Tophat運行錯誤

這兩天參照一篇文獻，從 NCBI SRA 下載了若干 .sra 文件來處理，發現數據是 single-end 的，相對較老（2012 年），read length 爲 35 bp，短一些，文獻中說他用的是 tophat 1.1.2, bowtie 0.12.7，設置了 the minimum and maximum intron size 參數，我的理解即設定了 -i 和 -I 值。

較新的 tophat 與 bowtie

用軟件倉庫中提供的 tophat 和 bowtie 試着跑了下，發現不能成功，出現了錯誤。

軟件版本：

• tophat: v2.0.13
• bowtie: v1.1.1.0

# 沒有服務器，用渣渣筆記本勉強跑
tophat -o tophat/ -p 2 --bowtie1 -i 20 -I 40000 -G gff_file_path bowtie1_index_db_path fastq_file

出現錯誤以下：

[2016-08-28 23:33:18] Mapping left_kept_reads.m2g_um_unmapped to genome segment_juncs with Bowtie (1/1)
open: No such file or directory
Error: bam2fastx failed to open BAM file tophat//tmp/left_kept_reads.m2g_um_unmapped.bam
[2016-08-28 23:33:51] Joining segment hits
[2016-08-28 23:35:26] Reporting output tracks
        [FAILED]
Error running /usr/bin/tophat_reports --min-anchor 8 --splice-mismatches 0 ……………………

Google 了一下，沒有很好的解決方案。嘗試後發現 -i, -I 使用默認值則不會出錯，成功執行；而設定了對應的 20, 40000 後則運行失敗。

舊版本的 tophat 與 bowtie

下載文獻中所述版本的軟件，設定參數，執行，成功。

由於要用特定版本的軟件，寫了個腳本。

#!/bin/bash

export PATH=/home/lhtk/bio/bowtie-0.12.7:/home/lhtk/bio/tophat-1.1.2.Linux_x86_64:$PATH

# 此前用舊版的 bowtie 從新構建了 bowtie index db
tophat -o tophat_1.1.2 -i 20 -I 40000 -G gff_file_path bowtie_index_db_path fastq_file

發現舊版本軟件要比較新版軟件運行效率低好多，比較慢。