轉載+收藏 數理化地生經常使用軟件

一 數學：

 

一、數學軟件：

（1）常見的通用數學軟件包包括：Matlab和Mathematica和Maple，其中Matlab以數值計算見長，Mathematica和Maple以符號運算、公式推導見長
（2）專用數學包包括：
       繪圖軟件類：MathCAD,Tecplot,IDL,Surfer,Origin,SmartDraw,DSP2000
      數值計算類：Matcom,DataFit,S-Spline,Lindo,Lingo,O-Matrix,Scilab,Octave
      數值計算庫：linpack/lapack/BLAS/GERMS/IMSL/CXML
      有限元計算類：ANSYS, MARC,PARSTRAN, FLUENT, FEMLAB,FlexPDE,Algor,COSMOS, ABAQUS,ADINA
      數理統計類：GAUSS ,SPSS,SAS, Splus
      學公式排版類：MathType,MikTeX,ScientificWorkplace,Scientific Nootbook

二、數學編程：
    包括Fortran、C/C++、VB...MatLab、Maple、Mathematica、Femlab、......等編程,討論各類算法,包括神經網絡，模擬退火等，能夠應用到計算數學，統計學等。

2、物理

 

 一、 物理軟件：

1基本用途軟件

  (1)符號計算：
mathematica：這是惟一一個商業軟件，下面有的程序依賴於它，並且因爲Wolfram當年也是高能物理出身，所以我的以爲該軟件的使用體驗很好，也是我惟一動心購買正版的軟件。
form：大規模處理符號表達式的利器，下面有的軟件包依賴於它，適宜用來作高圈多腿圖的計算，可是用起來沒有mathematica方便。
maxima：這個是mathematica的免費替代品，但缺點是不少表達式無法像mathematica那樣化簡，不過好在提供源代碼.

(2)數值計算：
gsl：C程序寫的數值計算庫，內容還比較全面，用來作數值計算很方便，文檔比較詳細且集中。
cernlib：CERN的數值計算庫以及一系列附加的分析繪圖工具（甚至包括了下面的一些程序包）。優勢是功能強大，專門針對高能物理中的各類應用比較全面；不過我的以爲文檔有些散。
scilab：這個是相似於matlab的通用型數值計算軟件，簡單易用，界面友好，不過由於一般都直接寫c或者fortran程序作計算，所以用得較少，也沒作過比較是否是會比本身寫調用gsl啥的慢不少。
octave：相似於scilab，目前我還沒用過

(3)圖形可視化：
root：CERN的一個解釋型C語言編譯器，功能強大，把C語言變成了相似於腳本語言，對作圖比較方便。
gnuplot：繪圖程序，功能也比較強，用起來也比較方便。
metapost：TeXLive自帶的繪圖程序，功能還不錯，就是用起來不是很方便。
asymptote：在metapost的基礎上改進了一些，用起來比metapost方便，不過我的以爲和metapost差很少。（可能我比較弱，沒法掌握其精髓^_^）

(4)編輯寫做：
texlive：aps推薦使用revtex4格式寫paper，所以這個固然必不可少。
openoffice：有時候不得不用一下Office，能夠用它來應急，不過和Office的兼容性確實很差。

2特殊用途：

(1).圈圖計算
FeynArts：生成Feynman圖和Feynman振幅的工具包，在mathematica下使用，方便易學。
FormCalc：配合form（自帶得有）和FeynArts對Feynman振幅（小於等於1圈水平）進行解析化簡的工具包，在mathematica下使用。
LoopTools：數值計算一圈動量積分的程序包，實際是用了ff包，可是比ff更加易用。可是處理紅外發散是用的質量正規化。
QCDLoop：也是計算一圈動量積分的程序包，也用了ff包，可是用維數正規化來處理紅外發散。
FeynCalc：具備教學性質的Feynman圖計算包，在mathematica中使用，能夠對1圈水平的Feynman振幅及模方進行化簡，也可進行兩圈自能圖的計算，給出的表達式和教科書比較接近。
mincer：利用form計算三圈無質量自能圖的工具包。
matad：計算三圈真空圖的工具包，其中能夠有一個質量參數。可是因爲和目前form版本不兼容，所以須要進行修改才能配合使用。

(2).數值模擬
madgraph：在樹圖水平給出Feynman圖並進行計算的工具包，利用Helicity方法可計算多腿圖，使用比較方便。
madevent：和madgraph配合進行數值積分和事例生成。
comphep：一個簡單易用的樹圖計算工具，能夠生成Feynman圖，給出解析表達式，進行數值計算，並繪出圖形。
calchep：功能和comphep差很少，只是由另一我的維護。
grace：在領頭階計算Feynman振幅的工具，目前正在擴展到次領頭階。也能夠畫Feynman圖和生成事例。
pythia：強大的Monte Carlo模擬程序，可進行一系列計算，包括數值積分，parton shower，強子化和事例生成，彷佛集成在cernlib裏了，不過目前正在推出新的c++版本。
herwig：相似於pythia，只是用的算法不盡相同。也在推出新的c++版本。

(3).粒子譜計算
FeynHiggs：計算SUSY中Higgs粒子質量譜和衰變寬度的軟件包，考慮了兩圈效應，方便易用，甚至可在mathematica中調用。
SDecay：一樣是計算SUSY中Higgs粒子質量譜和衰變寬度的軟件包。
SoftSUSY：計算SUSY粒子質量譜和衰變寬度的軟件包。
suspect：也是計算SUSY粒子質量譜的軟件包。

(4).其餘
Cuba：進行多維數值積分的軟件包。
LanHep：根據拉氏量推導Feynman規則的軟件包，可配合comphep/calchep和FeynArts使用。
LHAPDF: PDF的集合，匯聚了不少的PDF，可是稍微更新慢一些。

3 實驗物理研究中的國際上經常使用的軟件：

在國外呆了幾年，對國外實驗物理研究組中經常使用的軟件有了必定的瞭解，在此介紹給你們，但願咱們中國至少在硬件上和國際上平齊，至於總的水平還相差不少年也不是一年兩年能趕起來的。
1. Labview（數據採集和處理）
   在實驗物理中，不少時候須要作實驗，測量各類信號。Labview是國際上研究中使用最普遍的數據採集軟件之一，主要優勢是能夠自由編程，很是靈活，並且價格不貴，使用的是圖形編程語言，簡單易學。配合NI的數據採集卡，幾乎能夠知足全部實驗室的測量要求。
2. Latex（文字編輯）
   寫科研論文的利器，能夠寫出精美的科學論文和畢業論文，幾乎是國外研究生的必備工具，並且是免費的。不少科學雜誌都接受Latex的格式的投稿，還有些雜誌只接受這種格式。結合Winedt，在文字編輯方面幾乎無往而不利，這個必須購買，好像付15刀就能夠多用戶使用了。如今用的最多的是Miktex，能夠在網上免費下載，屬於Latex2e。並且加上必要的包，能夠處理中文。
3. Origin（曲線）
   雖然用數據畫曲線有許多軟件，可是我的認爲仍是Origin最好用，也比較簡單，不用專門學，用幾回就熟悉了。如今一些專門的儀器測量的結果均可以存爲數據文件，用Origin能夠從新作圖，主要是能夠作矢量圖，不用擔憂放大縮小的問題。並且Labview測量的結果均可以用Origin進一步處理，實在是居家必備的科研軟件。
4. Photoshop和Illustrator（圖像處理）
   這裏圖像處理的意思不是讓你用這些軟件把原始實驗圖片（如SEM和TEM）修改爲本身想要的圖片，而是一些必須的處理。對於非矢量圖片，能夠用Photoshop修改尺寸，剪裁等等處理。Illustrator主要是作矢量圖的。國外好的研究組要求全部的示意圖必須是矢量圖。並且在Illustrator中也能夠對圖片進行排版，存爲eps格式，適合Latex調用。
5. Adobe Acrobat
   這個就不用介紹了，幾乎全部的科學雜誌上的文章都是這種格式，不過光是reader並很差用，最好是個全版的，能夠進行文字編輯，還能夠在文章上直接作筆記。
6. Windows office
   雖然有Latex，可是有的時候也須要office，主要是powerpoint。其實Latex也能夠作，可是我的喜愛不一樣，不要強行要求一致。我的仍是喜歡用ppt，更直觀一些。
7. POV-ray
   這個估計知道的人很少，是一個免費的畫三維示意圖的軟件，主要是免費的，並且功能很多，還能夠作簡單的動畫。科研上說一張好的示意圖抵得上十頁文字，確實是有道理的。並且軟件業很容易學，上手能很快。網上下載的地址不少，如今到3.6版本了，好像3.7beta也能夠用了。
先介紹這麼多，還有一些是我的喜歡用的，就不說了。
高能物理中經常使用的軟件包簡介：
作了幾年高能物理以後，深感工做中各類程序包的重要性。現將本人用過的一干程序包羅列以下，就當是一個小結。雖然談不上對每一個軟件（包）都十分精通，然而拋磚引玉，歡迎各位補充。

 二、物理編程：

 

3、化學

 

1 化學軟件：

1 一些經常使用的能在PC機上使用的化學類軟件

（1）化學結構式
有關化學結構式編輯的軟件市面上很是之多，它們各有所長。既有商品的，亦有對教育界及家用免費的。其功能主要是描繪化合物的結構式、化學反應方程式、化工流程圖、簡單的實驗裝置圖等化學經常使用的平面圖形的繪製。常見的這類軟件有：ChemDraw, ChemWindow, ISIS Draw, ChemSketch等。前兩個爲商業軟件，有關它們的資料能夠查閱各自的網站http://www.camsoft.com/ 和 http://www.sadtlersuite.com/ ，最新版本分別爲6.0和6.5。後兩個對教育界及家用爲免費軟件，能夠在它們各自的網站http://www.mdli.com/ 和http://www.acdlabs.com/ 上下載，最新版本分別爲2.2和4.0。ChemDraw爲當前最經常使用的結構式編輯軟件，除了以上所述的通常功能外，其ultra版本還能夠預測分子的常見物理化學性質如：熔點、生成熱等；對結構按IUPAC原則命名；預測質子及碳13化學位移等。 ChemWindow的一個最突出的特色是與光譜的結合，它的6.5 Spectroscopy 版本包括了一個約五萬張13C NMR 的數據庫(達250兆)，於是其預測更加精確；除了根據化合物的結構預測13C NMR化學位移外，還能預測紅外圖譜、質譜等，更能夠讀入標準格式的NMR、IR、Raman、UV及色譜圖。
這些程序雖然能夠畫出很是好的二維化學結構，但除了ChemSketch外，要表現出三維的化學結構則十分困難，必須依賴於一些專門的3D軟件來實現。

（2）三維結構
比較有名的化學三維結構顯示與描繪軟件有：Chem3D, WebLab Viewer Pro, RasWin, ChemBuilder 3D, ChemSite等，它們都可以以線圖(wire frame), 球棍(ball and stick), CPK及絲帶(ribbon)等模式顯示化合物的三維結構。其中的RasWin和WebLab Viewer的Lite版只能顯示而沒法編輯三維分子模型，爲免費軟件，RasWin能夠在幾乎全部的化學軟件站點找到，WebLab Viewer的下載地址爲http://www.msi.com/。
Chem3D同ChemDraw同樣，是ChemOffice的組成部分，它能很好地同ChemDraw一塊兒協同工做，ChemDraw上畫出的二維結構式能夠正確地自動轉換爲三維結構。它的ultra版本還包括了一個很好的半經驗量子化學計算程序MOPAC 97，並能與著名的從頭計算程序Gaussian98鏈接，做爲它的輸入、輸出界面。可以以三維的方式顯示量子化學計算結果，如：分子軌道、電荷密度分佈等。
WebLab Viewer的pro版本表現生物分子和晶體結構的能力比較強。

（3）數據處理
化學中的數據處理多種多樣，對不一樣的數據處理要求宜採用不一樣的軟件完成。通用型的軟件如：Origin, SigmaPlot等能夠根據須要對實驗數據進行數學處理、統計分析、付立葉變換、t-試驗、線性及非線性擬合；繪製二維及三維圖形如：散點圖、條形圖、折線圖、餅圖、面積圖、曲面圖、等高線圖等。Origin的最新版本爲6.0，其演示版能夠從http://www.originlab.com/下載，SigmaPlot的最新版本爲2000, 其評估版能夠從http://www.spss.com/下載。
由Origin生成的二維及三維圖形：

核磁數據處理軟件：

有：NUTS、MestRe-C、Gifa等，NUTS能夠處理一維及二維核磁數據，其功能包括付立葉變換、相位校訂、差譜、模擬譜、勻場練習等幾乎全部核磁儀器操做軟件的功能，安裝程序不大(3M), 價格爲一千美圓，其演示版能夠在http://www.acornnmr.com/下載；MestRe-C爲處理一維核磁數據的免費軟件，功能完善。其最新版本爲2.3，有興趣者能夠在http://qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html處查看有關信息即下載；Gifa能夠處理一至三維核磁數據，爲運行在LINUX操做系統中X-Window上的免費軟件，有關信息可查看http://www.cbs.univ‑montp1.fr/GIFA/。

由Nuts生成的一維及二維NMR圖譜：　　

色譜及紅外、Raman等實驗數據的處理能夠使用GRAMS/32, 有關信息可查閱該公司的網頁http://www.galactic.com/ , 亦可索取免費的trial CDROM.


（4）文獻管理
在收集參考文獻過程當中，文獻管理程序能夠幫助你整理、排列所收集的內容；撰寫研究論文的過程當中，這類程序容許你直接在文字處理過程當中插入參考文獻，並按要求自動生成規定格式的參考文獻列表。這類程序中有表明性的有：EndNote 4, Reference Manager和ProCite等，它們都能對文獻進行整理，能在文字處理程序中直接插入參考文獻並生成必定雜誌規定格式的參考文獻列表。所不一樣的是EndNote 4對中文版的文字處理程序如Word的兼容性有問題，致使Word不能正常啓動。其它兩個程序則無此類煩惱。有關程序的演示版或測試版能夠在http://www.niles.com/ (EndNote)和http://www.risinc.com/ (Reference Manager 9.5, ProCite 5.0)找到。




（5）圖譜解析
解析有機化合物的紅外、核磁及質譜有時是一件很是困難的工做，特別是複雜化合物的圖譜解析更是這樣。
核磁圖譜的解析能夠先利用ChemNMR, C13 Module for ChemWindow, gNMR等軟件對目標化合物的化學位移進行估算或做出模擬譜，用以協助對該化合物圖譜的指認。ChemNMR爲ChemDraw Ultra版本的一個插件，能夠用來估算大多數有機物的1H、13C化學位移及用線圖表示的相應圖譜，C13 Module for ChemWindow爲ChemWindow的一個插件，能夠用來估算大多數有機物的13C化學位移，gNMR則可用來估算任何NMR活性核的化學位移，並能畫出很是逼真的圖譜，該軟件包所帶的幾個工具(gSPG, gCVT)亦可用來處理一維核磁圖譜數據，並能與模擬譜進行比較，有關該程序的信息及演示版能夠查閱http://www.cherwell.com/， 二維核磁的解析能夠使用Sparky程序， 特別是對複雜2D NMR的解析很是有用。IR Mentor Pro，及IR SearchMaster爲專門用來輔助紅外圖譜解析的工具，它們能對給定的紅外圖譜數據自動分析與處理，或對給定的振動譜帶給出可能存在的功能團，有關的演示版能夠在ftp://ftp.softshell.com/pub/上下載。MassSpectra Simulator爲質譜模擬程序，其有關信息能夠查閱如下網址http://members.aol.com/gjlinker .此外， 在ChemWindow 6.0 Spectroscopy版本中也有豐富的質譜分析輔助工具。



（6）計算機輔助教學
利用計算機動畫、多媒體等功能協助學習一些比較抽象是一種很是有用的工具。這類的軟件市面上很是多，不勝枚舉。這裏只介紹兩個有關有機合成路線設計和有機化合物命名的工具。
CHAOS程序的出現比較早，是隨一本《Organic Chemistry in Action》書一塊兒上市的，這個短小精悍的程序能夠使用「逆序法」自動尋找目標物的合成原料，很是好用。
前面已經介紹了ChemDraw的ultra版本包括了有機物的IUPAC命名功能，那是由於其中包括了一個Beilstein公司的AutoNom 2.0命名軟件；實際上，今年該公司推出了AutoNom 4.0版，其功能更強大，除了給出IUPAC名稱外，還給出CAS名稱，更增長了對立體化學的支持。該軟件的演示版能夠在http://www.beilstein.com/站點下載。

（7）量子化學計算
量子化學對分子結構與性質的解釋與預測是任何其它工具所不能替代的。但對大部分的化學工做者來講，不可能、也沒有必要去弄清楚量子化學計算的每個細節，咱們關心的只是其結果。與分子結構和性質的計算有關的程序逐漸成爲化學研究中一個必不可少的工具：WinMOPAC爲著名的半經驗分子軌道(AM1, PM3, MINDO, MNDO/3等)計算程序MOPAC的商業版本，同共享版相比，界面更友好，方法更多。計算出的分子軌道及電荷密度等能夠用三維圖形表示出來。最新版本的2000。有關信息可查閱http://www.winmopac.com/站點。
PC Spartan爲WaveFunction公司的產品，分爲標準版、Plus版及Pro版，功能依次增長，其計算方法包括：MM2, AM1, AM1 with Solvent, PM3, 從頭計算等，亦可將分子軌道及電荷密度等用三維圖形表示。有關信息請查閱http://www.winmopac.com/站點; 此外，該公司還有一個Titan程序，在本文的後面有所介紹。
HyperChem等功能比PC Spartan更強，包括經常使用的幾乎全部分子力學及半經驗分子軌道方法及多種基集的從頭計算等，並能計算振動光譜、電子光譜、分子動態學等，所得結果能夠很是漂亮的三維圖形表示出來。其網站在http://www.hyper.com/, 能夠下載測試版。
Gamess爲一免費的從頭計算程序，其速度快，並提供源程序。但其界面爲DOS界面，必須用手工輸入分子結構及計算相關的命令，比較繁瑣。有關信息可查閱http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html。另外，有一個專門爲Gamess設計的用戶界面Visualize，使得結構與命令的輸入更簡單，計算的結果能夠三維圖形方式表現出來。該軟件亦爲免費程序，能夠在http://www.compbio.net/上下載。
Gaussian在量子化學界很是有名，支持經常使用半經驗方法、從頭計算法及密度泛函理論，其用戶界面不夠友好。但能夠在Chem3D加入CS Gaussian Client插件後簡化用戶的操做。其站點在http://www.gaussianinc.com/。
Jaguar爲Schrodinger公司給使用工做站(如SGI, HP, DEC)及LINUX操做系統的PC所設計的從頭計算及密度泛函計算程序，其速度特快，用戶界面通常。其站點爲http://www.schrodinger.com/。
Titan爲設計PC Spartan的WaveFunction公司與設計Jaguar的Schrodinger公司合做的結晶，該產品支持半經驗方法、從頭計算法及密度泛函計算，用戶界面友好。但功能相對較薄弱。
另外，由原Oxford Molecular Ltd開發，現被日本的Fujitsu公司收購的CAChe程序時專爲實驗化學家所設計，使用簡單的量子化學程序，功能強大。但價格相對較貴。

 

（8）其餘

一、化學實驗仿真軟件Model ChemLab 2.0
經常使用功能：繪製化學實驗儀器，還能夠給儀器添加水、標籤等。

二、化學結構式繪製軟件ChemDraw 5.0
說明：ChemDraw是ChemOffice的組件之一。
主要功能：繪製化學結構式。

三、化學結構式和反應式繪製軟件ISIS/Draw 2.4
主要功能：化學分子結構式和反應式繪製。

四、專業繪製化學結構式軟件ACD/ChemSketch 5.0
基本功能：繪製最基本的化學結構式，推算其宏觀特性、化學反應圖表、DNA雙螺旋、電子軌道，繪製化學反應實驗裝置、實驗室警告標誌、與化學相關內容的海報、投影。

五、數據分析、工程繪圖的軟件Microcal Origin 5.0
主要功能：數據分析、工程繪圖。

六、 化學軟件：
 計算化學類：Gaussian98,Spartan,ADF2000,ChemOffice
CoCoA、Singular、Macaulay等是處理交換代數和代數幾何問題的NCSS,LISREL8.2.MINITAB14, JMP5.0, STATA8.0
1.紅外光譜分析軟件OPUS
2.NMR分析軟件Mestrec
3.分子式軟件chemwin 能夠寫方程式chemoffice(能夠寫方程式，預測1H or 13C NMR 鋪圖)chemsketch((能夠寫方程式，預測1H or 13C NMR 鋪圖,3D等功能)
4.實驗過程，裝置軟件GlassyChemistry
5.XRD普圖數據庫 (sorry,應該概括到數據庫中，單方這裏也無妨)PDFWIN6。
一些輔助軟件chemcialelementschemical handbook7.其餘的如origin, word等就不說了。

 

 二、化學編程：

 

4、生物

 

1生物軟件

(1)三維分子類

RASMOL：觀看生物分子3D微觀立體結構
RasTop：爲RasMol 2.7.1的圖形用戶界面軟件
CHIME：直接在瀏覽器中觀看3D分子
MolMol：將pdb等格式的蛋白文件經過微調，存成普通的圖形文件
raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及漢化版本
CrystInfo：用來快速、容易地構建、觀察與檢查晶體3D結構
PDViewer：PDB格式文件的查看程序
Weblab Viewlite：三維分子瀏覽工具及大量分子文件例子
Weblab ViewerPro：三維分子瀏覽工具
ICMLite：三維分子瀏覽工具，有一些其餘軟件沒有的功能
VMD：三維分子瀏覽工具，能夠進行動態顯示
CN3D：3D分子結構觀察軟件
WPDB：PDB文件檢索顯示分析軟件
DTMM：三維分子模型顯示、編輯與構建程序
Mole：高性能的大分子三維圖形顯示計算工具
gopenmol：顯示並分析分子結構及其特性
POV-Rayv：生成三維圖像工具軟件
MolPOV：將PDB文件轉化爲POV格式文件的軟件
Mol2Mol：分子文件格式轉換軟件
PovChem：將PDB文件轉化爲POV格式的文件
Ortep-3 for Windows：生成分子的熱橢圓形點圖
PLATON：通用結晶學軟件工具
Mage：讀取並演示Kinemage格式文件的專用軟件
Prekin ：將PDB格式文件轉換爲Kinemage格式文件
Swiss-Pdb Viewer：PDB文件顯示與分析軟件
DINAMO：蛋白序列排隊比較編輯與三維模型構建工具
PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免費軟件
StrukEd ：化學分子編輯與三維模型生成軟件
JMVC：使用JAVA技術編寫的三維分子查看器
ReView：讀取及分析XYZ格式三維分子文件
Oscail：用來處理、定義與檢查小分子單晶的軟件包
Moilin：分子構建與觀察軟件
Tinker：與Moilin配套的DOS下的分子設計建模
Biodesigner：免費的分子建模與顯示軟件
MoluCAD：全功能的分子建模與顯示工具軟件
Viewer Activex Control：三維分子顯示控件
MarvinView：JAVA語言編寫的化學分子二維與三維顯示程序
ACD/3D Viewer for ISIS：免費的ISISDraw三維顯示插件
Amira：高等三維顯示建模系統
AmiraMol：Amira 2.3 相應的顯示三維分子的加強工具
Visualize：分子建模和研究軟件包
ScientificGL：C++OpenGLAPI三維分子開發工具
Sojourner：找出小蛋白的最小能量構形並實時演示的軟件

(2).DNA分析

DNAClub：DNA處理軟件
JaMBW：分子生物學軟件包
DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包
pDRAW：DNA分析與繪圖軟件，可繪製線性或環形DNA圖
ANNHYB：用來幫助進行PCR引物設計與基因探針設計的軟件
RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具
ABIView：ABI格式文件顯示與編輯軟件
Chromas：ABI格式文件顯示與編輯軟件
Sequence viewer：獲取與觀察從GSDB獲取的DNA序列數據及其關聯特性的工具
DNAssist：DNA序列分析工具
DNAProbe：核苷酸序列設計工具
DnaSP：DNA序列種羣遺傳學分析軟件
DFW：DNA分析軟件
Artemis R4：以Java語言寫成的序列查看工具 ’
ACT R1：以Java語言寫成的序列比較查看器
GDA：主要用來進行不連續基因數據的統計分析
RDP：從一組排隊比較(Align)的核酸序列中查找潛在的重組體軟件
Sequencher：裝配DNA小片斷爲大的連續序列或毗連(序列)羣"Contig"軟件
MehCalc：自動計算DNA序列熱力學數據的Excel電子表格宏軟件
基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析軟件
ConsInspector：DNA蛋白結合位點預測識別軟件
MatInd與Matlnspector：快速匹配DNA序列與已知共有序列的軟件工具
GBuilder：JAVA語言編制的用來分析與顯示DNA序列的軟件
GenomePixelizer：幫助理解基因組中的簇基因(C1ustermggene)之間的相互關係的軟件
LabBook Genomic XML Viewer：圖形化顯示並處理GenBank序列數據的免費軟件
Gene Construetion Kit 2 ：管理並顯示克隆策略中的分子構建過程軟件
Genalysis：比較基因組或大量基因序列的工具軟件

(3).RNA分析

RNAdraw：RNA二級結構分析軟件
RNAstructure：預測RNA 級結構圖
RnaViz：RNA二級結構圖繪製程序

(4).蛋白質分析

ANTHEPROT：蛋白序列分析軟件包
pSAAM：蛋白序列分析軟件包
VHMPT：螺旋狀膜蛋白拓撲結構觀察與編輯軟件
aminoXpress：免費的多功能蛋白分析軟件包

(5).生化教學

mmp.zip：將生化代謝中的各類途徑用圖表的形式表示出來
linpath.zip：線性酶反應模擬軟件
protlab：蛋白質純化仿真軟件
MOLMED.ZIP：生化基礎概念演示教學程序
Biochem：生化教學文件
photo：光合做用教學程序
Adrenalin：腎上腺素在肝糖原代謝中的做用演示
Virtual Cell Lab：多媒體細胞生物學教學程序

(6).生化工程

brd.zip：生物反應器(發酵罐)設計軟件
BioStat：BioStatB發酵罐控制程序
PenSimv：青黴素發酵模擬軟件

BioProSim：發酵實時模擬軟件

 

(7).序列格式轉換

vised：序列輸入分析和格式轉換軟件
ForCon：多序列文件格式轉換軟件
SeqVerter：序列格式轉換軟件
GeneStudio LE Version：序列格式顯示、編輯與轉換工具軟件
FASTA/BLAST SCAN：FASTA與BLAST查詢輸出文件的處理軟件
RevComp：序列格式轉換軟件

(8).引物分析

primer Premier 5.0：引物設計工具
Oligo：引物分析著名軟件
Primer Designer：專門用 pASK-IBA～pPR-IBA表達載體免費的引物設計輔助軟件
Array Designer：批量設計DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer：PCR定量分析分子信標(Molecularbeacon)設計軟件
NetPrimer：基於WEB界面的引物設計程序

(9).序列綜合分析
pcgene：分子生物應用軟件
MACAW：多序列構建與分析軟件
Clustal W：用來對核酸與蛋白序列進行多序列比較的軟件
Clustal X：ClustalWWindows界面程序
FASTA：數據庫中查找同源序列軟件
GeneDoc：對序列進行相關分析等操做
BLAST與Blastcl3：數據庫中查找相似序列的軟件及客戶端軟件
SeqPup 0.9：生物分子序列編輯與分析軟件
K-Estimator 5.5：進化基因學研究軟件，評估兩條核酸序列核苷酸替代數
BioEdit：序列編輯器與分析工具軟件
DAMBE：綜合性序列工具軟件
LaserGene：綜合性序列工具軟件
SeaView：圖形化多序列隊列編輯器
Jalview：用Java語言寫的多序列隊列編輯器
DNASIS：序列綜合分析工具
Genamics Expression：是一個DNA與蛋白序列分析工具
Vector NTIViewer：載體查看軟件
Jellyfish：多功能序列分析軟件
ProSeq：核酸序列編輯與種羣遺傳學分析軟件
Gap4 database viewer：Gap4基因裝配數據庫讀取顯示軟件
SMS：DNA與蛋白序列分析與格式化在線工具集合
Omiga：核酸與蛋白序列綜合性分析軟件
Staden：綜合序列分析工具軟件包
Vector NTISuite：綜合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java腳本語言寫成的BLAST服務器客戶端程序
ISYS：NCGR開發的用JAVA語言寫成的數個不一樣類生物信息軟件與數據庫的軟件集合平臺
DNA Scriptor：DNA與蛋白序列綜合分析軟件
Sequence Quickie-Calc：很是緊湊的分子生物學工具軟件
PhyloGrapher：用來顯示與研究相相似的基因與蛋白序列之間的進化關係的軟件

(10).進化樹分析
phylip：進化樹分析軟件，並可繪製進化樹
TreeView：進化樹處理軟件
GeneTree：比較基因與種系進化樹的程序
NDE：用來編輯NEXUS格式文件的程序
TreeMap：用來可視化地比較主、從進化樹的程序
Spectrum：分析進化信息而不用將之轉化爲進化樹的軟件
Phyltools：計算與處理進化樹數據的軟件
tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列類似性分析及進化樹構建工具
ATV：JAVA語言編寫的顯示"New Hampshire"與NHX格式的進化樹文件軟件
TREECON：構建和繪製進化樹的軟件包
ProBiosys比較表現型分類法數據和分析計算核酸序列數據距離值的軟件

(11).質粒繪圖

Plasmid Processor：繪製質粒圖軟件
Plasmid ProcessorPro：繪製質粒圖軟件，與Plasmid Processor是同一個做者
WinPlas：質粒繪圖軟件商業版
DMUP：環狀質粒繪圖軟件測試版
Plasmid Toolkit：質粒繪製軟件
pDRAW：DNA分析與繪圖軟件，可繪製線性或環形DNA圖
Redasoft Visual Cloning：是有名的繪製質粒圖Redasoft Plasmid 1.1軟件的升級版
SimVector：質粒圖繪製軟件

(12).圖像處理

Image Tool：科學用途的處理圖像軟件
Image J：用Java語言寫成的科學用途的處理圖像軟件
Cross Checker：基因指紋圖分析軟件
ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)圖像格式轉換軟件
Band Leader：凝膠圖像處理軟件
Scion lmage：圖像處理與分析工具
OSIRIS：通用醫學圖像處理與分析軟件
Melanie 3 Viewer：免費Melanie圖像查看器
Smart Draw：流程圖繪製軟件演示版
GIMPWin：圖像處理自由軟件
ChromoZoom：比較兩個圖像的相同與不一樣之處軟件
bandscan：蛋白凝膠電泳圖像分析軟件
SigmaScanPro：圖像分析軟件30天全功能演示版
SigmaGel：凝膠圖像分析軟件
TotalLab：圖像分析軟件
Lablmage：凝膠圖像分析軟件
GelDiff：定量比較兩個2D凝膠圖像的不一樣之處的JAVA軟件
Timediff：分析蛋白/基因表達圖譜時間序列的JAVA軟件
QuantiScan：使用簡單功能專注的凝膠掃描、分析軟件
PDQuest：分析2維凝膠並生成數據庫的標準軟件

(13).數據處理

CurveExpert：用於ELISA標準曲線擬合的軟件
Cliekh Graph：實驗數據做圖軟件
Statistica：專業統計軟件
GraphPad PRISM：著名的數據處理軟件
NoSA：中文非典型數據統計分析系統
CrossGraphs：多變量數據庫圖形顯示軟件
SigmaPlot：繪圖和數據分析軟件包30天全功能評估版
SYSTAT：數據統計分析與做圖的利器30天全功能演示版
SigmaStat：智能統計軟件30天全功能演示版
PeakFit：自動分離、擬合與分析非線性數據軟件
TableCurve：自動兩維曲線擬合與經驗公式查找軟件
TableCurve ：自動三維曲面擬合與經驗公式查找軟件
SPSS：很是權威且有名的數據統計處理軟件30天全功能演示版
Origin：易於使用的科學用途數據繪圖與數據分析處理工具軟件
DATb：進行生物曲線擬合與數據分析的免費軟件
數據做圖助手：對實驗結果進行數據分析和做圖的專業軟件
(14).檢索與閱讀
PatentIn：用於將序列專利提交給美國國家專利與商標局的輔助軟件
Checker：用於將序列專利提交給美國國家專利與商標局的輔助軟件
ica32t.exe：中國生物學文獻數據庫檢索客戶端軟件
PathDB檢索程序：(代謝途徑數據庫)檢索程序
PubCrawler：Medline文獻庫與GenBank核酸序列庫檢索軟件
NetRoseBrowser：PDG格式瀏覽器
Book Express：專門用於超星數字圖書下載的工具軟件
EndNote：專業參考文獻查詢軟件
Reference Manager：專業參考文獻查詢軟件
Procite：參考資料檢索管理軟件
Sequin：數據庫GenBank，EMBL，DDBJ查詢軟件
MiniViewer：數圖閱覽器
Compresslt：JBG(NLC)」JPG轉換功能軟件
Refs：參考文獻管理軟件
Scholars Aid：文獻參考資料等平常資料的整理軟件
paperworks：免費的參考文獻管理軟件
KD：知識倉庫建庫管理系統

(15).基因芯片
AMADA：用來組織、研究、顯示、分析微數組(Microarray)數據軟件
ScanAlyze：進行微矩陣熒光圖像分析軟件
Cluster：對大量微矩陣數據組進行分析處理的軟件
TreeView：用圖形來顯示Cluster軟件分析的結果軟件
AMAD：微數組數據庫
ArrayMakerv：Stanford大學Brown實驗室提供的基因芯片研究全套設備相配套的軟件與文檔
J-Express：分析微矩陣(Microarray)實驗得到的基因表達數據的軟件

(16).其餘功能軟件

digitizer：圖形數字化軟件，能夠將曲線圖轉化爲數據與等式
Graph Paper：座標紙打印軟件
DynaFit：酶動力學數據或配體—受體結合數據處理軟件
Migrate：從遺傳學角度，估算人口移民率程序
arlequin：人口遺傳學軟件
正交設計助手：正交實驗設計輔助工具軟件
FBAT：家族遺傳相聯檢驗的統計程序
GGT32：圖形化基因型表示軟件
CERVUS：使用共顯性標記數據推斷親緣關係的軟件
Jarnac：代謝過程模擬軟件包
Gepasi：化學與生物化學反應動力學仿真與優化軟件
BCT：微生物趨向性模擬程序
StochSim：隨機生物化學反應模擬軟件
Bio_MW：生物化學分子量計算軟件
MatchCode：將蛋白和核酸序列進行簡單匹配和格式化輸出的中文軟件
Map Manager：回交、雜交與重組自交系分析遺傳做圖實驗結果的軟件
MolEco：以遺傳學方法評估雜亂交配頻率的軟件
Canvas：繪圖軟件
免疫室管理系統：中文免疫室綜合軟件
Cyrillic：家譜繪圖軟件
Frozen Cell Stock Monitor：用來管理儲存在液氮容器中的生物樣品(例如細胞系、血清等等)的程序
MICE：虛擬動物飼養設施，用來幫助管理飼養設施中的實驗動物軟件
DBsolve：代謝及酶—受體結合模擬軟件
boxit：管理生物樣品的數據庫系統
GRR：檢測系譜偏差(pedigreeerrors)的應用軟件
健康藥霸：藥典類的軟件
AceDB：基因組數據庫軟件
MAPL9八、DIAL98與GEST98：El本學者編制的幾個統計基因學(StatisticalGenetics)軟件
PED：系譜(Pedigree)繪製軟件
PEDRAW：系譜(Pedigree)繪製軟件
quantiRT：內置宏程序，用來輔助定量RT-PCR實驗的Excel文件
BateView：管理與追蹤小型的實驗鼠生殖羣體的Excel文件
MassXpert：幫助科學家預測與分析從蛋白組學研究中得到的蛋白質質譜數據的軟件
MestRe-C與MestRe-CnD：分析、顯示與仿真1D與2D磁共振圖譜的軟件
ACD/SpecViewer：免費光譜數據顯示軟件
ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用來顯示ACD/NMR Predictors預測的所繪化學結構式
Viewer：磁共振圖譜文件的免費軟件
WinMDIver：分析流式細胞儀數據文件的免費軟件
TestDNA：根據已知成分值生成細胞週期FCS文件的免費工具軟件
Cylchred：細胞週期分析(CELLCYCLEANALYSIS)軟件
gX-Path Vision：生成、編輯與顯示生物代謝途徑的工具軟件
生物五筆：生物醫學專業輸入法

(17).化學繪圖
ACD/CHEMSKETCH：繪製分子結構的免費軟件及其漢化版
ACD/ChemSketch及ChemBasic：繪製分子結構的免費軟件5.0版本及其漢化版
Chemfont：化學符號與TureType字體，能夠在Word中直接插入文章中
clip.zip：化學圖片集，含有近400幅與化學有關的GIF圖片
ISIS DRAW：繪製化學結構式的免費軟件
AutoNom：ISIS／Draw軟件的插件(自動生成符合IUPAC命名規則的化合物名稱)
ChemWindows：繪製化學結構式的免費軟件
MarvinSketch：JAVA語言編寫的小巧好用的化學結構式繪製程序
ACD/Structure Drawing Applet：繪製化學結構式免費JAVA小程序
ChemPen：繪製化學結構式軟件
ChemPen+：繪製化學結構式軟件
ChemPen：繪製化學結構式軟件

(18).化學應用
mmcalc.exe：分子量計算器
hxfc.zip：化學方程式配平軟件
cmcalc10.exe：化學試劑製備計算器
alkne.exe：有機化學命名練習程序
chembl32.zip：Windows95下的免費化學方程式配平程序
periodic.zip：小巧的元素週期表
ptab32.zip：高級元素週期表
CAF：計算機輔助配方軟件
CFT：化學式教師
元素屋：查詢112種元素的各個信息的中文軟件
化學反應方程式編輯器：製做化學反應方程式、離子方程式、分子式、離子式等
CRS：化學反應方程式配平器
Model ChemLabv：化學實驗教育軟件及其漢化版
periodic.exe：免費的元素週期表
化學品電子手冊：一個綜合性的化學品手冊

19.在線綜合工具
Biology Workbench：基於WEB的生物學綜合工具
sewer：網上經常使用在線工具集合，本地版

20.在線蛋白工具
BCM Search Launcher：蛋白序列二級結構預測綜合站點
DAS：蛋白跨膜預測服務器、輸入蛋白序列，預測跨膜區域
TopPred：蛋白預測服務器提供的膜蛋白拓撲學預測在線工具

SOSUI：膜蛋白分類和二級結構預測在線工具

PSIpred-MEMSAT：進行二級結構預測與跨膜拓樸結構預測

HMMTOP：預測蛋白序列的跨膜螺旋與拓撲結構服務器

SMART：提供蛋白序列，在結構域數據庫中查詢/顯示出其結構域及跨膜區等

TMpred：預測蛋白序列跨膜區

TMHMM：預測蛋白的跨膜螺旋

The PredictProtein server：提供蛋白數據庫查詢，預測蛋白各類結構的服務

SPLIT：膜蛋白二級結構預測服務器

PRED-TMR：提供基於SwissProt數據庫統計分析的預測蛋白跨膜片斷的服務

CoPreThi：基於INTERNET的JAVA程序，預測蛋白的跨膜區

TMAP：提供預測蛋白跨膜片斷的服務

21.RNA analysis

Pattern Search and Discovery：巴斯德研究所提供的經常使用RNA在線分析工具

DNA sequence analysis：巴斯德研究所提供的經常使用特徵序列查詢工具

Search Genes and Coding Regions：巴斯德研究所提供的經常使用DNA在線分析工具

Oligonucleotide Calculator：巴斯德研究所提供的基因與編碼區查找工具

解鏈溫度計算器：JAVA語言寫的寡核苷酸計算器，給出核酸序列，計算GC百分比、解鏈溫度、長度、分子量。能夠下載後使用，當小計算器

BCMgene-finder：核酸序列查找服務器，提交核酸序列，選擇相應的數據庫，進行序列查找

22.在線引物設計

The Primer Generator：在線引物設計程序

Prime3：比較有名的在線引物設計程序

Sequin：數據庫GenBank，EMBL，DDBJ查詢軟件

MiniViewer：數圖閱覽器

Compresslt：JBG(NLC)」JPG轉換功能軟件

Refs：參考文獻管理軟件

Scholars Aid：文獻參考資料等平常資料的整理軟件

paperworks：免費的參考文獻管理軟件

KD：知識倉庫建庫管理系統

15.基因芯片

AMADA：用來組織、研究、顯示、分析微數組(Microarray)數據軟件

ScanAlyze：進行微矩陣熒光圖像分析軟件

Cluster：對大量微矩陣數據組進行分析處理的軟件

TreeView：用圖形來顯示Cluster軟件分析的結果軟件

AMAD：微數組數據庫

ArrayMakerv：Stanford大學Brown實驗室提供的基因芯片研究全套設備相配套的軟件與文檔

J-Express：分析微矩陣(Mic 
1、基因芯片：
一、基因芯片綜合分析軟件。
ArrayVision 7.0 醫學教育網
一種功能強大的商業版基因芯片分析軟件，不只能夠進行圖像分析，還能夠進行數據處理，方便protocol的管理功能強大，商業版正式版：6900美圓。
Arraypro 4.0
Media Cybernetics公司的產品，該公司的gelpro, imagepro一直以精確成爲同類產品中的佼佼者，相信arraypro也不會差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片綜合分析軟件 資料來源 :醫 學 教 育網 。
J-express
挪威Bergen大學編寫，是一個用JAVA語言寫的應用程序，界面清晰漂亮，用來分析微矩陣（microarray）實驗得到的基因表達數據，須要下載安裝JAVA運行環境JRE1.2後(5.1M)後，才能運行。 醫學教育網
二、 基因芯片閱讀圖像分析軟件
ScanAlyze 2.44
，斯坦福的基因芯片基因芯片閱讀軟件，進行微矩陣熒光圖像分析，包括半自動定義格柵與像素點分析。輸出爲分隔的文本格式，可很容易地轉化爲任何數據庫。
三、 基因芯片數據分析軟件 資料來源 :醫 學 教 育網
Cluster
斯坦福的對大量微矩陣數據組進行各類簇（Cluster)分析與其它各類處理的軟件。
SAM
Significance Analysis of Microarrays 的縮寫，微矩陣顯著性分析軟件，EXCEL軟件的插件，由Stanford大學編制。
4．基因芯片聚類圖形顯示
TreeView 1.5
斯坦福開發的用來顯示Cluster軟件分析的圖形化結果。現已和Cluster成爲了基因芯片處理的標準軟件。
FreeView
是基於JAVA語言的系統樹生成軟件，接收Cluster生成的數據，比Treeview加強了某些功能。
5．基因芯片引物設計
Array Designer 2.00
DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設計DNA和寡核苷酸引物工具

2、RNA二級結構。
RNA Structure 3.5
RNA Sturcture 根據最小自由能原理，將Zuker的根據RNA一級序列預測RNA二級結構的算法在軟件上實現。預測所用的熱力學數據是最近由Turner實驗室得到。提供了一些模塊以擴展Zuker算法的能力，使之爲一個界面友好的RNA摺疊程序。容許你同時打開多個數據處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導入文件、關閉文件、設置程序參數、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。RNAdraw中一個很是很是重要的特徵是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口能夠使用的功能列表。RNA文庫（RNA Library）用一種容易操做的方式來組織你全部的RNA數據文件。
基本配置：Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆內存。
RNAdraw
是一個進行RNA二級結構計算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multipledocument interface) 軟件，容許你同時打開多個數據處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導入文件、關閉文件、設置程序參數、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個很是很是重要的特徵是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口能夠使用的功能列表。3. RNA文庫（RNA Library）用一種容易操做的方式來組織你全部的RNA數據文件。
loopDloop 2.07b
Java語言寫成的繪製RNA二級結構的軟件，須要安裝JAVA虛擬機。
Circles 0.1.0
  Java語言寫成的繪製RNA二級結構的軟件，須要安裝JAVA虛擬機。
3、序列綜合分析
Vector NTI Suite 8.0
不喜歡裝備各類專業性強的軟件，而但願用一個綜合性的軟件代替的同志能夠選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。該軟件具體特有良好的數據庫管理（增長、修改、查找），對要操做的數據放在一個界面相同的數據庫中統一管理。軟件中的大部分分析能夠經過在數據庫中進行選定（數據）->分析->結果（顯示、保存和入庫）三步完成。在分析主界面，軟件能夠對核酸蛋白分子進行限制酶分析、結構域查找等多種分析和操做，生成重組分子策略和實驗方法，進行限制酶片斷的虛擬電泳，新建輸入各類格式的分子數據、加以註釋，輸出高質量的圖像。Vector NTI Suite還有如下獨立的分析程序，完成相關分析。這些獨立的程序，能夠經過選定->分析->結果三步調用。
l 3DMol－顯示PDB格式分子的三維結構
l Align X－序列類似性比較
l Align Xblocks－序列局部徹底相同比較
l ContigExpress－將小片斷拼裝成長序列
l GCGConverter－GCG格式文件轉換成NTI的格式
l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank
l Back Translation－核酸->蛋白->核酸反向翻譯的工具
l Matrix Editor－矩陣數據編輯
l Tools Manager－鏈接其餘程序和網絡鏈接的界面。分紅Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。

DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七個模塊組成，該軟件的MegAlign模塊，能夠對多達64000的片斷進行拼裝。整個拼裝過程即時顯示，並提示可能的完成時間。拼裝結果採用序列、策略等方式顯示。DNAstar是哈佛大學醫學院是使用的序列分析軟件，可見其功能強大。
Omiga 2.0實際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；並且界面很是友好。Omiga做爲強大的蛋白質、核酸分析軟件，它還兼有引物設計的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進行同源序列比較，發現同源區。實現了核酸序列與其互補鏈之間的轉化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉化爲RNA鏈，以不一樣的讀碼框、遺傳密碼標準翻譯成蛋白質序列。查找核酸限制性酶切位點、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設計並評估PCR、測序引物。查找蛋白質解蛋白位點（Proteolytic Sites）、基元、二級結構等。查尋結果能夠以圖譜及表格的顯示，表格設有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶能夠向限制性內切酶、蛋白質或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數據庫中添加或移去某些信息。每一數據庫中都設有多種查尋參數，可供選擇使用。用戶也能夠添加、編輯或自定義某些查尋參數。可從MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等數據庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個頗有特點的相似於核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進行有關的多肽酶處理後產生多肽片斷。
DS gene : Omiga 2.0的換代產品，accelrys公司Discovery studio系列，accelrys公司的insight II,GCG是業內蛋白分析和核酸分析的權威軟件，DS gene 是GCG的我的機簡版，功能強大，並且能夠直接與GCG服務器相連。因爲受到vector NTI的界面影響，DS gene 與Omiga 2.0相比界面有了很大的改變。
DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個功能強大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學軟件的經常使用功能，可進行DNA，RNA，蛋白質序列的編輯和分析，甚至還能進行質粒做圖、數據庫查詢等功能，足可知足通常實驗室的要求。在DOS時代，DNASIS 7等版本即是流傳甚廣並曾給過許多人以幫助的分子生物學軟件，所以咱們有理由期待Win版的DNASIS 會帶給咱們驚喜。
DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新換代產品。綜合序列分析軟件，體積比上一個版本一下膨脹了許多。界面風格也改變了不少。
DNATools 5.1 與Omiga, DNAsis, PCgene等軟件屬於同一類的綜合性軟件,操做簡單功能多。DNATools設計的用戶友好、強壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數據庫查詢得到的序列相關信息。DNATools包容性很好，能把幾乎全部文本文件打開做爲序列。當程序不能辨別序列的格式時（經過尋找經常使用序列格式的特徵），會顯示這個文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質或DNA序列，編輯後能夠再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加註解的載入序列，程序模式調整成能夠接受載入的數據類型（蛋白質、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個項目中能夠加入幾千個序列或引物，並在整個項目中分析這些序列及標題。這個程序的一個特色是給每一個序列或引物添加文本標題。這樣就能夠用自定義的標題識別序列，而沒必要經過它們的文件名。
Bioedit一個具備序列簡單分析和序列對比功能的軟件。該軟件有一個簡單親切的界面，集成其餘已經頗有效果的序列比對軟件。另外該軟件還有不少有用的相關站點鏈接。雖然該軟件看起來結構簡單，但卻又很強的可充性，能夠自由整合許多軟件，例如viewtree.
Jellyfish 2.1 只水母不簡單，能夠用來進行DNA翻譯，序列排隊比較，限制酶消化，提交序列進行BLAST，研究項目管理等。操做十分簡單，只需拖動與點擊即可。
Genetools Genebio公司的核酸序列分析軟件，雖然不及vect NTI 和DS gene 強大，它具備repeat /vect find 使其餘分析軟件所不具備的，值得一提的是該軟件具備的CpG island分析。
DNAMAN 限制酶分析，引物設計，對排（aligment）,翻譯，數據庫操做，Blast，序列裝配（Sequence assembly）.易學易用，操做方便。

4、限制酶切位點分析：
DNAssist2.0
大多軟件只對線性序列進行分析，那麼cNNNNN…NNNgaatt環狀的序列就找不到EcoR I的位點。DNAssist 1.0能很容易把這個EcoR I位點找出來。另外DNAssist在輸出上很是完美，除了圖形、線性顯示外，還有相似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按鹼基順序排列）。

5、質粒繪圖：
Gene Construction Kit 2.0
這一個很是好的質粒構建軟件包。與大多數分析的軟件不一樣，它製做並顯示克隆策略中的分子構建過程；包括質粒構建，模擬電泳條帶；固然還能夠質粒做圖（有無序列都可）。經過它繪出來的圖還能夠繼續用來構建克隆策略圖譜。只是該軟件因爲功能太強，使用起來也不簡單；幸好它附有詳細的使用幫助，認真研究後，應該沒有問題。
Winplas 2.6
該軟件用來繪製發表質量的質粒圖，可普遍應用與論文、教材的質粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結構均能繪製質粒圖；2. 可讀入各類流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動識別限制位點 可構建序列結構，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強大，功能包括：位點標籤說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環形序列繪製、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報告輸出與序列輸入報告功能。
Plasmid Premier2.02
是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用於質粒做圖的專業軟件，主要用於進行質粒做圖，質粒特徵分析和質粒設計。其主要界面分爲序列編輯窗口（Genetank），質粒做圖窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。打開程序就可進入序列編輯窗口，能夠直接打開Genbank或Vector數據庫中已知質粒的序列文件，將序列讀入，並將有關於質粒的各類特徵，包括編碼區，啓動子，多克隆位點以及參考文獻等信息保存在Header中；也能夠直接輸入序列進行未知質粒的設計。
Redasoft Visual Cloning 2000
用來幫助生命科學家快速而輕鬆地繪製專業級質量的質粒載體圖， 主要的性能包括：快速和輕鬆地生成一個清晰，色彩鮮明的環行或線性的載體圖。自動識別和解析序列文件。新增的web瀏覽功能容許你連接到數據庫站點，並支持下載和自動將序列文件轉換成載體圖。強大的限制性內切酶分析功能和擁有將近1000種來自REBASE的限制性內切酶。片斷的刪除和插入徹底模擬克隆實驗並和其餘圖形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的編輯環境使得你的打印結果和你在屏幕上看到的保持一致。自動標記各類區段的鹼基位置以免重疊。可選擇的圖形比例尺使幾個構造圖間很容易比較。容許質粒圖拷貝到剪貼板並粘貼到其餘Windows應用程序。能夠用e-mail的方式傳遞載體圖。
SimVector
質粒圖繪製軟件，繪製發表質量的質粒圖與序列、載體圖。
Clone Manager
  小巧的研究人員平常使用的輔助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重組、質粒做圖等。

6、引物分析：
Primer Premier 5.0
顧名思義，該軟件就是用來進行引物設計的。能夠簡單地經過手動拖動鼠標以擴增出相應片斷所需的引物，而在手動的任什麼時候候，下面顯示各類參數的改變和可能的二聚體、異二聚體、髮夾結構等。也能夠給定條件，讓軟件自動搜索引物，並將引物分析結果顯示出來。並且進行這些操做很是簡單
Oligo 6.57
引物分析著名軟件，主要應用於核酸序列引物分析設計軟件，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預測序列二級結構。
Primer D'Signer 1.1
免費的引物設計輔助軟件，專門用於pASK-IBA和pPR-IBA表達載體，簡化引物設計工做。
Array Designer 2.00
DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設計DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer
1.01 PCR定量分析分子信標(Molecular beacon )設計軟件
NetPrimer
於WEB界面的引物設計程序，1.8M，包括JAVA程序和幫助文件，解壓後，可在本地直接使用，不須再連到原始網站使用。

7、蛋白二級結構分析
ANTHEPROT 4.5
是位於法國的蛋白質生物與化學研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發出的蛋白質研究軟件包。軟件包包括了蛋白質研究領域所包括的大多數內容，功能很是強大。應用此軟件包，使用我的電腦，便能進行各類蛋白序列分析與特性預測。更重要的是該軟件可以提供蛋白序列的一些二級結構信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結構。
Peptool,
與genetool同出一家，能夠進行氨基酸序列的二級結構預測，motif的尋找，酶切片段的分析，以及轉錄後的甲基化分析。是爲數很少的蛋白分析軟件。
VHMPT
（Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋狀膜蛋白拓撲結構觀察與編輯軟件，能夠自動生成帶有跨膜螺旋的蛋白的示意性2維拓撲結構，並可對拓撲結構進行交互編輯。由臺灣生物醫學科學研究所的黃明經博士編制。安裝Tcl 8.0 (2.6M)方可運行。
MACAW
序列構建與分析工做臺軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個用來構建與分析多序列片斷的交互式軟件。MACAW具備幾個特色：
1. 新的搜索算法查尋相似區，消除了先前技術的許多限制。
2. 應用一個最近發展的數學原理計算block相似性的統計學顯著性。
3. 使用各類視圖工具，能夠評估一個候選block包含在一個多序列中的可能性。
4． 能夠很容易地編輯每個block。

8、凝膠分析軟件：
BandScan 4.30
通用的電泳膠條帶定量分析軟件，手動、自動找到條帶，手動的條帶能夠是無規則的，能夠清除背景。進行分子量、百分比、質量、波峯等方面的定量分析。直接使用掃描儀。將數據輸出到excel文件。
band leader 3.0
小巧的凝膠圖像分析軟件。
TotalLab 2.0
是一個全智能化的凝膠分析軟件，對DNA、蛋白凝膠電泳圖像、arrays, dot blots與colonies等圖像能夠進行很方便的處理。功能齊全，很容易上手。
Quantityone ：
bio-rad公司的1d凝膠分析軟件，但可配套各類產品，界面華麗，可以生成報告，具備大公司的風範。
QuantiScan 2.1
功能單一的1D凝膠分析軟件，但經評測可以及其準確的測量出各個條帶的分子量。
Gel-Pro Analyzer
Media Cybernetics公司的產品，一貫以提供專業級的分析軟件而著稱。
SigmaGel 1.0
SPSS公司凝膠分析產品。
Melanie 3 Viewer
Swiss Institute of Bioinformatics (SI用來查看使用Melanie3軟件得到的凝膠圖片與相關數據，也包括一些有限的凝膠數據分析功能。
PDQuest 6.2.1
bio-rad公司一個分析2維凝膠並生成數據庫的標準軟件。使用它，能夠同時分析100個凝膠圖像，生成包含1000個凝膠圖像的數據庫。

9、三維結構顯示
RasMol 2.7
是計算化學與分子圖形學以及信息產業的同步高速發展的成果，使一個普通的科研工做人員，在本身的我的電腦上，就能夠從Internet上的各類免費數據庫中，下載所需觀察與研究的分子座標文件，進而經過RasMol 2.7以各類模式、各類角度，甚至按照本身的意願旋轉着，觀察此分子神祕的微觀三維立體結構，進而瞭解化合物分子結構和各類微觀性質與宏觀性質之間的定量關係。RasMol 2.7的做者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大製藥公司）研發中心的科學家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特色是界面簡單，基本操做簡單，運行很是迅速，對機器的要求較低，對小的有機分子與大分子，如蛋白質、DNA或RNA, 均能適用，且顯示模式很是豐富。並且它程序短小，功能強大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口能夠很簡單經過選擇相應的菜單來顯示分子的三維結構。用命令行窗口，經過輸入命令能夠執行和顯示覆雜和要求極高的三維圖形。
CHIME 2.6
IE與NetScape瀏覽器插件,安裝後,能夠直接用瀏覽器觀看PDB格式的文件,直接在瀏覽器中觀看3D分子。
ICMLite
維分子瀏覽工具，是MolSoft公司出品的軟件ICM的簡化版,免費推出， 但功能十分強大。可讀取PDB格式及其餘數種格式的分子文件,易於操做,顯示的分子圖像我認爲優於RasMol,值得一試。還能夠進行一些計算操做。
POV-Ray 3.5
是一個高質量、徹底免費創造最棒三維圖像的很是有名的工具，用在分子生物學上，即是用它生成高質量的三維大分子圖像。見過Science封面上漂亮極的分子圖像嗎？即是用它與如下軟件結合製做出來的。運算POV格式文件，生成三維圖形，很是棒。該軟件至關於一種語言，修改pov格式文件，能夠定義光源、攝像機、材質、陰影等因素，把生物分子的表面用材質填充，根據光源、攝像機獲得分子三維圖的一個角度的圖。分辨率最大可達1280*1024。圖象質量精美。
DS viewer pro 5.0
Accerlys公司Discovery studio系列中的一員。
3D-mol viewer,
帶動windows系統下生物軟件革新的vector NTIsuite中的一員。
Cn3D
是由NCBI開發的用於觀看蛋白質三維結構的軟件，其設計的主要目的是爲NCBI在其站點中的蛋白質結構數據庫MMDB提供專業的結構觀察軟件，其主要的操做界面分爲兩個窗口，如右圖所示，一個爲結構窗口，另外一個爲序列窗口。與其餘的相似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結構觀察方面主要功能上基本類似，可是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網絡鏈接上，該軟件能依託NCBI所創建的所創建的MMDB結構數據庫，能直接根據輸入的序列號從數據庫中利用其內嵌的Entrez搜索引擎調出蛋白結構來進行觀察，比其餘軟件要簡便。而Cn3D主要的特色是可以將兩個蛋白放在一塊兒直觀地進行三維結構上的比較，以下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結構經過VAST對準獲得的結構比較圖：一樣，Cn3D在結構比較方面也能利用其內嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數據庫找到具備局部類似性的結構數據，並在三維結構圖中顯示出兩者具備類似性的結構區域。
Spdbv 即Swiss-PdbViewer，
是一個界面很是友好的應用程序，使用起來比RASMOL方便，用來同時分析幾個蛋白PDB文件。能夠將幾個蛋白疊加起來用來分析結構相似性，比較活性位點或其它有關位點。經過菜單操做與直觀的圖形，能夠很容易得到氫鍵、角度、原子距離、氨基酸突變等數據。該軟件與Swiss-Model服務器（蛋白立體結構構建服務器）緊密關聯，能夠從軟件直接連到Swiss-Model服務器進行理論蛋白立體結構構建。並且，該軟件能夠調用POV-Ray軟件（見上）生成質量很是高的蛋白圖像。
Molmol 主要用來進行各類分子文件的轉換，支持30種主要分子格式，也能夠用來進行3維分子的簡單顯示。可將PDB格式輸出爲POV格式後，用POV-RAY進行渲染，生成很是漂亮的三維圖形。演示版只支持樣板文件與原子數小於20的分子文件格式的轉換。不知是否有取巧的辦法。
10、生物顯微圖像分析
Scion Image
是一個優秀的免費圖像處理與分析工具。是很是流行的蘋果機上的NIH（National Institutes of Health) Image的WINDOWS版，用來顯示編輯分析各類圖像。 讀取格式爲 TIFF 與BMP格式,是一個專業圖像分析軟件，適用與於科學處理，這點從研發單位即可看出。生物學工做者處理圖像必備。
SigmaScan Pro 5.0
是一個有力的圖像分析軟件30天全功能演示版，進行數字圖像的分析處理，能夠很容易地將圖像進行分析，得出科學結論。
Image-Pro Plus Version 4.5
Media Cybernetics公司的專業產品，不只能夠進行顯微分析，還可也進行其餘科學分析。

11、數據統計類軟件
SAS世界排名第一，專業性極強，能作各類統計，是FDA惟一批准有效的統計軟件。但人機對話不方便，主要是相似DOS下的命令操做，最新的8.0版本，稍有改進，鼠標操做性較好，若從此能進一步改進操做的話，其應用將大大普遍。是專業統計人員的首選軟件。
SPSS，世界排名第二，最新版本11.01，其特色：功能強大，易於操做，簡單明瞭，人機對話方便，數據庫接口豐富，最新SPSS能夠讀出SAS數據，是業餘人員的首選。最新版本糾正以往的不穩定、運行速度慢的缺點。11.0運行速度是 10.0的十倍以上，主要緣由是SPSS公司將原有的內核所有更換了。但SPSS分爲不一樣版本，如basic版、standard版和advance版。許多複雜的統計功能只在advance版中才出現，如複雜多元相關、神經網絡統計，而前兩版中許多複雜統計並無（可能爲了便於安裝使用吧，11.0的basic版約60M，standard約110M-150M,而高級版本則幾百M。象SAS完成安裝則達6張CD！於是絕大多數人不可能使用它所有功能。於是常規建議是SPSS+origin6.0一個統計，一個做圖，並且兩者數據能夠通用，效果很好！在個人主頁的站點導航
statisitic：最新10.0，運行速度最快，模塊化操做，不一樣統計數據有不一樣界面風格，使用方便，目前國內有不少用戶。但其知名度在前兩者之下，對通常用戶能夠考慮選用。
Origin 7.0 是一個很是有名而且易於使用的科學用途數據繪圖與數據分析處理工具軟件，各類期刊上的統計圖，幾乎都是出自他的手筆。
以上的軟件過於強大，下面是一些小巧易用的數據統計做圖，更適合生物學的數據分析：
GraphPad Prism著名的數據處理軟件,用來進行生物學統計、曲線擬合以及做圖。短小而功能齊全。
SigmaPlot 2002 著名的繪圖和數據分析軟件包能夠根據各類數據，繪製精確的兩維或三維曲線，能夠自由定製各數據軸的特性，並能進行數據的各類統計分析。進行通常的生物類數據處理做圖，功能足以。
Simstat 一個易於使用的智能統計軟件尤爲適合對統計知識瞭解很少的人使用，它具備一個「專家系統」，引導你對數據進行統計分析。可與SigmaPlot結合生成高質量數據圖。
CurveExpert ELISA標準曲線擬合、及其它各類有關的實驗數 據分析，均可以應用CurveExpert進行數據分析。它使用很是方便， 能夠說是實驗數據處理的聖手，而且能夠生成漂亮的曲線應用到論文之中。

12、文獻管理
reference Manager 10.0
能夠在線經過查找關鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數據庫中的專業資料,同時保存查找的資料爲本地文件。資料內容和記錄分上下兩個屏幕，若有全文或想鏈接網絡時敲鍵盤就能夠到相應的全文文章和摘要。能夠直接在WORD中查找資料，並插入引用。在文章中對引用的文獻能夠格式化，引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能，能夠符合各類雜誌對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換.
Endnote6.0
專業參考文獻查詢軟件，可在線查找Ineternet上的各類文獻數據庫，將查找到的資料保存入本地數據庫，並自動生成格式化的參考文獻清單插入各類文字處理軟件。

十3、進化樹分析
Phylip
最爲通用的進化樹分析軟件。主要包括五個方面的功能軟件：i，DNA和蛋白質序列數據的分析軟件。ii，序列數據轉變成距離數據後，對距離數據分析的軟件。 iii，對基因頻率和連續的元素分析的軟件。iv，把序列的每一個鹼基/氨基酸獨立看待（鹼基/氨基酸只有0和1的狀態）時，對序列進行分析的軟件。v，按照DOLLO簡約性算法對序列進行分析的軟件。vi，繪製和修改進化樹的軟件。
PUZZLE
核酸序列、蛋白序列類似性分析及進化樹構建工具。根據序列數據的最大類似性構建進化樹，一個軟件，而且對樹進行bootstrap評估。可對大量數據進行快速分析構建，程序還包含數個統計測試。
Paup

一種功能強大的商業版系統進化分析軟件，據稱價值一萬大洋。

 

5、地理

 

1幾種經常使用的地理信息軟件比較

地理信息系統是信息科學與信息技術發展的一個重要組成部分，是信息高速公路上的節點和重要基礎設施。做爲在信息社會中的一種集地理空間特徵和各類統計信息於一體的特殊信息系統，地理信息系統已成爲政府部門進行科學管理和快速決策時不可或缺的工具。地理信息系統的提出源於二十世紀五十年代，通過四十餘年的發展，隨着計算機科學、地理學、製圖學、遙感與攝影測量學、圖形圖像技術以及數據庫技術的不斷髮展，地理信息系統已經成爲了一種功能強大、性能完善的計算機系統，普遍應用於規劃、土地、測繪、建設、環保、軍事等諸多部門。
    自MapInfo與Arc/Info率先進入中國地理信息系統市場以來，國外其它各類GIS軟件（如MGE、MapCAD、Genemap、MicroStation GeoGraphics、Maptitude等）也蜂擁而入，競相強佔中國GIS市場。而此時，國產GIS軟件在此危機時刻，在國家和地方有關部門的支持下，也加快了開發的步伐，並相繼推出了幾種GIS軟件，如武漢測繪科技大學的GeoStar、中國地質大學的MapGIS、北京大學的CityStar以及方正集團公司開發的「方正智繪」軟件等等。不管是國產GIS軟件，仍是國外GIS軟件，都必須具備GIS的基本功能，如數據接收與處理（包括數據校覈、座標變換、投影變換等），數據存儲，數據庫管理，空間查詢與檢索，空間分析，數據輸出等等。下面我將對MapInfo，Arc/Info，Maptitude三種GIS軟件中本人較熟悉的部分做簡要的分析。
1． MapInfo 軟件
在MapInfo的系列產品中，用得最多的是MapInfo Professional 和 MapBasic。
MapInfo Professional 是基於普通PC微機的桌面地圖信息軟件，其主要特色是：
（1） 快速數據查詢，高速屏幕刷新，使得用戶界面具備良好的圖形顯示效果；
（2） 集成能力強，可以根據數據的地理屬性分析信息的應用開發工具，是功能強大的地圖數據組織和顯示軟件包；
（3） 數據可視化和數據分析能力較強，能夠直接訪問多種數據庫的數據，如Oracle, Microsoft Access, Informix, SQL Server, Dbase等；
（4） 專題地圖製做方便，數據地圖化方便；
（5） 同時支持16/32位的應用開發，適用於多種計算機操做系統，如Windows 3.1,Windows 95, Windows NT,OS/2等；
（6） 完整的Client/Server體系結構；
（7） 完善的圖形無縫鏈接技術；
（8） 支持OLE 2.0標準，使得其它開發語言如：Visual Basic, Visual C++, PB, Dephi等能運用Integrated Mapping技術將MapInfo做爲OLE對象進行開發。
MapBasic是基於MapInfo平臺的用戶開發語言，包括300多條語句和功能。經過MapBasic的二次開發，可以擴展MapInfo的功能，實現程序的自動操做，並且能夠方便地將MapInfo與其它軟件進行集成，其主要特色是：
（1） 因爲MapBasic是一種類Basic程序語言，因此使用簡單；
（2） 便於MapInfo界面的改造，功能的擴展與應用的可視化；
（3） 支持OLE Automation和DDE（動態數據交換）技術，易於與其它應用軟件相鏈接；
（4） 包含嵌入的SQL語句，數據查詢、檢索更加方便。
MapInfo和Mapbasic提供了放大、縮小、漫遊、選擇、空間實體組合/分割等基本的圖形操做功能；同時MapBasic 能夠直接讀取點、線、面等空間實體和屬性數據庫，並提供條件分析、統計分析、緩衝區分析等分析功能。
利用MapInfo進行開發主要有三種模式：
（1） 以MapInfo做爲獨立開發平臺，利用MapBasic所進行的二次開發模式；
MapInfo Professional 提供了基本的GIS功能，如數據接收功能、建庫功能、圖形 功能、數據查詢與檢索功能、專題圖製做功能、簡單分析功能、數據輸出功能等。而MapBasic是創建在MapInfo平臺上的用戶開發語言，是針對MapInfo的二次開發，完善MapInfo的功能和靈活地進行各類所需功能的開發。
（2） 將MapInfo做爲OLE對象的開發模式；
儘管MapInfo Professional和MapBasic具備強大的功能，能夠實現通常的GIS功能，可是隨着用戶需求的不斷變化，其功能畢竟仍是有限的。對於任何GIS軟件平臺而言，爲了可以維持其生命力，就必需要求該平臺具備可擴展能力，即支持OLE標準。MapInfo有效地解決了這個問題，容許其它開發語言將它做爲OLE對象來進行開發。
（3） 利用基於ActiveX的MapX控件所進行的開發模式。
GIS軟件的組件化是GIS軟件發展的方向之一，即：利用ActiveX控件方式進行GIS系統的二次開發。MapX是MapInfo基於ActiveX技術的可編程控件，它集成了MapInfo幾乎全部的功能，如地圖顯示，圖形放大、縮小、選擇、漫遊等，製做專題地圖，圖層控制，ODBC功能，地理查詢等等。
在GIS系統中，數據的工做量佔整個系統開發的70-80%，全部GIS功能均須基於地理數據，因而可知合理的地理數據模型是GIS系統生存的基礎。MapInfo Professional做爲桌面地圖系統的典範，其空間數據結構是不具有拓撲關係的，所以相對部門級或企業級地理信息系統而言，其空間分析能力較弱。可是它對硬件平臺，軟件環境，軟件工具，要求較低，同時使用簡單，價格也較低。MapInfo是經過創建空間實體模型和空間索引來定義其空間數據模型的，利用Table來存儲空間數據和屬性數據。空間實體主要由點、線、面三種基本類型組成，採用面向對象的方法，每種實體對象均維護其自己的全部信息。空間索引是利用R-Tree技術來實現的。採用這種
=FD據模型能夠簡化數據管理的複雜性，解決部分的空間查詢與分析功能，但仍有些空間分析功能如路徑分析軟件自己沒法實現，須藉助於外部開發語言（如Visual Basic, Visual C++，Dephi等）來實現。
MapInfo的數據保存在數據庫中，主要是兩種數據庫：內置數據庫和經過ODBC鏈接的外部數據庫。它的數據庫經過Table的形式進行數據的組織和管理，每個Table可存放若干空間實體及對於每個空間實體的若干屬性說明。固然也可只存放屬性數據。Table嚴格按照關係模式規範化的要求設計，空間實體在Table表中的存儲不容許重複，以保證空間實體記錄的惟一性。有Table表結構，可創建空間實體與屬性數據之間的鏈接關係，從而利用標準SQL來進行查詢和檢索。
2． Arc/Info 軟件
Arc/Info是目前功能最爲完善、性能最爲穩定的專業地理信息系統軟件平臺之一，也是最龐大的GIS軟件。Arc/Info通常用於部門級和企業級的大型地理信息系統的開發，而對於桌面級的GIS則主要用ArcView來進行開發。這兩種軟件相互兼容，能夠相互調用數據。下面將簡要列出本人所瞭解的Arc/Info的主要功能：
（1） 支持多種系統平臺，如Windows NT, UNIX, SUN Solaris, SGI IRIX, IBM AIX等.可方便地調用各類系統平臺上的數據和應用；
（2） 將最普遍的數據源集成到統一的環境下，如矢量（x, y座標）地圖數據、柵格圖象數據、CAD數據、聲像數據以及大量的DBMS表格數據；
（3） 地理數據和相關數據的自動化採集、管理、顯示功能；
（4） 強大的地理空間分析功能。Arc/Info提供了各類分析工具，如：拓撲地理疊置分析、buffer分析、空間與邏輯查詢、臨近性分析等等；
（5） 創建了多種數據模型，如水文建模、網絡建模、柵格建模等；
（6） 專業性和功能性很是強的TIN模塊，可生成、顯示、分析地表模型，同時進行地圖暈暄、模擬飛行動畫、通視分析、剖面提取及工程土方量計算等等；
（7） 提供了柵格分析功能，可進行柵格矢量一體化查詢與疊加顯示；
（8） 開發了數據庫管理模塊，可管理大量的數據，並能進行工做數據的維護和動態更新；
（9） 高效的圖形顯示功能。Arc/Info開發了一個圖形加速模塊，可提升圖形顯示的速度。
Arc/Info提供了AML（Arc Macro Language）語言開發環境，利用該開發環境可很是方便地編制用戶的菜單和功能。AML是一種解釋性的開發語言，與Maptitude的Caliper Script相似，具備如下特色：
（1） 語法結構簡單，容易掌握，易於開發；
（2） 可採用模塊化的開發方法進行系統應用軟件的開發；
（3） 支持多種風格的菜單、對話框、工具條的設計與開發；
（4） 提供多線程的調度和輸入管理。
同時Arc/Info爲了克服AML語言難於處理複雜的線程控制以及開發效率較低，對外部應用的可控制性差等缺陷，又提供了ODE（Open Development Environment）功能。因爲ODE是經過編譯來執行的，所以可彌補AML語言的不足。
Arc/Info的開發模式主要有兩種：
（1） 利用Arc/Info、AML和ODE來進行開發。
（2） 利用Arc/Info的Active X控件在一般的編程語言開發環境中進行開發。
Arc/Info的基本元素是「ARC」，可由任意多個點構成，在其兩端有結點，並伴有共享該「ARC」的兩個區域的代碼。同時，還爲每一個多邊形創建了環繞其邊界的「ARC」目錄表。在這種數據結構中，實際存儲的只是結點的座標，而「ARC」和多邊形是經過邏輯關係創建的。這種數據結構不只保存了描述多邊形形狀的幾何信息，並且還創建了多邊形元素（Polygon, Arc, Node）之間的拓撲關係。同時Arc/Info採用Coverage特徵來描述地理數據。Arc/Info將各類特徵屬性保存在相應的Table中。Arc/Info創建Coverage拓撲時，定義拓撲和幾何特徵，而且存儲在特徵屬性表（FAT）文件中。所以Arc/Info採用的是一種帶有拓撲關係的數據模型。在這一點上，Maptitude有點與之相似。
ArcView與MapInfo比較相似，主要體如今如下方面：
（1） 均屬於桌面地理信息系統範疇，開發方便、簡潔；
（2） 可支持多種空間數據格式，而且二者空間數據能夠互換；
（3） 空間數據不具備拓撲結構，需創建索引文件來完成各類空間查詢和分析；
（4） 其它的一些基本的GIS功能兩種軟件都具備，這裏就再也不詳敘。
固然做爲兩種由不一樣產家開發的軟件也具備各自的特色，如在數據管理模式上，ArcView利用Shape格式來保存無拓撲關係的矢量數據，而用Table來管理屬性數據；MapInfo則利用Table來管理全部的數據；二者開發工具不盡相同，ArcView的Avenue是一種面向對象的程序設計語言，引入了類的概念，雖功能強大，但開發較難，而MapInfo的MapBasic是一種類Basic程序設計語言，容易掌握，且功能較完善，可是兩種開發工具都可進行編譯。因爲ArcView的許多功能來源於Arc/Info，所以在這裏就再也不多述。
3 Maptitude軟件
Maptitude的系列軟件中用於各類專題地理信息系統開發的主要工具是Maptitude軟件平臺和GISDK開發工具。Maptitude目前已升級到了4.1版本，但因爲種種緣由，我只試用過3.0版本。該軟件的主要功能有：
（1） 數據接收功能強，支持多種GIS數據源，如MapInfo, Arc/Info, MGE, CAD等等；
（2） 數據查詢快速，方便，能較好地進行數據的動態更新；
（3） 支持ODBC技術，可與多種數據庫進行通信，如：Oracle, Informix, MS Access, SQL Server等等；
（4） 可方便製做各類專題地圖，並經過各類方式輸出；
（5） 支持Windows 3.1, Windows 95 & 98 系統，可是3.0版本不支持Windows NT4.0。對於UNIX，OS等操做系統是否支持，目前沒有試驗；
（6） 具備數據無縫鏈接功能；
（7） 支持多媒體。除了支持BMP圖片以及製作可翻轉的幻燈片外，尚支持播放音樂和電影的多媒體功能。
（8） 具備快捷而強大的空間分析如buffer分析，最短路徑分析等功能；
（9） 可利用工具自動創建拓撲關係；
（10） 支持OLE和DDE技術，可在通用的開發語言中將Maptitude做爲OLE來調用，如：Visual Basic, Visual C++, Dephi等。
（11） 數據壓縮是Caliper公司引覺得榮的專利技術。在Maptitude中地圖數據以壓縮形式存儲，卻可在不解壓的環境下操做。所佔空間小，速度大大提升。
Maptitude提供的開發工具是GISDK。GISDK是一種解釋性的開發語言，可利用任何文本編輯器來書寫代碼，Maptitude自己不提供編輯窗口。GISDK由兩部分組成：Caliper Script程序開發語言和用於應用程序編譯和測試的交互開發工具。Caliper Script 程序語言是開發基於Maptitude應用程序的關鍵。該語言功能強大卻使用簡單，既使具備不多程序經驗的人都能很快掌握。因爲其一組由命令組成的程序流，隱含變量說明，靈活的數組處理，結構化的函數調用等等而使得相似BASIC語言的 GISDK別有特點。Caliper Script能夠創建和管理諸如表、地圖、地圖要素、窗口、選擇集以及工具、對話框、工具條等用戶界面。此外， Caliper Script還包含多達 600個函數的函數庫。高級函數調用充分調用Maptitude的功能 ，函數庫包括 DDE信息處理的特點函數庫，實時應用開發，ODBC目標管理等豐富內容。
GISDK的特色有：
（1） 提供了很是完善的函數，使得開發較方便；
（2） 可利用任何文本編輯器來書寫程序代碼；
（3） 經過嵌入方式可擴充Maptitude的功能；
（4） 可方便地創建諸如菜單、對話框、工具條等用戶須要的界面。
Maptitude的地理數據保存在自帶的數據庫（DBF或DAN）或外部數據庫中，外部數據庫經過ODBC調用。其空間數據由點、線、面組成，採用傳統的GIS拓撲結構創建方法，數據以拓撲方式進行存儲。因爲其數據自己就具備拓撲關係，所以有利於進行各類空間分析，如多邊形疊加分析，最短路徑分析，buffer分析等等。
Maptitude目前的開發模式主要有兩種：
（1） 利用Maptitude與GISDK來進行開發。這種方式有利於系統的穩定性，可是沒法進行系統功能的擴展；
（2） 將Maptitude做爲OLE的開發模式
雖然Maptitude與GISDK具備強大的功能，特別是GISDK的函數庫包含有多餘600個功能函數，可是相對於用戶對系統的要求來講，該功能畢竟仍是有限的。所以將Maptitude做爲OLE，利用經常使用的開發語言如Visual Basic, Visual C++, Delphi等來進行系統開發。
目前，Maptitude尚未推出它的Active X控件。可是做爲GIS軟件平臺發展的一種趨勢，Maptitude推出Active X控件也是早晚的事情。
原來的丟了在此補發，但願對你們有所幫助。
介紹mapxtreme
應樓上的兄弟要求介紹mapxtreme
功能特色：
地圖發佈
可以將矢量地圖經過MapX轉化成GIF或JPG格式的柵格圖象 ，使用戶能夠經過WWW瀏覽器訪問地圖。並提供Java或 ActiveX的Widget，完成多平臺上的地圖縮放，平移等操做 。因爲傳遞到瀏覽器端的只是一幅通過高度壓縮的 柵格地圖，而真正的矢量地圖及數據仍保留在服務 器端，所以減小了網絡傳輸負擔，同時下降了原始 數據被盜用的可能。
信息可視化
除了在網頁上顯示和瀏覽地圖，經過MapXtreme，還能夠 在網頁上增長信息可視化的能力。一般在網頁上所能完成的功能，只是經過文字或數字表格聯繫起來 的聲音、圖象、文字等信息，不管查詢或分析，都是輸入數字或文字，沒法利用地圖這種直觀而信息量豐富的方式。MapXteme使這一方式成爲可能。
MapXtreme的地圖化功能
專題圖：利用暈渲、等級符號、獨立值、點密度、餅圖、直方圖進行區域值的顯示。
對象處理：合併、緩衝區、相交、刪除對象（點，線，面）、返回結果數據。
對象編輯：生成、修改、刪除。
繪製圖層：容許開發人員繪製定製的地圖對象，例如尺標、天線傳送方向的箭頭。
查找：經過州名、ZIP碼、城市名、街道名或客戶進行查找。
圖層控制：容許用戶管理多層地理信息，諸如層的顏色、縮放、可視和層的風格。
空間選擇：容許用戶在規定的矩形框內，規定的半徑範圍內和多邊形內（例如一個州）進行選擇和操做。
普遍的數據源：使用通用的數據界面，包括：ODBC、DAO、ClipBoard和OLE Data界面訪問數據。
       技術特色
穩定可靠的強大地圖功能
MapXtreme提供了全面的地圖功能來迎合您的須要，包括 ：專題地圖，緩衝區分析，地圖編輯，塗抹層，地 圖目標查找，直接訪問LotusNotes和Domino數據，地圖顯示 ，圖層控制，空間選擇，地理編碼，擴展地圖庫和 示例數據。
低成本的中心式軟件運行和數據管理方式
經過服務器進行數據/軟件集中管理，使單獨的使用 成本下降。爲了實現高性能，集中化和安全性， MapXtreme與MapInfo公司的空間數據庫軟件——SpatialWare（它可 以將地圖數據存儲到RDBMS中）兼容。
地圖應用中最容易擴充的模型
當應用需求增長時只需增長server來支持增多的用戶數 。徹底與任何WebServer或WebBrowser兼容。MapXtreme的開放式結 構能夠在任何webserver上工做，並且能夠利用ISAPI，NSAPI， 以及CGIgateway各自的優點.並且，MapXtreme不須要任何plug-ins， 所以能夠經過任何PC及Unix工做站的webbrowser訪問。 下一個版本的MapXtreme將能夠在Unixwebserver上運行， 這使得企業能夠在Unixwebserver上運行控制器，而將地圖應用放在一臺或多臺WindowsNTserver上。
MapXtreme的主要功能：經過MapXtreme，用戶能夠在Internet/Intranet WWW上發佈基於電子地圖的應用系統。全部的最終用戶只需在本身的機器上安裝瀏覽器（如 Microsoft Internet Explorer或Netscape）便可訪問存放在服務器端的空間數據，用戶能夠很方便地對地圖進行放大、縮小、漫遊、查詢、統計等操做。此外，MapXtreme還提供了許多強大的地圖化功能知足用戶的不一樣層次的須要，包括：專題圖、緩衝區分析、對象（地圖）編輯、繪製圖層、查找、直接讀取Lotus Notes、圖層控制、空間選擇、訪問各類數據源等。訪問空間數據（如存儲在運行在Oracle/Informix上的MapInfo SpatialWare 的圖形數據。）是MapXtreme的一大特色。
MapXtreme的地圖引擎：MapXtreme以MapX爲引擎。MapX是一個可編程的OCX控件，是可重複利用的可編程對象，它提供決大部分MapInfo Professional支持的地圖功能，能夠利用編程平臺所提供的數據庫訪問機制，也能夠利用自身提供的ODBC接口，並可進行數據的智能綁定，在客戶端安裝並可在受權範圍內分發，它是全新的桌面地圖應用方式，使更多的用戶獲得廉價的 MapInfo地圖信息技術。
MapXtreme的開發方式：隨MapXtreme提供的開發環境是由Microsoft公司提供的Visual InterDev。Visual InterDev是高度集成化的Internet開發環境。開發人員能夠利用它可視化地建立並維護HTML文檔，在WWW應用系統中集成高級應用邏輯，並管理整個WWW應用開發過程。Visual InterDev提供的開發語言VB Script已經早已爲廣大的開發人員所熟悉，這也爲MapXtreme在中國的應用前景打下了良好的基礎。從技術角度出發，在Visual InterDev上的開發過程相對於過去比較典型的CGI程序開發過程要簡單得多。一方面，Visual InterDev提供了很是易用的可視化開發環境，並且所採用的編程語言很容易掌握，從而保證了開發週期可以得以控制；另外一方面，相信編寫過CGI程序的程序員對HTTP協議的面向無鏈接的特性必定會感到很是不便，由於他們在編程時每每須要在HTML中用大量的隱藏變量來記錄狀態參數，以便下一次CGI程序再度被激活時用來做初始化。由Visual InterDev建立的ASP在IIS上運行時，可以自動爲每個客戶端維持狀態參數。這個特徵將使開發人員的工做量大大減輕。

      MapXtreme的優點：使用MapXtreme，開發人員能集中地控制和維護地圖和數據庫數據，並集中實現應用程序功能，避免了以往系統的維護、同步困難的問題，尤爲適合信息量大，用戶多的單位的實際狀況。另外，因爲使用Web瀏覽器做爲客戶端，更使開發人員能夠將地圖信息系統緊密地與其餘系統結合，給用戶提供統一，完整的綜合信息系統。

4. Google Earth

原文參考連接：https://www.cnblogs.com/ajian005/archive/2012/10/19/2753913.html