊來將全部的模塊串起來的過程當中，rule all聲明只能寫在這個總的模塊裏面

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• 以下報錯的緣由是由於rule all裏面的輸出在其餘的子rule裏面沒有作爲輸出
  

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使用snakemake投遞任務時

snakemake --cluster 'qsub -l vf=15G,num_proc=12 -cwd -q st.q -P P18Z10200N0170 -binding linear:12' --configfile test.yaml --snakefile Denovo.stLFR.snakemake.py --jobs 6

• --jobs 能設置並行投遞的任務

• 投遞的命令須要加引號

• 當投遞到集羣，殺掉snakemake進程時，任務也會殺掉，而wdl是不會出現這種狀況的

• shell裏面的命令{}須要用{{}}的方式來寫，與python有點相似