基因名稱轉換問題

轉自歐意生物。https://www.sohu.com/a/110476023_464200

LncRNA自從發現至今，相關研究如火如荼。歐易生物也給不少科研工做者提供lncRNA測序和芯片檢測的服務工做。但檢測後，不少老師反饋，lncRNA序列等相關信息查詢很是困難，憶秋就此整理一套lncRNA經常使用、好用的數據庫，供各位看官參考。

1.LNCipedia

該數據庫針對人進行lncRNA數據的收集、整理，共收入111,685條人類有註釋的lncRNA轉錄本，同時還包含ncRNA轉錄本在基因組位置、長度、結構、miRNA結合、lncRNA在其餘數據庫中相關記錄等信息。使用者能夠在該數據庫中錄入、搜索和下載lncRNA相關信息，最近更新時間爲2015年10月。

連接：http://www.lncipedia.org/db

研究者能夠根據以上篩選條件進行lncRNA限定條件搜索，查詢關注lncRNA信息。

PS：該數據中lncRNA名稱有些特別，例如lnc-ABCB4-1:8，表示距離基因ABCB4最近的第1個lncRNA的第8個轉錄本。

2.Lncrnadb

該數據庫提供有生物學功能的長鏈非編碼RNA的全面註釋。這是長鏈非編碼RNA研究領域的大牛Johnmattick實驗室構建的網站，只收入真核生物的lncRNA信息，主要包含lncRNA的序列特性、表達信息、功能、物種保守性、與其相互做用RNA分子等信息。使用者能夠在該數據庫中搜索和下載lncRNA相關信息，最近更新時間爲2015年11月。

連接：http://www.lncrnadb.org/

該數據庫容許利用lncRNA的name和sequence進行查詢，並可對物種進行限制。同時此數據庫使用的是NCBI的gene命名法，使用上徹底沒有障礙的。

3.LncRNome

該數據庫是針對人類構建的，收入了超過18,000條轉錄本，主要提供lncRNA的分類、染色體位置、二級結構、與其餘數據庫相關聯信息、生物功能描述、與疾病關聯的數據，同時提供lncRNA與protein互做功能預測、SNP位點等信息。

連接：

該數據庫可根據lncRNA的name進行查詢，也可根據染色體編號或lncRNA類型進行查閱。lncRNA名字接受RP11-XXXX類型，也有HAS-LNCXXXX類型的，某些研究較多的lncRNA，也能夠用經常使用的name搜索，例如HOTAIR。

4.LncRNADisease

該數據庫由北京大學構建，主要收入了已研究與疾病相關的1564個lncRNA數據，同時也可對新的lncRNA進行與疾病關聯預測，支持上傳、瀏覽、搜索和數據下載。最近更新時間爲2015年6月。

連接：http://210.73.221.6/lncrnadisease

不管是瀏覽仍是搜索，均可以分別從lncRNA和disease兩方面入手。

5.NONCODE

該數據庫是一個比較全面的ncRNA相關注釋的數據庫，目前收入了16個物種（人、小鼠、大鼠、奶牛、雞、果蠅、斑馬魚、線蟲、酵母、擬南芥、黑猩猩、大猩猩、恆河猴、復鼠、鴨嘴獸、猩猩）的ncRNA相關信息，包括表達、功能、與疾病關係、染色體位置、序列保守性等，並可進行序列Blast搜索，同時支持數據下載。

連接：http://www.noncode.org

該數據庫支持經常使用lncRNA的name、NONCODE ID（例如：NONHSAG000001）搜索，部分lncRNA支持其餘數據庫名字進行搜索。

PS：該數據庫雖然功能比較強大，可是偶爾會出現bug，暫時不可用現象。